موسسات دانشگاهی و پژوهشی کشور در رویکرد به تجاری سازی نتایج تحقیقات، در ابتدای تجربه تشکیل شرکت های دانشگاهی هستند. تصویب قانون «حمایت از شرکت ها و موسسات دانش بنیان و تجاری سازی نوآوری ها و اختراعات» در سال 1389 در مجلس شورای اسلامی و متعاقب آن تصویب آیین نامه های اجرایی آن، فرصت مناسبی را برای تشکیل این شرکت ها در موسسات دانشگاهی و پژوهشی کشور فراهم ساخته است. اما این موسسات نیازمند تکمیل ظرفیت های زیرساختی خود از جمله قوانین و مقررات مورد نیاز برای تشکیل این شرکت ها می باشند. یکی از مهمترین این مقررات، مقررات نحوه تخصیص سهام شرکت های دانشگاهی بین مالکین اصلی آنها است که این مالکین معمولا موسسات دانشگاهی و پژوهشی، اعضای علمی این موسسات، سرمایه گذاران و افراد بیرونی هستند. تقسیم سهام بین این شرکاء به نحوی که مورد رضایت همه طرف ها باشد، عملا می تواند به چالشی برای مسوولین موسسات دانشگاهی و پژوهشی در مسیر تشکیل شرکت های دانشگاهی تبدیل شود. این مقاله ابتدا با تحلیل بنیان گذاران و سایر شرکایی که به تدریج و در مسیر رشد شرکت های دانشگاهی به آنها اضافه می شوند، سهامداران این شرکت ها را شناسایی و تعریف می کند. سپس عوامل تاثیرگذار بر میزان سهم هر یک از سهامداران را مورد شناسایی قرار می دهد و در نهایت نحوه تخصیص سهام بین مالکین این شرکت ها را مورد بررسی قرار می دهد. هدف نهایی مقاله به دست دادن چارچوبی از ملاحظات مرتبط با نحوه تخصیص سهام شرکت های دانشگاهی می باشد. برای دستیابی به این هدف، 10 دانشگاه صاحب تجربه و پیشرو در تشکیل شرکت های دانشگاهی در آمریکا و انگلیس و مقررات ذیربط آنها مورد بررسی قرار گرفته اند.