ویروس آنفلوانزا موجب آسیب های هیستوپاتولوژیک در حیوانات و انسان می گردد. هدف از مطالعه حاضر، ارزیابی آسیب شناسی بافتی دستگاه تنفسی جوجه های عفونی شده با ویروس آنفلوانزای تحت تیپ H9N2 ((A/chicken/ Iran/ 772/ 2000 طیور می باشد. برای انجام این مطالعه، تعداد 20 قطعه جوجه SPF4 نر با سن 3 هفته به طور تصادفی در دو گروه مساوی توزیع گردیدند. گروه تیمار توسط ویروس آنفلوانزا با دوز 107.5EID50 و گروه شاهد توسط سرم نمکی نرمال با حجمی برابر و به روش قطره بینی هم زمان مورد تلقیح قرار گرفتند. 72 ساعت پس از چالش جوجه ها با ویروس آنفلوانزا، از بافت نای و ریه آ ن ها نمونه برداری و در محلول فرمالین بافری 10 درصد پایدار گردیدند. از نمونه های پایدار شده در فرمالین، طبق روش های معمول تهیه مقاطع آسیب شناسی، برش هایی با ضخامت 5 میکرون تهیه و با هماتوکسیلین و ائوزین رنگ آمیزی شدند. در مقایسه با گروه شاهد، تغییرات پاتولوژیک ایجاد شده در گروه تیمار در اثر ویروس آنفلوانزای تحت تیپ H9N2 معنی دار بود (P<0.005). این مطالعه نشان داد که ویروس آنفلوانزای تحت تیپ H9N2 توانایی القا آسیب های شدید بافتی در دستگاه تنفسی جوجه ها را دارا می باشد.