رودخانه چشمه کیله در حوزه جنوبی دریای خزر به عنوان یک زیستگاه بسیار مهم و با ارزش برای مهاجرت و زاد آوری گونه های با ارزش شیلاتی نظیر ماهی آزاد (Salmo trutta caspius) و ماهی سفید ((Rutilus frisii kutum از اهمیت بسیار بالائی برخوردار بوده است. در پژوهش حاضر به بررسی کیفیت آب رودخانه چشمه کیله تنکابن در سال 1390-1389 بر اساس مطالعات فون کفزیان رودخانه در چهار ایستگاه و طی دوازده نوبت نمونه برداری با سوربر سطح 0.1 متر مربع و در سه تکرار صورت گرفت. در بررسی کفزیان رودخانه 47 خانواده متعلق به 15 راسته و شش رده شناسایی شد که در میان آنها لارو حشرات آبزی بیشترین تنوع را داشته اند. همزمان با نمونه برداری از فون بنتیک برخی از فاکتورهای فیزیکی شیمیایی نظیر دمای آب، BOD5 و TDS در ایستگاه ها اندازه گیری گردید که فاکتورهای فوق در ایستگاه های مورد نظر تفاوت معنی داری در سطح احتمال 5 درصد (p>0.05) نشان نمی دهد. نتایج نشان داد که راسته های Diptera و Ephemeroptera در همه ایستگاه ها جانداران غالب بوده اند. حداکثر فراوانی کل جانداران در این مدت مربوط به ایستگاه 1 با 44% و حداقل فراوانی مربوط به ایستگاه 4 با 16% بود. آزمون کروسکال والیس راسته های شاخص بی مهرگان کفزی راسته Plwcopteram, Trichoptera, Ephemeroptera, Other در طول سال نشان دهنده وجود اختلاف معنی دار بین ایستگاه ها در سطح اطمینان 95%می باشد (0.05<p) اما خانواده Chironomidae در چهار ایستگاه در طول سال اختلاف معنی دار بین ایستگاه ها نشان نداد. بررسی ها نشان داد که حداقل میانگین شاخص EPT/CHIR متعلق به ایستگاه 4 با 0.79 و حداکثر آن متعلق به ایستگاه 1 با 3.32 می باشد. بر اساس شاخص زیستی هیلسنهوف (HFBI) در طول سال ایستگاه 1 دارای وضعیت کیفی خیلی خوب، ایستگاه 2 دارای وضعیت کیفی خوب و ایستگاه 3، دارای شرایط متوسط و ایستگاه 4 نیز از شرایط نسبتا ضعیفی برخوردار بود. نتایج نشان داد که ایستگاه چهار بدلیل فشار ناشی از ورود فاضلاب و پساب خانگی و شهری، کارگاه های ماشین شویی، بازار ماهی فروشان تنکابن و تخلیه زباله های شهری در اطراف رودخانه با بار آلودگی بالا، کارخانه های شن و ماسه، برداشت مجاز و غیر مجاز شن و ماسه از بستر رودخانه شرایط نسبتا ضعیف در برخی از فصول سال بوجود می آورد.