نشانگرهای مولکولی بهترین روش برای بررسی تنوع ژنتیکی می باشند. در این آزمایش، 72 رقم که شامل گونه های Indica و Japonica بودند در مرکز تحقیقات برنج کشور مورد بررسی قرار گرفتند. برای اجرای آزمایش تنوع ژنتیکی مکان ژن waxy پیوسته با صفت کنترل کننده میزان آمیلوز واکنش PCR با استفاده از دو الیگونکلوتید (484 و 485) بخوبی انجام و امتیازدهی مربوطه صورت گرفت. ارقام برنج ایرانی با استفاده از نشانگر ریزماهواره waxy غربال شده و بر اساس میزان تکرار توالی (CT)n به هفت گروه از تعداد n از هفت تا بیست تقسیم شدند. میزان تغییرات طول باند محصول PCR بدست آمده از 102 تا 128 جفت باز متغیر بود و تعداد توالی (CT)n برای n برابر با 7، 8، 14، 17، 18، 19 و 20 را نشان داد که مطابق با میزان آمیلوز ارقام ژرم پلاسم ایرانی بدست آمده در هفت گروه در این مکان ژنی به ترتیب 70، 72، 78.95، 80 و 70 درصد از تغییرات هر گروه را توجیه می کردند.