زیست فناوری میکروبی
سال:1388 | دوره:1 | شماره:1 |تعداد مقالات:8

زمینه و هدف: مالاریا از مشکلات مهم بهداشتی کشورهای گرمسیری است. هدف این بررسی مقایسه دو روش PCR-RFLP و لام میکروسکپی در تشخیص انگل های پلاسمودیوم در بیماران مشکوک به مالاریا بوده است.روش بررسی: در این تحقیق تعداد 102 نمونه خون مورد بررسی قرار گرفتند که 77 مورد آنها مربوط به افراد بیمار مراجعه کننده به بیمارستان (سیاهو بندرعباس) و 25 فرد سالم (منطقه سیرجان) به عنوان گروه کنترل بودند. از نوک انگشت هر فرد خون گیری شد و روی لام میکروسکپ اسمیر تهیه شد. همچنین از خون هر فرد DNA استخراج شد و با پرایمرهای پلاسمودیوم واکنش PCR انجام گرفت.یافته ها: در بررسی میکروسکپی %35 نمونه ها از نظر پلاسمودیوم مثبت بودند. در صورتی که با انجام PCR-RFLP از خون محیطی، %75.2 نمونه ها از نظر پلاسمودیوم مثبت بودند. در این بررسی هیچ یک از نمونه هایی که با میکروسکپ مثبت گزارش شدند با روش  PCRمنفی نبودند. برای تفکیک گونه های انگل از روش RFLP استفاده شد که به ترتیب %12.96 پلاسمودیدم مالاریه، %14.8 پلاسمودیوم فالسیپارم، %20.76 پلاسمودیوم ویواکس و  %42.69 مخلوط پلاسمودیوم های ویواکس، مالاریه و فالسیپاروم مشاهده گردید.نتیجه گیری: روش PCR برای تشخیص انگل پلاسمودیوم در خون حساس تر از روش میکروسکپی می باشد و در تشخیص بیماری به مسوولین امر کمک شایانی خواهد نمود.

زمینه و هدف: ویروس هپاتیت (HBV) B یکی از عوامل بسیار مهم در پیدایش بیماری های کبدی و هپاتوسلولار کارسینوما می باشد. روش های تشخیص این ویروس (سرولوژیک و مولکولی) هر کدام دارای محدودیت هایی هستند به همین دلیل امکان استفاده از آنها در همه مراکز تشخیصی وجود ندارد. در این تحقیق سعی بر راه اندازی تکنیک نوین (Loop Mediated Isothermal Amplification-LAMP) LAMP با کمک پرایمرهای اختصاصی طراحی شده ویژه ناحیه HBs و مقایسه با PCR برای تشخیص ویروس از نمونه های سرمی شده است.روش بررسی: در این مطالعه 104 نمونه سرمی مثبت با سیستم کوباس، مورد بررسی قرار گرفتند. DNA به روش DNP استخراج شد. پرایمرهای PCR انتخاب و 6 پرایمر ویژه برای تکنیک LAMP طراحی گردید. آزمون های حساسیت و ویژگی بر روی هر دو تست انجام و سپس هر دو آزمون بر روی نمونه ها بهینه گردید. محصول PCR به وسیله الکتروفورز و محصول  LAMPبوسیله اضافه کردن سایبر گرین و الکتروفورزیس شناسایی شد.یافته ها: از 104 نمونه با تعداد پارتیکل مشخص و با تیترهای متفاوت جمع آوری شده، 95 مورد (%91.34) در آزمونPCR  این مطالعه مثبت شدند. از این تعداد 101 نمونه LAMP (%97.11) مثبت بودند. 9 نمونه PCR منفی بودند که از این 9 نمونه 6 مورد در تست  LAMPمثبت گزارش شدند.نتیجه گیری: مقایسه کاربرد  PCRو LAMP بر روی نمونه های مرضی با تعداد پارتیکل ویروسی مشخص نشان داد که تکنیک تکثیر هم دما به واسطه لوپ (LAMP) دارای حساسیت، ویژگی و به یک بیان دقت بالاتری می باشد.

زمینه و هدف: آب را می توان به عنوان ماده غذایی با بالاترین میزان مصرف مطرح نمود، به همین دلیل تهیه آب آشامیدنی سالم همواره یکی از دغدغه های مهم بیشتر کشورها به خاطر افزایش جمعیت و صنعتی شدن بوده است. از مهمترین ارگانیسم های اندیکاتور آلودگی آب، باکتری Escherichia coli است. هدف از این مطالعه ارزیابی روش فیلتراسیون غشایی در شمارش و جدا سازی Escherichia coli از آب آشامیدنی بوده است.روش بررسی: 150 نمونه آب آشامیدنی بسته بندی شده، به طور تصادفی از مارک های مختلف با استفاده از روش فیلتراسیون جهت جداسازی اشریشیا کلی مورد آزمایش قرار گرفت.یافته ها: تمامی نمونه ها از نظر کلی فرم ها و Escherichia coli منفی بودند، اما %2 و %6 آنها به ترتیب به Enterococcus و Pseudomonas آلوده بودند.نتیجه گیری: نتایج ما نشان می دهد که روش فیلتراسیون غشایی (MF) روش مناسبی برای شناسایی آلودگی های آب می باشد.

زمینه و هدف: باکتری های استرپتومایسس، گرم مثبت، غیرمتحرک و رشته ای می باشند. استرپتومایسس ها همواره به عنوان یک منبع اصلی تولیدکننده متابولیت های ثانویه متنوع و آنتی بیوتیک های صنعتی جهانی مورد توجه بوده اند. در این تحقیق، هدف غربالگری خاک به منظور شناسایی جنس استرپتومایسس با خاصیت آنتی باکتریال نمونه های خاک از شهرستان های تبریز، مرند، خوی، ماکو در ایران، در فصول مختلف سال می باشد.روش بررسی: نمونه های خاک از شهرستان های تبریز، مرند، خوی، ماکو در فصول مختلف سال جمع آوری گردید. 150 ایزوله اکتینومایست از خاک های شهرهای فوق جداسازی شد. این ایزوله ها به طور وسیعی جهت مطالعه خاصیت ضدمیکروبی بر علیه باکتری های گرم مثبت و منفی در طی دو مرحله غربالگری اولیه و ثانویه مورد مطالعه قرار گرفتند.یافته ها: 20 ایزوله فعالیت قوی بر علیه نمونه های پاتوژن نشان دادند. نتایج نشان داد که ایزوله های به دست آمده بر علیه باکتری های استافیلوکوکوس اورئوس، اشریشیا کلی و پروتئوس ولگاریس با ناحیه بازدارندگی بیشتر از 10 میلی متر فعالیت قوی داشتند. 12 ایزوله به عنوان اکتینومایست جداسازی شدند. تست های بیوشیمیایی و مورفولوژیکی برای شناسایی نمونه ها انجام شد و نتایج با استفاده از ماتریکس تعریف شده برجیز بررسی شد. نتایج حاصل از آنالیز داده ای بیوشیمیایی 18 صفت مورد استفاده، بیانگر این موضوع بود که نمونه ها در 3 گروه قرار دارند گروه اول شامل 8 نژاد، در یک گروه مشابه بود و گروه دوم 3 نمونه و یک نمونه متفاوت از بقیه بود. گروه اول با توجه به نتایج، به عنوان جنس استرپتومایسس با گونه های متفاوت مشخص شد.نتیجه گیری: مطالعه حاضر نشان داد خاک های مناطق مختلف آذربایجان دارای پتانسیل بالقوه ای از تنوع اکتینومیستی می باشند.

زمینه و هدف: فلاو آنزیم دو عملکردی PutA (Proline utilization A) از دو دومن پرولین دهیدروژناز و - D پیرولین -5-کربوکسیلات دهیدروژناز تشکیل یافته و نقش مهمی در مسیر متابولیسم پرولین به گلوتامات ایفا می کند. هدف از این تحقیق، جداسازی و شناسایی باکتری های تولیدکننده فلاوآنزیم  PutAبا خصوصیات کینتیکی مناسب بود.روش بررسی: برای این منظور نمونه های خاک مورد نیاز از مناطق مختلف دربند، درکه، دماوند و فرحزاد در شهر تهران جمع آوری شدند. جداسازی و غربالگری میکروارگانیسم های تولیدکننده فلاوآنزیم دو عملکردی با استفاده از دو روش تکنیک کشت غنی در محیط کشت اختصاصی پرولین و رنگ سنجی آنزیمی با واکنش رنگی فورمازان انجام شد و با سنجش آنزیمی تایید گردید. شناسایی سویه جداسازی شده با کمک خصوصیات فنوتیپی و بیوشیمیایی انجام گرفت و فعالیت ویژه فلاوآنزیم محاسبه شد.یافته ها: از مجموع 400 باکتری جداسازی شده، تنها یک سویه تولیدکننده PutA بود که به عنوان Pseudomonas fluorescens تشخیص داده شد. فعالیت ویژه فلاوآنزیم نسبت به پرولین و -D پیرولین -5- کربوکسیلات به ترتیب 22.4 U/mg و 10.7U/mg محاسبه گردید.نتیجه گیری: فعالیت ویژه این آنزیم نسبت به پرولین و -D پیرولین -5- کربوکسیلات در مقایسه با مقادیر فلاوآنزیم های جدا شده از منابع دیگر، قابل قبول می باشد.

زمینه و هدف: پروتئین HU‏‏‏٬ پروتئین شبه هیستونی است که در باکتری Bacillus subtilis، HBsu نامیده می شود و توسط ژن hbs کد می گردد. با توجه به مطالعات صورت گرفته٬ توالی پروتئین HU در سویه های مختلف یک گونه نیز می تواند متفاوت باشد.روش بررسی: در این مطالعه‏٬DNA  متعلق به سه سویه از باکتری B. subtilis دارای6633ATCC ٬ 12711 و 6051 استخراج و ژن hbs موجود در آنها توسط PCR بررسی گردید. محصولات PCR تعیین توالی شد.یافته ها: مشخص گردید که در باکتری B. subtilis دارای 6633 ATCC فقط یک نوکلئوتید نسبت به B. subtilis دارای 23857 ATCC (تنهاB. subtilis  ای که توالی ژن hbs آن مشخص شده و در بانک ژنی وجود دارد) تفاوت وجود دارد که تغییری در کدون ایجاد نمی کند٬ از طرف دیگر در دو سویه دیگر (12711 ATCC و 6051) تمامی نوکلئوتیدهای متعلق به ژن hbs مشابه با این ژن در باکتری B. subtilis 23857 ATCC می باشد.نتیجه گیری: مطالعات قبل نشان داده بودند که توالی پروتئین های HU در سویه های متعلق به یک گونه می تواند متفاوت باشد٬ ولی در بررسی فوق نشان داده شدکه در سویه های انتخاب شده از گونه B.subtilis، این توالی کاملا مشابه است و فقط در یک سویه آن هم در یک نوکلئوتید تفاوت مشاهده شدکه ایجاد تغییری در نوع اسید آمینه نمی کند. بنابراین با توجه به عدم دسترسی به B.subtilis دارای23857ATCC ٬ در مطالعات بعدی از هر کدام از سویه ها می توانیم به عنوان باکتری مرجع استفاده کنیم.

سابقه و هدف: مرجان های خلیج فارس همواره در معرض شرایط سخت محیطی شامل شوری بالا و تغییرات فصلی درجه حرارت می باشند. مطالعات قبلی در سراسر جهان نشان داده است که برخی از گروه های Symbiodinium مانند کلاد D نسبت به استرس های شدید حرارتی مقاوم تر می باشند. در این تحقیق برای اولین بار شناسایی کلادهای  Symbiodiniumبه روش ملکولی در آبسنگ های مرجانی سواحل ایرانی خلیج فارس انجام گرفته است.روش بررسی: نمونه های 8 گونه مرجان در 2 عمق مختلف (3-5 متر و 7-10 متر) از ساحل شرقی جزیره کیش در شمال خلیج فارس جمع آوری شده است: زیر واحد بزرگ ریبوزومی  28Sبا استفاده از واکنش زنجیره ای پلیمراز (PCR) تکثیر شده و سپس با استفاده از روش پلی مورفیسم تاییدی تک رشته ای(SSCP)  و آنالیز فیلوژنی سکانس زیر واحد بزرگ ریبوزومی DNA مورد تجزیه و تحلیل قرار گرفته است.یافته ها: بر روی مرجان های مورد مطالعه تنها دو کلاد متفاوت شناسایی شده است که کلاد D در 8 گونه مرجان و کلاد C تنها در 2 گونه شناسایی شده است.نتیجه گیری: غالب بودن کلادD  به علت درجه حرارت بالای خلیج فارس قابل توجیه است.

زمینه و هدف: وجود نرمه و رس در کانه های کم عیار و دانه ریز مس نه تنها باعث افت راندمان استحصال شیمیایی و بیولوژیک این منابع می شود بلکه به کارگیری آن را برای عملیات لیچینگ توده ای در صنایع هیدرومتالوژی مس غیرممکن می سازد.روش بررسی: در این تحقیق روش آگلومراسیون بخش ابعادی زیردانه (کوچکتر از 1 میلی متر) به منظور عملیات بیولیچینگ ستونی ارزیابی گردیده است.یافته ها: بیولیچینگ ستونی آگلومره های ایجاد شده با اسید سولفوریک و آهک در طول 105 روز پا شش در مقایسه با ستون شاهد باعث انحلال %45 از کانه سولفیدی این ذخیره می گردد و در نتیجه میزان مس کل بازیابی شده حدود %77.5 می رسد. این میزان بازیابی حدود %20 بیشتر از کل مس در ستون شاهد می باشد که صرفا انحلال مس در آن به روش شیمیایی صورت می پذیرد.نتیجه گیری: نتایج نشان داد که این روش را با موفقیت می توان برای استحصال بیولوژیک مس از این منابع استفاده نمود.