دنیای میکروب ها
سال:1388 | دوره:2 | شماره:4 (پیاپی 5) |تعداد مقالات:11

سابقه و هدف: پروتئین جدیدی تحت عنوان پروتئینF  یاcore+1  شناخته شده است که توسط ژنوم ویروس هپاتیت(HCV) C  کد می شود. عملکرد این پروتئین هنوز مشخص نشده است، اما به نظر می رسد در سیکل زندگی و بیماری زایی ویروس نقش مهمی را داشته باشد. در این مطالعه کلون سازی و بیان ژن HCV core+1 در سیستم یوکاریوتی مورد بررسی قرار گرفت تا نقش این پروتئین در مسیرهای سیگنالینگ سلولی و مقاومت ویروس به درمان بررسی گردد.مواد و روش ها: ابتدا ژن core+1 داخل پلاسمید pIVEX2.3 به عنوان یک ناقل پروکاریوتی کلون شد. در ادامه توالی نوکلئوتیدی 6XHis-tag core+1 حاصل از واکنش زنجیره ای پلی مراز (PCR) در سایت های آنزیمی NheI/BamHI داخل وکتور یوکاریوتی pcDNA3.1(+) کلون شد. این پلاسمید به وسیله تجزیه آنزیمی و توالی یابی مورد تائید قرار گرفت. پس از ساخته شدن رده سلول کبدی Huh7 به وسیله روش الکتروپوریشن و لیپوفکشن ترانسفکت شدند. با ترانسفکشن هم زمان پلاسمید pEGFP-N1 و با تکنیک فلوسایتومتری بازده ترانسفکشن مورد بررسی قرار گرفت. در نهایت بیان و چگونگی استقرار پروتئین core+1 در سلول توسط میکروسکوپ هم کانون ارزیابی شد.یافته ها: نتایج هضم آنزیمی و تعیین توالی صحت مراحل کلونینگ را نشان داد. آنالیز فلوسایتومتری بازده بالای روش الکتروپوریشن را در مقایسه با لیپوفکشن برای ترانسفکشن سلول های Huh7 نشان داد. همچنین بیان پروتئینcore+1  در سلول های Huh7 با استفاده از آنتی بادی anti-His و میکروسکوپ هم کانون مورد تائید قرار گرفت.نتیجه گیری: نتایج این پژوهش بیان یوکاریوتی پروتئین core+1 در سلول های Huh7 را نشان داد که به این ترتیب می تواند، که ابزار مناسبی را برای مطالعه نقش تداخلی پروتئین در مسیرهای سیگنالینگ سلولی و برهم کنش آن با سایر پروتئین ها در اختیار ما قرار دهد.

سابقه و هدف: با وجود کنترل بیماری سرخک در جهان، اما گزارش هایی از ابتلا به این ویروس در جمعیت های واکسینه شده وجود دارد. بنابراین تشخیص دقیق و به موقع این ویروس ضروری است. روش های جدید مولکولی در تشخیص ویروس ارائه شده است که توان تعیین مقدار این ویروس را ندارند. هدف از این پژوهش، راه اندازی روشReal-time PCR  با استفاده از ژن F ویروس سرخک بود.مواد و روش ها: این مطالعه با طراحی دو پرایمر و یک پروب راه اندازی و از ژن F کلون شده در داخل پلاسمید pET-22b(+) استفاده گردید. رقت های متوالی در مبنای 10 از پلاسمید استاندارد حاوی ژن آماده شد و منحنی استاندارد رسم گردید. جهت انجام پروژه از کیت Taq Man ساخت شرکت ABI استفاده گردید.یافته ها: حداقل 30 ذره ویروسی در هر واکنش مشخص گردید و در محدوده رقت های 4-10 تا 9-10 معادل (101×3- 106×3) نسخه بهترین حالت خطی برای منحنی استاندارد دیده شد.نتیجه گیری: نتایج نشان داد که تکنیک Real-time PCR می تواند به عنوان روشی بسیار اختصاصی و سریع برای تشخیص و تعیین تعداد ویروس سرخک از نمونه های حاوی این ویروس به کار رود.

زمینه و هدف: کریپتوکوکوس نئوفورمنس بیشتر افراد دچار نقص سیستم ایمنی را درگیر می کند و مننژیت یکی از شایع ترین عوارض بیماری ناشی از آن می باشد. روش های متعددی برای تشخیص این عامل کشنده وجود دارد، اما هیچ کدام از این روش ها، حساسیت، اختصاصیت و سرعت قابل قبولی را ندارند. هدف از این پژوهش، راه اندازی و بهینه نمودن روش LAMP برای تشخیص و ارزیابی میزان شیوع کریپتوکوکوس نئوفورمنس در نمونه های سرمی بیماران مبتلا به ایدز بود.مواد و روش ها: تعداد 34 نمونه سرم خون از بیماران فوق جمع آوری گردید. آزمون های حساسیت و اختصاصیت بر روی روش انجام و آزمون بر روی نمونه ها بهینه گردید. پس از انجام مراحل غیرفعال سازی عوامل عفونی موجود در نمونه ها و استخراج DNA، از تعداد 6 پرایمر طراحی شده ویژه ژن ura5، برای به کارگیری آزمون LAMP در تشخیص کریپتوکوکوس نئوفورمنس استفاده شد.یافته ها: تعداد 3 مورد از 34 نمونه جمع آوری شده با استفاده از LAMP مثبت گزارش گردید. حساسیت و اختصاصیت این روش 100% ارزیابی شد.نتیجه گیری: تکنیکLAMP  روشی کاربردی، حساس، سریع و مقرون به صرفه در تشخیص کریپتوکوکوس نئوفورمنس است که در این پژوهش برای اولین بار در ایران راه اندازی گردید. همچنین استفاده از این روش در آزمایشگاه های تشخیص طبی با داشتن کمترین تجهیزات قابل انجام است.

سابقه و هدف: لیستریا باکتری است که انتشار وسیعی در طبیعت دارد و معمولا در خاک، فاضلاب، گرد و غبار و آب یافت می شود. لیستریا مونوسایتوژنز و سایر گونه های لیستریا از طیف وسیعی از غذاهای خام و آماده مصرف جداسازی شده اند. هدف از این پژوهش، تعیین میزان شیوع گونه های لیستریا در نمونه های شیر خام، پنیر و بستنی سنتی عرضه شده در شهرستان شهرکرد و شیراز بود.مواد و روش ها: در این پژوهش، 178 نمونه شیر خام گاو (45)، شیر خام بز (32)، پنیر سنتی (41) و بستنی سنتی (60) به طور تصادفی جمع آوری گردید. تمامی نمونه ها از نظر وجود گونه های لیستریا به روش استاندارد مورد آزمایش قرار گرفتند. گونه های لیستریا جدا شده با استفاده از روش واکنش زنجیره ای پلی مراز تائید شدند.یافته ها: بر پایه آزمون های میکروب شناسی از مجموع 178 نمونه مورد بررسی، 24 نمونه (13.5%) از نظر آلودگی به گونه های لیستریا مثبت شناخته شدند. شیوع گونه های لیستریا در شیر خام گاو، شیر خام گوسفند، پنیر سنتی و بستنی سنتی به ترتیب %11.1، %3.1، %24.4 و %13.3 بود. در این پژوهش بیشترین گونه جداسازی شده لیستریا اینوکوا (%62.5) و در بقیه موارد لیستریا مونوسایتوژنز (%37.5) شناسایی گردید.نتیجه گیری: نتایج این مطالعه خطر بالقوه عفونت ناشی از مصرف شیر خام و فرآورده های لبنی غیر پاستوریزه را به لیستریا نشان می دهد. مطالعات بیشتر در زمینه وضعیت الودگی به این پاتوژن در سایر مواد غذایی به ویژه مواد غذایی آماده مصرف پیشنهاد می شود.

سابقه و هدف: کلامیدیا پسی تاسی یک باکتری گرم منفی درون سلولی است که باعث کلامیدیوزیس مرغی، شیوع بیماری های همه گیر در پستانداران و پسیتاکوز تنفسی در انسان ها می شود. کبوتران مانند بسیاری از گونه های پرندگان دیگر می توانند مخزن کلامیدیا پسی تاسی باشند و سبب انتقال آن به انسان شوند. هدف از این پژوهش تعیین فراوانی کلامیدیا پسی تاسی در مدفوع کبوتران استان چهارمحال و بختیاری با استفاده از روش واکنش زنجیره ای پلیمراز (PCR) بود.مواد و روش ها: در این مطالعه به صورت مقطعی - توصیفی، تعداد 300 نمونه مدفوع کبوتر از شهرستان های مختلف استان چهارمحال و بختیاری جمع آوری شد. DNA ژنومی از نمونه ها با استفاده از کیت استخراج گردید و واکنش PCR با استفاده از پرایمرهای مخصوص برای ژن OmpA کلامیدیا پسی تاسی انجام شد.یافته ها: بررسی محصولات PCR روی ژل آگارز 1 درصد یک باند 1041 جفت بازی برای نمونه های مثبت نشان داد. فراوانی کلامیدیا پسی تاسی در این مطالعه %14.33 گزارش گردید. همچنین بیشترین و کمترین فراوانی عفونت به این باکتری به ترتیب در شهرستان های کیار و لردگان با 16.66 و %8 مشاهده شد و اختلاف معنی داری در فراوانی این باکتری در شهرستان های مختلف استان مشاهده نگردید (p<0.05).نتیجه گیری: نتایج مطالعه حاضر نشان داد که کلامیدیا پسی تاسی در میان کبوتران استان چهارمحال و بختیاری شایع است. معاینه کبوتران و پرندگان خانگی، برای کنترل و جلوگیری از انتشار این عامل بیماری زا لازم به نظر می رسد. همچنین با کنترل این بیماری می توان از زیان های اقتصادی و خطرات بهداشتی ناشی از آن نیز جلوگیری کرد.

سابقه و هدف: اسهال در گوساله های تازه متولد شده در نتیجه عفونت با اشریشیا کلی انتروتوکسیژن K99 یکی از معضلات مهم صنعت دام پروری است. هدف از این پژوهش، تعیین فراوانی و حساسیت آنتی ژنی سویه های اشریشیا کلی K99 جدا شده از گوساله های مبتلا به اسهال در استان فارس بود.مواد و روش ها: 312 نمونه سواب رکتوم از گوساله های مبتلا به اسهال در نقاط مختلف استان فارس تهیه و با روش های استاندارد باکتریولوژی سعی در جداسازی و شناسایی اشریشیا کلی K99 انجام شد. سپس برای کلیه جدایه های اشریشیا کلی به دست آمده تست حساسیت آنتی بیوتیکی به روش انتشار دیسک انجام شد.یافته ها: از مجموع نمونه های مورد مطالعه 298 جدایه اشریشیا کلی به دست آمد که از آن میان به روش اسلاید اگلوتیناسیون 13 جدایه اشریشیا کلی K99 تعیین هویت شدند. جدایه های اشریشیا کلی K99 به آنتی بیوتیک های انروفلوکساسین، نالیدیکسیک اسید و فلوموکوئین حساس بودند. اما مقاومت به طیف گسترده ای از آنتی بیوتیک ها در اشریشیا کلی های K99 و کمنسال وجود داشت.نتیجه گیری: شیوع اشریشیا کلی K99 در گوساله های دارای اسهال در استان فارس %4.3 تعیین گردید، که در مقایسه با دیگر گزارشات در طیف پایین تری قرار دارد.

سابقه و هدف: بیماری های کلزا از مهمترین دلایل محدود کننده تولید کلزا محسوب می گردند. در دنیا، عوامل قارچی متفاوتی مانند Rhizoctonia solani، Pytium sp.،Phytophthora sp.  و Fusarium sp. دلیل پوسیدگی ریشه و مرگ گیاه چه معرفی شده اند. هدف از این پژوهش، شناسایی عوامل قارچی مولد پوسیدگی ریشه و طوقه کلزا در شهرستان مرودشت و تعیین گونه های غالب بیماری زا در سطح منطقه بود.مواد و روش ها: در این مطالعه یکصد و هفت گیاه با علایم پوسیدگی ریشه و طوقه، از مزارع کلزای شهرستان مرودشت، جمع آوری و بررسی شد. جدایه ها، ابتدا روی محیط آب آگار %2 با روش های استاندارد خالص سازی و با استفاده از کلید شناسایی گردیدند. آزمون اثبات بیماری زایی نیز برای جدایه های یاد شده انجام شد.یافته ها: در این پژوهش پنج گونه قارچ بیمارگر، متعلق به چهار جنس Fusarium، Rhizoctonia،Phoma  و Pythium جداسازی گردید. F. solani با 25% و Phoma betae با %2.5 به ترتیب بیشترین و کمترین فراوانی را در میان بیمارگرهای جدا شده نشان دادند. در آزمون اثبات بیماری زایی، R.solani شدت بیماری زایی بیشتر و P. aphanidermatum و F. solani شدت بیماری زایی کمتری را نشان دادند.نتیجه گیری: این اولین گزارش از وجود قارچ روی ریشه کلزا از استان فارس می باشد. با توجه به یافته های این پژوهش و محرز شدن آلودگی وسیع ریشه کلزا به R.solani پیشنهاد می شود در تحقیقی دیگر گروه آناستوموزی این جدایه ها مورد بررسی قرار گیرد.

سابقه و هدف: باکتری های ریزوبیوم مهمترین میکروارگانیسم های موجود در خاک هستند که نسبت به سایر میکروب زیاگان خاک نقش بیشتری را در تثبیت ازت دارند. هدف از این پژوهش، استفاده از ریزوبیوم بومی استان فارس و نقش کود اوره در بهره وری گیاه یونجه بود.مواد و روش ها: ابتدا ریزوبیوم بومی از گرهک های یونجه با استفاده از محیط YMA حاوی قرمز کنگو، جداسازی و با استفاده از رنگ آمیزی و تست های بیوشیمیایی تعیین هویت گردیدند. این پژوهش به صورت تصادفی و در نظر گرفتن فاکتور اول شامل: نوع کود، بدون اوره، 100 میلی گرم در کیلوگرم کود اوره، 200 میلی گرم در کیلوگرم کود اوره، 1 درصد کود حیوانی، 3 درصد کود حیوانی و فاکتور دوم شامل: بدون باکتری، ریزوبیوم محلی، ریزوبیوم سوش استاندارد در شش تکرار در هوای آزاد انجام گردید.یافته ها: بیشترین رشد در گلدان هایی که با ریزوبیوم بومی تیمار شده مشاهده گردید. در مقایسه با کود اوره و کود حیوانی بهترین رشد در تیمار کود حیوانی 3 درصد و بیشترین ارتفاع گیاه در گلدان هایی با تیمار ریزوبیوم بومی دیده شد. همچنین بهترین تیمار استفاده از ریزوبیوم سوش محلی و کود حیوانی 3 درصد برای محصول دهی بیشتر بود. بیشترین گرهک های فعال در تثبیت ازت در گیاهانی با تیمار ریزوبیوم بومی مشاهده گردید.نتیجه گیری: در مقایسه بین ریزوبیوم بومی و سوش استاندارد و با توجه به آهکی بودن خاک های استان و آب و هوای گرم و خشک منطقه استفاده از ریزوبیوم بومی و کود حیوانی می تواند باعث بهره وری بیشتر و تثبیت ازت توسط گرهک های تولید شده بر روی ریشه گیاه گردد. همچنین می توان در تولید کودهای بیولوژیک از ریزوبیوم های جداسازی شده از مناطق مختلف با هدف محصول دهی بیشتر استفاده نمود. استفاده از کود حیوانی به دلیل تجزیه طولانی مدت و فعال کردن دیگر باکتری های آزادزی تثبیت کننده ازت می تواند به رشد گیاه کمک شایانی نماید.