دنیای میکروب ها
سال:1389 | دوره:3 | شماره:3 (پیاپی 8) |تعداد مقالات:6

سابقه و هدف: آنزیم کوتیناز متعلق به خانواده سرین هیدرولازها است و به دلیل خواص ساختاری و عملکردی در حذف آلودگی های زیست محیطی اهمیت بسیار زیادی دارد. هدف از این پژوهش، جداسازی و کلون سازی ژن آنزیم کوتیناز از باکتری ترموبیفیدا فوسکا (Thermobifida fusca) بود.مواد و روش ها: نمونه برداری از خاک های جنگلی شمال ایران صورت گرفت. با استفاده از محیط کشت اختصاصی و شرایط محیطی مناسب (pH10 و دمای 60 درجه سانتیگراد) جداسازی باکتری بومی ترموفیل ترموبیفیدیا فوسکا انجام شد. پس از طراحی پرایمر، ژن کوتیناز (cut1) از باکتری یاد شده جدا گردید. سپس در وکتور pBluescript sk کلون و به سویه DH5a اشریشیا کلی انتقال داده شد. به منظور تایید کلون سازی، هضم آنزیمی انجام و نمونه ها برای تعیین توالی ارسال گردید.یافته ها: در این تحقیق برای یافتن آنزیم کوتیناز با ویژگی های مطلوب تر، جداسازی و کلونینگ ژن آنزیم کوتیناز از باکتری ترموفیل بومی ترموبیفیدا فوسکا انجام شد. کلون سازی به کمک روش هضم آنزیمی و تعیین توالی مورد تایید قرار گرفت. با توجه به نتایج BLAST بیشترین شباهت با 98% همانندی با آنزیم کوتیناز cut1 و 96% شباهت باآنزیم کوتیناز cut-1.KW3 در باکتری ترموبیفیدا فوسکا مشاهده گردید.نتیجه گیری: با استفاده از آنزیم کوتیناز کلون شده در این تحقیق و با توجه به طیف وسیع عملکردی آن در برابر سوبستراهای متنوع و قابلیت تجزیه و سنتز انواع ترکیبات پلی استری، این آنزیم می تواند در رفع آلودگی های زیست محیطی نقش مهمی ایفا کند.

سابقه و هدف: باکتری پاستورلا مالتوسیدا به صورت هم زیست در دستگاه تنفسی فوقانی و سیستم گوارشی بسیاری از حیوانات اهلی و وحشی وجود دارد. سروتیپ هایA و D این باکتری از مهم ترین عوامل ایجاد کننده ذات الریه در گوسفند و بز به شمار می روند. فیمبریه و ادهسین، کپسول، توکسین، فاکتور جذب آهن، پروتئین غشای خارجی از مهم ترین فاکتورهای بیماریزای این باکتری محسوب می شوند. هدف از این پژوهش طراحی روش Multiplex PCR برای تشخیص هم زمان و سریع مهم ترین ژن های بیماریزا، تیپ بندی کپسولی و نیز شناسایی پاستورلامالتوسیدا جدا شده از گوسفند و بز دارای علائم تنفسی در استان فارس بود.مواد و روش ها: در مجموع 500 سوآب از لوزه و بینی گوسفند و بز دارای علائم تنفسی و مشکوک به پاستورولوز تنفسی از استان فارس جمع آوری گردید. در ابتدا با استفاده از تست های های بیوشیمیایی گونه باکتری شناسایی و تائید گردید. سپس به کمک پرایمرهای اختصاصی مهم ترین فاکتورهای حدت باکتری به همراه تیپ کپسولی مورد بررسی قرار گرفتند.یافته ها: در این مطالعه 83.8 درصد از سویه های پاستورلا مالتوسیدا سروتیپ کپسولی A و 6.4 درصد سروتیپ D بودند. همچنین میزان فراوانی ژن های omph, ptfA, hgbA, toxA به ترتیب 77.4%، 74.19%، 67.74% و 67.74% گزارش گردید.نتیجه گیری: اکثر سویه های پاستورلا مالتوسیدا جدا شده از گوسفندان و بزها در استان فارس توکسیژن بودند و سروتیپ کپسولیA در بین جدایه ها شیوع بیشتری داشت. از میان ژن های بیماریزای مورد بررسی، دو ژن toxA وompH کد کننده درمونکروتوکسین و پروتئین غشای خارجی، بیشترین میزان شیوع را در سویه های جداسازی شده از گوسفند و بزها داشتند. بنابراین پایش دو ژن یاد شده می تواند نقش موثری در اپیدمیولوژی و عفونت تنفسی گوسفند و بز داشته باشد.

سابقه و هدف: طیف وسیعی از عفونت های خارج روده ای در انسان و حیوانات به وسیله سویه های اشریشیا کلی خارج روده ای (EXPEC) ایجاد می شوند. از آن جمله می توان به سویه های APEC (عامل بیماریزای طیور) و UPEC (عامل عفونت دستگاه ادراری در انسان) اشاره نمود. این مطالعه با هدف مقایسه حضور 8 ژن بیماریزایی در دو سویه UPEC و APEC و بررسی فرضیه نقش کلی باسیل های جدا شده طیور به عنوان منبع مناسب جهت پیدایش و حضور UPEC انجام شد.مواد و روش ها: در مجموع 100 نمونه اشریشیا کلی از بیماران مبتلا به عفونت ادراری و 105 نمونه از جوجه های گوشتی مبتلا به کلی باسیلوز جمع آوری گردید. پس از استخراج DNA به منظور بررسی حضور ژن های astA، iss، irp2،papC ، iucD، tsh، vat و cva/cvi از روش Multiplex PCR استفاده گردید. سپس از آزمون آماری مربع کای به منظور ارزیابی همبستگی بین سویه های APEC و UPEC استفاده شد.یافته ها: فراوانی ژن های astA، iss،irp2   papC ودر سویه UPEC جدا شده از بیماران مبتلا به عفونت ادراری به ترتیب 13%، 11%، 33% و 3% بود. همچنین ژن هایiucD, tsh, vat   cva/cvi ودر هیچ یک از سویه های انسانی مشاهده نگردید. اما تمامی ژن های مورد بررسی در سویه های جدا شده از طیور وجود داشتند.نتیجه گیری: با توجه به شناسایی ژن های astA، iss، irp2 و papC در هر دو سویه APEC و UPEC، می توان نتیجه گیری نمود که این ژن ها می توانند به عنوان عوامل موثر در حضور خارج روده ای باکتری مطرح باشند. از این میان ژن iss به دلیل دارا بودن بیشترین شیوع در هر دو سویه و نیز ژن irp2 با فراوانی 33% در سویه های UPEC، با احتمال بیشتری می توانند به عنوان مهم ترین عوامل بیماریزای در سویه های اشریشیا کلی معرفی شوند.

مقدمه و هدف: کمپیلوباکترها یکی از مهمترین عوامل ایجاد کننده عفونت های گوارشی در دنیا معرفی می شوند. آب و مواد غذایی آلوده اصلی ترین راه ورود این باکتری به انسان می باشد. هدف از این پژوهش، جداسازی، شناسایی و تشخیص گونه های مختلف کمپیلوباکتر و آرکوباکتر از آب دریای خزر در شمال ایران بود.مواد و روش ها: تعداد 263 نمونه آب در 4 فصل سال جمع آوری گردید. گونه های کمپیلوباکتر و آرکوباکتر با استفاده از روش استاندارد کشت جداسازی شد و سپس به وسیله تست های فنوتایپینگ شناسایی شدند. تائید فنوتایپینگ سویه ها بوسیله روش PCR صورت گرفت.یافته ها: بعد از انجام روش های فنوتایپینگ و استفاده از تکنیک های مولکولی 7 سویه از کمپیلوباکتر ججونی و 14 سویه از آرکوباکتر بوتزلری شناسایی شدند. با توجه به نتایج حاصل، شیوع کمپیلوباکتر ججونی و آرکوباکتر بوتزلری در آب های ساحلی جنوب دریای خزر به ترتیب به میزان 2.66 درصد و 5.32 درصد ارزیابی گردید.نتیجه گیری: نتایج حاصل از این تحقیق به عنوان اولین گزارش جداسازی کمپیلوباکتر ججونی و آرکوباکتر بوتزلری از دریای خزر می باشد. مطلع بودن از چگونگی ورود و گستره زمانی انتشار و بقای کمپیلوباکترها در محیط های آبی می تواند در کنترل کیفیت آب و جلوگیری از بیماری اهمیت داشته باشد.

سابقه و هدف: دو گیاه پنیرک و حنا به طور گسترده ای در طب سنتی آذربایجان شرقی کاربرد دارند. ترکیبات موثر موجود در این گیاهان می تواند عاملی برای فعالیت های زیستی این گیاهان و در نتیجه کاربردهای درمانی آنها باشد. هدف از این پژوهش، ارزیابی فعالیت های آنتی اکسیدانی و ضدمیکروبی عصاره متانولی گیاه پنیرک و حنا بود.مواد و روش ها: برای ارزیابی ظرفیت جمع آوری رادیکال های سوپر اکسید توسط عصاره های متانولی گیاهان مورد بررسی، از سیستم اتواکسیداسیون پیروگالول استفاده شد. همچنین برای سنجش فعالیت های ضدمیکروبی از روش انتشار دیسک در برابر 3 میکروارگانیسم روده ای استفاده گردید. سپس حداقل غلظت بازدارنده رشد باکتری نیز محاسبه گردید.یافته ها: روش مورد استفاده به منظور سنجش فعالیت های آنتی اکسیدانی برای سنجش میزان جمع آوری رادیکال های سوپراکسید در مورد عصاره تام گیاهان مورد نظر مناسب نبود. اما در مورد روش های آنتی باکتریال، هر سه باکتری حساس به عصاره متانولی بودند و به طور متوسط قطر مهاری بین 4 تا 15 میلیمتر را داشتند.نتیجه گیری: نتایج پژوهش نشان داد که عصاره های تام گیاهان مورد استفاده، دارای اثرات ضدمیکروبی مناسبی بودند، اما اثر آنتی اکسیدانی قابل توجهی نداشتند.

سابقه و هدف: بیماری زنگ قهوه ای (زنگ برگی) گندم یکی از بیماری های مهم گندم است که توسط قارچ Puccinia triticina Erikson ایجاد می شود. در سال های اخیر توالی یابی نواحی مختلف DNA ریبوزومی به ویژه ناحیه ITS1 به منظور بررسی تفاوت های ژنتیکی پاتوتایپ های عوامل بیماریزای زنگ های مختلف گندم مورد استفاده قرار گرفته است. هدف از انجام این پژوهش، بررسی تشابهات و تفاوت های موجود بین پاتوتایپ های عوامل بیماریزای زنگ قهوه ای گندم در مناطق مختلف جغرافیا یی ایران بر اساس توالی یابی ناحیه ITS1 از DNA ریبوزومی بود.مواد و روش ها: در ابتدا DNA یوریدینیوسپورهای پاتوتایپ های عامل بیماری زنگ قهوه ای گندم استخراج گردید. سپس از تکنیک PCR و پرایمرهای  ITS5و Rust2 به منظور تکثیر ناحیه ITS1 استفاده شد. محصولات PCR تعیین توالی شدند و شماره دسترسی آنها در بانک ژن ثبت گردید. با استفاده از نرم افزار های MEGA4 و DNA MAN هم ترازی توالی ها و مقایسه توالی های تکرار شونده در طول ناحیه ITS1 انجام گرفت.یافته ها: بررسی توالی های ITS1 تکثیر شده جدایه ها نشان دهنده تفاوت 1.2-0 درصدی بین آنها بود. این تفاوت ها شامل نواحی جهش یافته، حذف و اضافه شده و نیز اندازه متفاوت ناحیه تکثیر شده در بین توالی های مورد بررسی بود. همچنین مشخص گردید که ناحیه ITS1 زنگ قهوه ای گندم از تعدادی نواحی تکرار شونده بازی تشکیل شده است. این نواحی از نظر تعداد واحدهای تکرار شونده و همچنین ترتیب بازها در بین جدایه های مختلف متفاوت گزارش شدند.نتیجه گیری: در مطالعه حاضر با وجود تفاوت در طیف بیماریزایی و جغرافیایی جدایه های مورد بررسی، توالی های مربوط به ناحیه ITS1 دارای تفاوت اندکی با یکدیگر بودند. از آنجایی که هیچ گونه ارتباط منطقی بین تفاوت های موجود در ناحیهITS1 جدایه ها و تفاوت میان پاتوتایپ و فنوتیپ جدایه ها مشاهده نشد، بنابراین توالی یابی این ناحیه از DNA ریبوزومی نمی تواند به عنوان یک مارکر جهت تشخیص پاتوتایپ های قارچ عامل بیماری زنگ قهوه ای گندم مورد استفاده قرار گیرد.