جهت مقایسه و اندازه گیری اسیدهای چرب امگا 3 (5, 8, 11, 14, 17 -Eicosapentaenoic acid معروف به EPA و 4, 7, 10, 13, 16, 19 -Docosahexaenoic acid معروف به DHA) و امگا 6 با هدف اندازه گیری این اسیدهای مفید در سه نمونه ماهی پرورشی قزل آلا، کپور و فیتوفاک، نمونه ها در طول دی و بهمن سال 84 از بازار شهر رشت بطور اتفاقی خریداری شد و سپس با توجه به روشهای نمونه برداری، مقداری از آنها انتخاب و تحت فرآیند روغن کشی قرار گرفت. پس از هیدرولیز روغنها و جداسازی اسیدهای چرب، فرآیند متیله کردن اسیدها انجام شد. نمونه های استری شده پس از خالص سازی با استفاده از دستگاه GC-MS تحت اندازه گیری کیفی و کمی قرار گرفتند. به عنوان استاندارد جهت مقایسه های کمی از استانداردهای EPA و DHA و آراشیدونیک اسید استفاده شد. نتایج حاصله بیان کننده این مطلب است که ماهی قزل آلا در میان انواع ماهیان پرورشی انتخاب شده، از بیشترین مقدار EPA و DHA برخوردار است (0.728 و 0.627 درصد در روغن ماهی) و ماهی کپور، کمترین مقدار آن را نسبت به سایر ماهیان مورد آزمایش دارا می باشد.