باکتری سالمونلا از جمله باکتری های بیماریزا است که می تواند در غذا و مواد اولیه حضور پیدا کند. وجود این باکتری در مواد غذایی علاوه بر ایجاد بیماری می تواند باعث افت کیفیت تولید و کاهش رشد اقتصادی کشور شود. در این مطالعه، تعداد 150 مخزن حمل شیر خام برای شناسایی و جداسازی باکتری سالمونلا در شیر خام، برای مقایسه روش های واکنش زنجیره ای پلیمراز و کشت مورد آزمایش قرار گرفت. در این روش ابتدا شیر خام به روش استاندارد مورد کشت و آزمایش قرار گرفت و سپس مراحل تکمیلی و شناسایی برای جداسازی باکتری سالمونلا انجام شد. با استفاده از روش کشت، 6 نمونه کشت باکتری مشکوک، برای انجام آزمایش واکنش زنجیره ای پلیمراز (PCR) انتخاب شد که پس از آزمایش PCR و استفاده از شناساگر ژن invA نتایج آزمایش منفی شد. سپس آزمونPCR مستقیم بر روی شیرخام با استفاده از شناساگر ژن invA انجام شد. در این روش تعداد 3 نمونه از 150 نمونه مورد آزمایش مثبت گردید. در مجموع در 2% از کل نمونه ها، آلودگی به باکتری سالمونلا وجود داشت. نتایج این مطالعه نشان داد که روش PCR نسبت به روشهای سنتی در شناسایی باکتری سالمونلا در شیر خام از توانایی بیشتری برخوردار است.