در این مقاله به شناسایی و تحلیل آسیب های موجود در دانشگاه ها و مؤسسات آموزش عالی غیردولتی-غیرانتفاعی پرداخته شده است. جامعه آماری در این تحقیق شامل مسئولین دانشگاه ها و مؤسسات آموزش عالی غیردولتی-غیرانتفاعی سراسر کشور بوده که با استفاده از نمونه گیری تصادفی طبقه ای، 201 نفر از آنها به عنوان جامعه نمونه انتخاب شده اند. برای گردآوری داده ها از شیوه پیمایش و ابزار پرسشنامه سود جسته و تجزیه و تحلیل داده ها نیز به روش کمی انجام شده است. یافته های تحقیق حاکی از آن است که خرده نظام آموزش عالی غیردولتی-غیرانتفاعی با آسیب های مختلفی رو به رو بوده که ادامه فعالیت آن را با دشواری همراه کرده است. در میان موارد مذکور آسیب های مربوط به حوزه آموزشی از بالاترین رتبه برخوردار بوده و پس از آن به ترتیب، آسیب های مربوط به حوزه های اداری و سازمانی، علمی و پژوهشی و امور دانشجویی و فرهنگی قرار دارد.