افزایش غلظت فلزات سنگین نظیر سرب، مس، نیکل و سایر فلزات سنگین در آب، خاک و هوا می تواند به دلیل تأثیر منفی بر کل بوم نظام باعث اثرات زیانباری برای سلامت همه موجودات زنده گردد. مهم ترین منبع این آلودگی ها در بیشتر قسمت های دنیا معادن، پساب-های صنعتی، کودهای شیمیایی و آفت کش ها می باشند. به منظور بررسی اثر فلزات سنگین مختلف بر روی تعدادی از ویژگی های فیزیولوژیک زعفران همچون میزان رنگ دانه های فتوسنتزی، پرولین، کروسین و کربوهیدرات های محلول و نامحلول آزمایشی در قالب طرح کاملا تصادفی با 3 تکرار انجام شد. تیمارهای آزمایشی شامل کاربرد فلزات سنگین به صورت نمک های نیترات نقره، سولفات منگنز، نیترات نیکل، نیترات روی، کربنات مس، نیترات سرب و شاهد بودند. قبل از کاشت هر یک از فلزات موردنظر با غلظت 500 میلی گرم در کیلوگرم استفاده شد. بر اساس نتایج به دست آمده اثر تیمارهای آزمایشی بر میزان کلروفیل a، کلروفیل b، کلروفیل کل و همچنین نسبت کلروفیل a به b معنی دار بود ولی اثر این تیمارها بر میزان کاروتنوئیدهای برگ زعفران معنی دار نبود. میزان پرولین و کربوهیدرات های محلول برگ به صورت معنی داری تحت تأثیر تیمارهای آزمایش قرار گرفت ولی اثر تیمارها بر میزان کربوهیدرات های احیاکننده معنی دار نبود. تیمارهای آزمایشی همچنین تأثیر معنی داری بر میزان کروسین موجود در کلاله زعفران داشتند و در همه تیمارها به غیر از نیترات نیکل میزان کروسین کلاله از تیمار شاهد بیشتر بود.