باکتریها و زئوپلانکتونها عناصر مهم در شبکه غذایی پلاژیک هستند و نقش مهمی را در فرآیندهای بیوژئوشیمیایی دارند. در این تحقیق باکتری های غالب در محیطهای کشت آنتن منشعب (Daphnia magna) و خاردار (Acanthocyclops robustus) تغذیه شده با کود (گاوی+ مرغی به نسبت 1:1 وزنی)، سبزیجات (جعفری+ اسفناج + گشنیز به نسبت 1:1:1 وزنی) و جلبک سندسموس (Scenedesmus quadricauda) بررسی گردید. نتایج نشان داد که در کشت D. magna با کود و سبزیجات دارای باکتریهای جنس Acinetobacter و برای کشت با جلبک سندسموس باکتریهای جنس Aeromonas غالب بودند در حالی که در کشت A. robustus تغذیه شده با کود، سبزیجات و جلبک سندسموس به ترتیب جنس های Neisseria، Enterobacteria و Alcaligenes غالب شدند. جیره های مختلف غذایی تاثیر معنی داری را بر میزان تراکم D. magna و A. robustus، جمعیت باکتریها،BOD و COD محیط کشت داشتند (P<0.05). بالاترین میزان جمعیت باکتریایی محیط کشت D. magna در تغذیه با جلبک سندسموس (5´104 cell/ml) و کمترین در کود (9´103 cell/ml) بدست آمد. همچنین در کشت A. robustus با سبزیجات و جلبک سندسموس به ترتیب بالاترین و کمترین میزان جمعیت باکتریایی 1.4´104cell/ml و 5´103cell/ml بدست آمد. بیشترین میزان BOD در کشت A. robustus تغذیه شده با سبزیجات (90 میلی گرم در لیتر) و کمترین آن درکشت D. magna تغذیه شده با کود (28 میلی گرم در لیتر) بدست آمد. بیشترین میزان COD (313 میلی گرم در لیتر) و کمترین آن (43 میلی گرم در لیتر) به ترتیب در A. robustus تغذیه شده با سبزیجات و جلبک سندسموس بدست آمد. علاوه بر این، پارامترهای BOD، COD و جمعیت باکتریایی همبستگی معنی داری با تراکم جمعیت D. magna و A. robustus داشت (P<0.05). بطورکلی، یافته های این تحقیق نشان داد که نوع باکتریها و تراکم جمعیت آنها در محیطهای کشت زئوپلانکتونی به گونه زئوپلانکتون و جیره غذایی آنها در طی پرورش بستگی دارد.