آویشن یکی از پرمصرف ترین و ارزشمندترین گیاهان دارویی جهان است. در این پژوهش، تنوع ژنتیکی 22 جمعیت از آویشن های بومی ایران از چهار گونه T. deanensis, T. Pubescence, Thymus kotschyanus و T. lancifolius به همراه یک جمعیت از گونه T. vulgaris با استفاده از 12 آغازگر ISSR مورد بررسی قرار گرفت. از آغازگر های به کار رفته، 10 آغازگر باندهای قابل شناسایی با 57 آلل تولید کردند. بیشترین مقدار PIC در آغازگر 9p با مقدار 92/0 مشاهده شد. آغازگرهایی که دارای موتیف های AC و AG بودند، باندهای واضح تری نسبت به سایر آغازگرها تولید نمودند. تجزیه کلاستر بر اساس داده های ISSR، جمعیت ها را در دو گروه مستقل قرار داد. فاصله ژنتیکی جمعیت ها از 032/0 تا 4/0 متفاوت بود. بررسی تنوع درون جمعیت ها نشان داد که جمعیت های داران اصفهان، بیشترین (0. 43=I و0. 29 =h) و جمعیت T. vulgaris اصفهان، کمترین تنوع درون جمعیتی (16/0=I و 106/0=h) را دارا هستند. تنوع درون جمعیت ها 77 درصد و تنوع بین جمعیت ها 23 درصد بود. در بین گونه های مورد بررسی نیز T. deanensisو T. lancifolius با 25/98 و 44/75 درصد بیشترین و گونه T. vulgaris با 09/35 درصد کمترین پلی مورفیسم را نشان دادند. تغییرات درون گونه ها 90 درصد و تغییرات بین گونه ها 10 درصد از کل تنوع را تشکیل می دادند. به طورکلی یافته های این پژوهش، تنوع ژنتیکی گسترده ای را در آویشن های ایرانی آشکار نمود که می توان از این پتانسیل در جهت بهنژادی این گیاه ارزشمند بهره برد.