بیماری جاروک بادام که فیتوپلاسمای همراه با آن Candidatus Phytoplasma phoenicium نام دارد در حال حاضر یکی از مخرب ترین بیماری های بادام در ایران و لبنان است. تنوع ژنتیکی در فیتوپلاسمای همراه با جاروک بادام در نمونه های تهیه شده در دو نقطه از باغ های اطراف نیریز (جدایه های نیریز 1 و نیریز 2)، یک نقطه از مشکان نیریز (جدایه مشکان)، دو نقطه در اطراف کرمان (جدایه های کرمان 1 و کرمان 2) و یک نقطه در شهرستان سنندج (جدایه سنندج) بررسی گردید. نهال های بادام تلخ مایه زنی شده با جدایه های عامل جاروک بادام در شرایط کنترل شده واکنش های متفاوتی را نشان دادند. RFLP محصول PCR مستقیم با جفت آغازگر (P1/P7 تقریبا 1800 جفت باز از اپرون ار.ان.ای ریبوزومی) با آنزیم های AluI, CfoI, HaeIII, HinfI, HpaII, RsaI, TaqI نشان داد که جدایه مشکان از نظر نقوس حاصل از برش با انزیم CfoI و جدایه کرمان 2 از نظر نقوش حاصل از برش با آنزیم HinfI با بقیه متفاوت اند و بر این اساس جدایه های مورد مطالعه در 3 گروه قرار می گیرند. جدایه مشکان در گروه یک، جدایه کرمان 2 در گروه دو و جدایه های کرمان ا، سنندج، نی ریز 1 و نی ریز 2 در گروه سه قرار گرفتند. مقایسه میزان تشابه نوکلئوتیدی در ناحیه SR نیز تفاوت جدایه های عامل جاروک بادام را تایید کرد و نشان داد که جدایه مشکان با دیگر جدایه های مورد مطالعه تفاوت قابل ملاحظه ای دارد. بررسی تبارزایی بر اساس ترادف اپرون آر ان ای ریبوزومی، جدایه های عامل جاروک بادام را در گروه جاروک نخود کبوترPigeon pea witches' broom 16S rIX,) ) قرار داد و نشان داد که این جدایه ها یکسان نیستند. تمامی بررسی های مولکولی تفاوت جدایه خفر با جدایه های مورد مطالعه در این تحقیق را تایید کرد. بررسی های RFLP، مقایسه میزان تشابه نوکلئوتیدی و تبارزایی نشان داد که تفاوت ژنتیکی جدایه های جاروک بادام مربوط به 600 جفت باز از اپرون ار ان ای ریبوزومی شامل انتهای '5 ژن S16، ناحیه SR و ابتدا '3 ژن 23S است.