زمینه: برگشت خون قاعدگی به داخل حفره صفاقی در برخی از افراد اندومتریوز ایجاد می کند و نشان می دهد عوامل دیگری نیز در ایجاد بیماری نقش دارند که بررسی عوامل عفونی در این خصوص حایز اهمیت است.هدف: مطالعه به منظور تعیین حضور آلودگی های باکتریایی کلامیدیا تراکوماتیس و مایکوپلاسما هومینیس به عنوان عوامل خطر در ضایعه های اندومتریوزی انجام شد.مواد و روش ها: این مطالعه مورد- شاهدی در سال 1393 در بیمارستان فوق تخصصی صارم انجام شد. از 90 بلوک پارافینی شامل 40 نمونه بافت اندومتریوزی افراد بیمار، 23 نمونه بافت اندومتر همان بیماران و 27 نمونه بافت اندومتر افراد عاری از اندومتریوز، DNA استخراج و با استفاده از واکنش زنجیره ای پلیمراز بررسی مولکولی شدند. داده ها با آزمون های آماری فیشر و مک نمار تحلیل شدند.یافته ها: آلودگی به کلامیدیا تراکوماتیس در 11 بافت بیمار (27.5%)، 3 بافت سالم گروه بیمار (13%) و 10 بافت افراد فاقد اندومتریوز (37%) مشاهده شد. آلودگی مایکوپلاسما هومینیس در 11 بافت بیمار (27.5%)، 7 بافت سالم گروه بیمار (30.4%) و 1 بافت افراد فاقد اندومتریوز (3.7%) تشخیص داده شد که این تفاوت ها ارتباط معنی داری را بین آلودگی به مایکوپلاسما هومینیس و بیماری اندومتریوز نشان می دهد.نتیجه گیری: با توجه به یافته ها، اگرچه ارتباط معنی داری بین آلودگی کلامیدیا تراکوماتیس و بیماری اندومتریوز وجود نداشت، اما به نظر می رسد آلودگی مایکوپلاسما هومینیس می تواند احتمال بروز بیماری اندومتریوز را افزایش دهد.