مقدمه: هلیکوباکترپیلوری یکی از عوامل عفونت در دستگاه گوارش است که انتشار جهانی دارد. عقیده بر این است که عفونت از دوران کودکی کسب می شود. راه انتقال باکتری به درستی روشن نشده است و یکی از راه هایی که برای آن فرض می شود، انتقال از طریق آب است. هدف از این مطالعه، بررسی وجود هلیکوباکترپیلوری در منابع آب شهر اصفهان از جمله آب شهری، آب چاه های اطراف اصفهان وآب زاینده رود بود.روش ها: در این مطالعه در مجموع 100 l آب از منابع پیش گفته جمع آوری و جهت شناسایی باکتری با روش Fluorescent nested PCR (Fluorescent nested polymerase chain reaction) و با استفاده از سه پرایمر برای ژن های 16srRNA, UerC و 1-Adhesion مورد بررسی قرار گرفت.یافته ها: با بررسی آب های مورد مطالعه، آب زاینده رود آلوده به این باکتری شناخته شد. در مورد نمونه های آب چاه ها، منطقه شمالی 3 نمونه، منطقه غربی دو نمونه، منطقه شرقی صفر و منطقه جنوبی 3 نمونه آلودگی به هلیکوباکترپیلوری را نشان دادند. در خصوص آب شرب شهری، فقط دو نمونه از شرق اصفهان آلودگی به هلیکوباکترپیلوری را نشان دادند.نتیجه گیری: با استفاده از پرایمر ژن 16srRNA، UreC و روش Fluorescent nested PCR و فلوروکروم CY5 تعداد بسیار کمی باکتری مورد شناسایی قرار گرفتند.