سیستم fMRI در شناخت فعالیت های عصبی کاربرد زیادی دارد. پاسخ مغز به آزمایش ترتیب داده شده از طریق سیگنال ها و تصاویر به دست آمده در خلال تصویربرداری fMRI، قابل بررسی است. مطالعات مختلف انجام شده بر روی سیگنال میزان اکسیژن دهی خون، رابطه غیرخطی بین تحریک اعمالی و پاسخ دریافت شده از نرون ها را نشان می دهد. در این مقاله، به بررسی روش های غیرخطی تحلیل تصاویر fMRI خواهیم پرداخت. برای این مقصود، به بررسی روش های غیرخطی با تاکید بر پارامترهای فیزیولوژیکی اثرگذار بر سیگنال BOLD و روش های غیرخطی که بدون در نظر گرفتن عوامل فیزیولوژیکی، رابطه ورودی و خروجی، یعنی سیگنال تحریک و سیگنال fMRI را مدل می کنند؛ می پردازیم. روش بالون را نیز به عنوان یک روش غیرخطی فیزیولوژیکی بررسی کرده و از طریق آن روش جدیدی برای تعیین مناطق فعال مغز ارائه کرده ایم. همچنین روش های همرشتاین-وینر و NARMA و مدل ولترا به عنوان روش های غیرفیزیولوژیکی مورد بحث قرار گرفته و توانایی آنها در مدل کردن و تشخیص مناطق فعال مغز مورد ارزیابی قرار گرفته است. علاوه بر روش های به کار رفته برای آشکارسازی نقاط فعال بر روی دو مجموعه از داده ها (با تحریک شبیه سازی شده و تحریک واقعی) ارزیابی شده اند. در مجموعه دادگان شماره یک به ازای سطح آستانه 0.45 در هر سه مدل، میزان اندیس جکارد برای مدل های همرشتاین-وینر،NARMA و مدل ولترا به ترتیب 0.90، 1.0 و 0.91 به دست آمد. در مجموعه داد گان شماره دو به ازای آستانه های مختلف (به ترتیب 0.35، 0.40 و 0.45) این اندیس به ترتیب 0.80، 0.9 و 0.87 است.