سابقه و هدف: یکی از اهداف علم اپیدمیولوژی ژنتیک یافتن دقیق مکان ژنتیکی در ارتباط با یک فنوتیپ خاص است. گام موثر در این مسیر پر فراز و نشیب، تحلیل پیوستگی ژنتیکی این فنوتیپها و نزدیک شدن به مکان ژنی آنهاست. روش آماری رایج جهت تحلیل پیوستگی ژنتیکی فنوتیپهای کمی روشهای رگرسیونی Haseman-Elston یا HE)) است که در حال حاضر هفت نوع از این روش ها بهطور رایج مورد کاربرد است. تغییرات HDL-C یکی از فنوتیپهای تعیین کننده سندرم متابولیک است. هدف از نگارش این مقاله ارایه روش آماری مناسب برای تحلیل پیوستگی ژنتیکی صفات کمی و تعیین نواحی ژنی موثر در کاهش HDL-C به کمک میکروستلایت ها در جمعیت ایرانی، مقایسه نتایج تحلیل پیوستگی ژنتیکی با روش های متفاوت HE میباشد.مواد و روش ها: افراد مورد بررسی در این مطالعه از بین شرکت کنندگان در مطالعه قند و لیپید تهران انتخاب شده اند که شامل 91 خانواده ایرانی (493 نفر، 234 مرد و 259 زن)، بوده و انتخاب آنها به این صورت بوده است که حدقل یک نفر از اعضای آنها مبتلا به سندرم متابولیک (طبق معیارATP III ) و حداقل دو نفر از اعضای آنها دچار کاهشHDL-C بودند، انتخاب شدند. تکثیر 12 قطعه مختلف در 4 ناحیه کروموزومی افراد با استفاده از تکنیکFragment Analysis انجام گردید. تحلیل پیوستگی ژنتیکی صفت HDL-C با روش های رگرسیونیw4,w3,w2, rHE, sHE, oHE و tHE انجام شد. همچنین نتایج متغیرهای کمی به صورت (انحراف معیار) میانگین ارایه، سطح معنی داری، 0.05 درنظرگرفته شده است. در حین تحلیل از نرم افزارهای مختلفی استفاده شد که عبارت بودند از: power HE، SPSS، Excel، powerMarker و S.A.G.E.یافته ها: (انحراف معیار) میانگین HDL-C در کل افراد برابر mg/dl (11.01) 44.1بود. همچنین نتایج حاصل از 7 روش رگرسیونی HE نشان داد که در 4 روش پیوستگی ژنتیکی معنی داری بین مکان ژنتیکی میزان HDL-C با مارکرD11S1998 را در بین خانواده های ایرانی مبتلا به سندرم متابولیک وجود دارد (P<0.005).بحث و نتیجه گیری: تحلیل ها نشان دادند که هرچه توان آماری روش های رگرسیونی HE از لحاظ تئوری بیشتر می شود، نتایج نزدیکتر می شوند. یافتن این ناحیه ژنی توسط روشهای مذکور میتواند راهکار مناسبی برای طراحی مطالعات بعدی به منظور یافتن ژنهای مستعدکننده کاهش HDL-C باشد.