اهداف: وجود سیستم HACCP در بخش تغذیه یکی از شاخص های بسیار مهم در ارزیابی مراکز ارایه خدمات بهداشتی - درمانی محسوب می شود. هدف از این مطالعه، بررسی و مقایسه پیش نیازهای اجرای این سیستم در بخش تغذیه دو مرکز بهداشتی- درمانی نظامی و غیرنظامی بود.روش ها: در این مطالعه توصیفی - مقطعی، برای بررسی پنج محور اصلی مورد مطالعه، پرسش نامه محقق ساخته تهیه شد و پس از تایید پایایی و روایی با مصاحبه تکمیل گردید. داده ها با استفاده از نرم افزار SPSS 17 و آزمون آماری من - ویتنی مورد تجزیه و تحلیل قرار گرفت.یافته ها: مراکز بهداشتی - درمانی نظامی و غیرنظامی مورد بررسی به ترتیب 77.8 و %70.8 پیش نیازهای HACCP را دارا بودند. میانگین امتیاز این دو مرکز در پنج محور مورد بررسی به ترتیب برابر 3.89±1.40 و 3.54±1.61 تعیین شد. در بین متغیرهای مورد مطالعه، تنها در مورد بهداشت محیط (از محور سوم) اختلاف معنی دار بین دو مرکز بهداشتی - درمانی مشاهده شد (P<0.05).نتیجه گیری: اجرای سیستم HACCP در بخش تغذیه بیمارستان ها لازم و ضروری است و در حفظ و ارتقای سلامت کارکنان و بیماران و میزان رضایت مندی و کارآیی آنان تاثیر مثبتی دارد.