خودناسازگاری و دگرناسازگاری بین ارقام گیلاس به یک مکان ژنی چند آللی نسبت داده می شود که به صورت گامتوفیتیک کنترل می شود. در این پژوهش نژادگان (ژنوتیپ) خودناسازگاری 24 رقم گیلاس ایرانی و خارجی و یک رقم آلبالوگیلاس به روش واکنش زنجیره ای پلیمراز بررسی شد. بدین منظور از 13 جفت آغازگر ویژه که سبب شناسایی آلل های خودناسازگاری S1, S2, S3, S4, S5, S6, S7, S9, S10, S12, S13, S14, S16 در گیلاس می شوند، استفاده شد. با استفاده از این جفت آغازگرها 35 آلل از مجموع 50 آلل خودناسازگاری موجود در ارقام مورد بررسی شناسایی شد. در 13 رقم هر دو آلل ناسازگاری و در نه رقم فقط یک آلل شناسایی شد. همچنین در سه رقم هیچ آلل ناسازگاری مشخص نشد. از مجموع 13 آلل مورد بررسی تنها سه آلل S4، S3 و S14 در 20 رقم گیلاس ایرانی افزوده شد. فراوان ترین گروه دگرناسازگاری در ارقام گیلاس ایرانی گروه S3S4 بود. همچنین یک گروه دگرناسازگاری جدید با نژادگان S4S14در ارقام گیلاس صورتی همدان و سیاه قزوین شناسایی شد. اگرچه تمامی آلل های خودناسازگاری با استفاده از افزایش ویژه آلل ها به روش واکنش زنجیره ای پلیمراز مشخص نشدند ولی نتایج این بررسی نشان می دهد که این یک روش سریع و موثر برای تعیین نژادگان های خودناسازگاری در ارقام گیلاس می باشد.