برخی کارشناسان اقتصادی بر این باورند که پس از اجرای قانون هدفمندسازی یارانه ها، به دلیل تغییر قیمت حامل های انرژی، به گونه مستقیم هزینه تولید در بخش کشاورزی افزایش یافته و با تغییر قیمت نسبی نهاده ها، ترکیب عوامل تولید در بخش به نوعی دگرگون شده است، و در مورد برخی محصولات، وابستگی به واردات به منظور تامین تقاضای داخل افزایش یافته است. با توجه به اهمیت و جایگاه محصول جو به عنوان کالای واسطه ای در تولیدات بخش دام کشور، در مطالعه اثر افزایش قیمت سوخت در پی اجرای سیاست هدفمندی یارانه ها بر خودکفائی محصول جو از راه بررسی شکاف بین میزان تولید داخل و واردات بررسی شد. این مطالعه در سال 1394و با استفاده از آمار تولید و هزینه سالانه محصولات کشاورزی موجود در بانک اطلاعات وزارت جهاد کشاورزی و با روش تخمین همزمان توابع هزینه و تقاضای نهاده های تولیدی به روش ISUR، انجام شد. نتایج مطالعه نشان داد که با اجرای سیاست هدفمندی یارانه ها، در اثر یک درصد افزایش قیمت سوخت، مقدار واردات جو 0.099 درصد افزایش و مقدار تولید 0.183 کاهش یافته است. این موضوع نشان می دهند که اجرای سیاست آزادسازی قیمت انرژی بدوم اجرای سیاست های حمایتی تکمیلی در تناقض با هدف خودکفائی در تولید محصول جو بوده و بمنظور کاهش وابستگی به واردات و تحقق اقتصاد مقاومتی، اجرای سیاست های حمایتی از تولید کنندگان این محصول، ضروری است.