رواج شبهات دینی در میان افراد مختلف و بویژه دانشجویان و جوانان در سالیان اخیر به یک مساله مهم و نگران کننده تبدیل شده است. از این رو پژوهش حاضر با هدف مطالعه میزان رواج شبهات دینی در بین دانشجویان دانشگاه یزد و دانشگاه آزاد اسلامی یزد انجام شده است. در این پژوهش، از روش پیمایش استفاده شده است. جامعه آماری این پژوهش را دانشجویان دانشگاه آزاد اسلامی واحد یزد و دانشگاه سراسری یزد در سال تحصیلی 1394-1393 تشکیل می دادند که تعداد آنها در مجموع 29630 نفر بودند. حجم نمونه دانشجویان با استفاده از فرمول کوکران 384 نفر محاسبه شد. ابزار مورد استفاده در این مطالعه، پرسشنامه بوده است. اعتبار پرسشنامه با روش اعتبار محتوایی محرز گردید و برای سنجش پایایی از ضریب آلفای کرونباخ استفاده شد و با توجه به اینکه میزان آلفا برای همه سازه ها از 0.7 بیشتر شده بود نشانگر همبستگی درونی گویه ها و بالابودن پایایی ابزار پژوهش بود. یافته ها نشان داد میزان رواج شبهات دینی جوانان در مورد صفات خدا، درباره امام زمان (ع) و بحث مهدویت و درباره حقوق زن در اسلام و همچنین مذهب تشیع و دستورات فقهی، بیشتر از متوسط بود. همچنین میزان رواج شبهات دینی جوانان درباره قرآن و روایات، درباره پیامبر اسلام (ص) و درباره ائمه (س) در حد متوسط بود. بین میانگین میزان شبهات دینی در بین دانشجویان دانشگاه آزاد و دانشگاه یزد و در بین دانشجویان مرد و زن، تفاوت معنی داری وجود نداشت. بیشترین شبهه ها در زمینه مذهب تشیع و دستورات فقهی، حقوق زن در اسلام و درباره امام زمان (ع) و بحث مهدویت بود.