زیست فناوری میکروبی
سال:1388 | دوره:1 | شماره:3 |تعداد مقالات:8

زمینه و هدف: کاربرد وسیع آنتی بیوتیکها و مواد ضد میکروبی باعث ظهور عوامل بیماریزای مقاوم شده و شمار میکروارگانیسم های مقاوم به آنتی بیوتیک ها افزایش چشمگیری یافته است، که پیدایش میکروارگانیسم های مقاوم به آنتی بیوتیک های رایج امروزی یکی از مشکلات جدی میباشد. هدف ما در این مطالعه بررسی اثرات ضد میکروبی باکتری جدا شده از پوست قورباغه درختی معمولی(Hyla savignyi)  و شناسایی بیوشیمیایی و فیلوژنتیکی آن میباشد.روش بررسی: بعد ازنمونه برداری از پوست قورباغه در شرایط استریل و کشت باکتریها در محیط نوترینت براث، در مجموع چهار باکتری با خاصیت ضد میکروبی شناسایی، که یکی از آنها برای مطالعات بعدی انتخاب شد.یافته ها: نتایج این مطالعه نشان داد که باکتری های روی سطح پوست قورباغه دارای فعالیت ضد میکروبی میباشد. آنالیز فیلوژنتیکی این باکتری، با استفاده از قطعه  16srDNAشباهت آن را با باکتری های جنس باسیلوس نشان داد، که با انجام تست های بیوشیمیایی بیشترین شباهت را با Bacillus subtilis داشت. تولید ماده ضد میکروبی این باکتری از فاز لگاریتمی شروع، اما بیشترین آن در اواخر فاز لگاریتمی یا اوایل فاز سکون میباشد. ماده ضد میکروبی قطبی است و در طیف وسیعی از دما پایدار و دارای فعالیت ضد میکروبی میباشد. اما این ماده به تغییراتpH حساس میباشد.نتیجه گیری: باتوجه اثرات چشمگیر ماده ضد میکروبی و مهار رشد میکروارگانیسم های استاندارد آزمایشگاهی، شناسایی ماده ضد میکروبی میتواند موثر واقع شود.

زمینه و هدف:  Saccharopolyspora erythreaeیک اکتینومیست هوازی و گرم مثبت و میکروارگانیسم صنعتی تولید اریترومایسین می باشد. بررسیها نشان داده است که تولید متابولیتهای ثانویه و همچنین ترکیب اجزاء بیومس در میکروارگانیسمها و از جمله آنها لیپیدها، بسیار به محیط کشت وابسته است.روش بررسی: سوسپانسیون اسپوری Saccharopolyspora erythraea PTCC1685  به محیط بذردهی تلقیح شده و در دمای 30 درجه به مدت 44 -40 ساعت با دور 180 rpm در شرایط هوازی گرما گذاری شد. مقداری از نمونه بذردهی که دارای شرایط مناسب مورفولوژی وpH  و رشد کافی بود به فلاسکهای حاوی محیط تخمیر تعریف شده اضافه شد، فلاسکهای تلقیح شده  در دمای 30 درجه به مدت 11 روز در شرایط هوازی با دور  180rpmگرما گذاری شدند. برای تعیین ترکیب اسیدهای چرب، بیومس در فاز سکون توسط سانتریفوژ در 4000 rpm به مدت 20 دقیقه جدا شد و سپس به مدت 12 ساعت با حلال کلروفرم/متانول (1:2) بر روی شیکر قرار داده و هم زده شد. سپس مخلوط، به مدت 20 دقیقه در دور 4000rpm سانتریفوژ شد. فاز رویی و اضافات بیومس حذف و فاز کلروفرم زیر که حاوی لیپیدها بود جدا شد. پس از تبخیر کلروفرم، لیپیدهای بدست آمده پس از متیله کردن با مخلوط هیدروکسید سدیم متانولی، ترکیب اسیدهای چرب توسط GC-Mass تعیین شد.یافته ها: 8 اسید چرب در این سویه تشخیص داده شد که حاوی 15 تا 18 اتم کربن بودند. بالاترین درصد اسیدهای چرب متعلق به 14-متیل پنتادکانوئیک اسید (%36.25) و کمترین درصد متعلق به پنتادکانوئیک اسید (%5.2) بود. اسیدهای چرب دیگر (%18.9) C17:0، (%14.99) C18:2، (%8.85) C16:0، (%8.67) C18:1، (%5.47) C18:0 و (%5.2) C15:0 بودند. اسیدهای چرب با کمتر از 15 کربن در این پژوهش دیده نشد.نتیجه گیری: ترکیب اسیدهای چرب و تولید اریترومایسین در S.erythreae کاملا وابسته به ترکیب محیط کشت است.

زمینه و هدف: اکتینومیسیت ها باکتری هایی گرم مثبت و رشته ای هستند که بخش اعظم میکروارگانیسم های خاک را در بر می گیرند. بر اساس مطالعات انجام یافته، سه چهارم از کل آنتی بیوتیک های شناخته شده را اکتینو میسیت ها تولید می کنند. در همین راستا غربالگری برای فعالیت ضدباکتریایی و نیز شناسایی آنها از ژن 16SrDNA استفاده شد.هدف این مطالعه شناسایی آکتینومیسیت های مناطق مختلف استان آذربایجانشرقی از جهت خواص آنتی باکتریایی و بررسی سویه های فعال با استفاده از ژن 16SrDNA می باشد.روش بررسی: ایزوله های اکتینومیست از نمونه خاک های جمع آوری شده استان آذربایجانشرقی جداسازی شد، غربالگری اولیه به روش تست دولایه (Bilayer) در محیط کشت اگار و غربالگری ثانویه با روش انتشار در اگار (Disk Diffusion Method) در مقابل میکروارگانیسم های آزمایشی: E.coli ATCC 1399, B. cereus ATCC 1431, Y. enterocolitica ATCC35669, S. aureus ATCC 29213 انجام شدند. جهت شناسایی مولکولی، ابتدا،DNA  ژنومیک از تمام باکتری های منتخب استخراج شد و سپس، ژن16SrDNA  ایزوله های مذکور با تکنیک PCR تکثیر و توسط شرکتMacrogene  توالی یابی شد. نتایج حاصل با استفاده از برنامه های بیوانفورماتیک آنالیز شده و ایزوله های مذکور شناسایی شدند.یافته ها: از 110 نمونه خاک جمع آوری شده، 310 ایزوله اکتینومیست جدا شدند، 44 ایزوله در غربالگری اولیه و 12 ایزوله در غربالگری ثانویه انتخاب شدند، ژن 16SrDNA، 5 ایزوله توالی یابی شدند. توالی یابی نشان داد که ایزوله C91 با 97 درصد بهStreptomyces sampsonii ،G41  با 96 درصد به Streptomyces mediolani،F51  با 82 درصد به Streptomyces lividans و  E45با 98 درصد بهStreptomyces albogriseolus ، شباهت دارد.نتیجه گیری: نتایج این تحقیق نشان می دهد ایزوله های جدیدی در نمونه خاک های استان آذر بایجان شرقی وجود دارد که توانایی تولید مواد آنتی باکتریایی جدیدی دارند.

زمینه و هدف: سوء مصرف دارو و استفاده از مواد مخدر یک مساله جهانی برای سلامت است. در کشور ما %16.2 معتادین  Injecting Drug User (IDU)هستند. عفونت یکی از جدی ترین عوارض اعتیاد تزریقی  می باشد. پاتوژن های باکتریال می توانند عوارض تهدید کننده حیات در این بیماران داشته باشد. سندرم های بالینی مختلفی بواسطه عفونت در افرادIDU  رخ می دهد. این عفونت ها هم در بین معتادین و هم در جامعه می توانند انتقال یابند. شناخت سندرم های بالینی و عوامل اتیولوژیک این عفونت ها که خود متاثر از شرایط اقتصادی و اجتماعی جوامع می تواند باشد نقش مهمی در درمان و کنترل عفونت نزد افراد IDU دارد. هدف از این بررسی تعیین سندرم های بالینی و عوامل اتیولوژیک عفونت های باکتریال در معتادین تزریقی بستری شده در بیمارستان بوده است.روش بررسی: این مطالعه بصورت توصیفی و گذشته نگر در حد فاصل سالهای 1386-1377 به مدت 10 سال انجام شده است. کلیه بیماران IDU که به علت عفونت باکتریال در بیمارستان بوعلی قزوین بستری شده بودند وارد مطالعه شده اند. اطلاعات بیماران از پرونده بیمارستانی استخراج و با استفاده از آمار توصیفی مورد بررسی واقع شده است.یافته ها: 125 بیمارIDU  بعلت عفونت باکتریال در مدت ده سال بستری شده اند که شامل 123 مرد و 2 زن بودند. سندرم های بالینی شایع عفونت های باکتریال شامل عفونت پوست و بافت نرم 80 نفر (%64)، ترومبوفلبیت عفونی 12 نفر (%9.6) و آرتریت عفونی 6 نفر (%4.8) بود. شایع ترین پاتوژن باکتریال استافیلوکوکوس اوروئوس 21 مورد (%52.5) وپسودوموناس ائروژینوزا 5 مورد (%12.5) بود. از گونه های استافیلوکوکوس اورئوس 15 مورد MSSA و 6 موردMRSA  بود. نتیجه گیری: اعتیاد تزریقی بویژه وقتی طولانی مدت باشد یک ریسک فاکتور مهم برای عفونت در IBU ها می باشد. عفونت های پوست و آبسه های بافت نرم یکی ازموربیدیتی های مکرر و عوارض پرهزینه درIDU ها است.

زمینه و هدف: اونیکومایکوزیس شایعترین بیماری ناخن محسوب می شود که توسط گونه های متفاوتی از قارچ ها شامل درماتوفیت ها، مخمرها و کپک های غیر درماتوفیتی ایجاد می شود. هدف از انجام این مطالعه تعیین هویت گونه های کاندیدای جدا شده از بیماران مبتلا به اونیکومایکوزیس کاندیدایی، با استفاده از روش مولکولیSeminested PCR  است.روش بررسی: نمونه های کاندیدا جدا شده از ناخن با آزمون های شناسایی فنوتیپی، بررسی رنگ کلنی روی محیط کروم آگار کاندیدا، تست لوله زایا و تولید کلامیدوسپور روی محیط کورن میل آگار و ژنوتیپی به نامSeminested PCR ، مورد بررسی قرار گرفتند.DNA  همه نمونه ها با استفاده از روش جوشاندن استخراج شد و برای PCR مرحله اول از پرایمرهای CTSF و CTSR که قطعه  ITS2 (Internal Transcribed Spacer2)را تکثیر می کند استفاده شد. محصول مرحله اول به عنوان DNA الگو برای انجام PCR مرحله دوم با استفاده از پرایمر عقبی مرحله اول(CTSR)  و در حضور پرایمرهای اختصاصی گونه به نام هایCADET ،CPDET ،CTDET ،CGDET  وCDDET  که به ترتیب برای شناسایی گونه های کاندیدا آلبیکنس، کاندیدا پاراپسیلوزیس، کاندیدا تروپیکالیس، کاندیدا گلابراتا و کاندیدا دابلینینسیس، استفاده شد. گونه مخمر با توجه به الگوی باندهای ایجاد شده روی ژل و اندازه آن تشخیص داده شد. جهت تایید محصول PCR از تعیین ترادف استفاده شد.یافته ها: نتایج به دست آمده حاصل از بکارگیری روش تشخیصی Seminested PCR بر روی نمونه های بالینی، شامل شناسایی و تعیین هویت 12 مورد کاندیدا آلبیکنس، 8 مورد کاندیدا پاراپسیلوزیس، 6 مورد کاندیدا تروپیکالیس، و 4 مورد کاندیدا گلابراتا بود. کاندیدا دابلینینسیس در هیچ نمونه ای مشاهده نشد.نتیجه گیری: با استفاده از روشSeminested PCR  می توان، گونه های پاتوژن کاندیدا بدست آمده از افراد مبتلا به عفونت اونیکومایکوزیس کاندیدایی را، با حساسیت و ویژگی بالا شناسایی نمود.

زمینه و هدف: Acidithiobacillus ferrooxidans از مهمترین باکتری های دخیل در بیولیچینگ و استحصال فلزات از کانسنگ های آنها می باشد. خالص سازی میکروارگانیسم ها به طور معمول بروی محیط های کشت جامد و با تولید کلونی تک صورت می گیرد. باکتری At. ferrooxidans بروی محیط های کشت جامد معمولی غیر قابل کشت است. با توجه به کند رشد بودن این باکتری و اهمیت اقتصادی آن، انتخاب محیط هایی که برای کشت و خالص سازی آن استفاده می شود بسیار حایز اهمیت است.روش بررسی: در این مطالعه برای خالص سازی At. ferrooxidans بومی ایران، از معدن مس سرچشمه نمونه گیری انجام شد و از محیط های کشت مایع و جامد سنتزی برای کشت و خالص سازی آن استفاده شد. بعد از خالص سازی این باکتری توسط کلونی تک،DNA  متعلق به این سویه از At. ferrooxidans استخراج و ژن 16SrDNA موجود در آن توسط PCR بررسی گردید. محصول PCR تعیین توالی شد.یافته ها: محیط های کشت مایع حاوی سولفات آهن هفت آبه و محیط کشت جامد  9kاصلاح شده، به ترتیب بهترین محیط های کشت مایع و جامد برای کشت و خالص سازی این سویه از باکتری بودند. بررسی فیلوژنتیکی این باکتری با استفاده از تعیین توالی ژن 16SrDNA و مقایسه آن با میکروارگانیسم های موجود در بانک ژنی، شباهت این سویه خالص شده را به At. ferrooxidans نشان داد، که شناسایی نسبی این باکتری توسط روش های کلاسیک و تست های بیوشیمیایی را تایید کرد.نتیجه گیری: باکتری At. ferrooxidans در حضور آهن به عنوان منبع انرژی، رشد بیشتری نسبت به سولفور از خود نشان می دهد. علاوه بر آن، این باکتری بروی محیط های کشت جامد 9k اصلاح شده تولید کلونی های قابل شمارش و زیادی می کند که برای خالص سازی این باکتری گامی اساسی است. نتایج این مطالعه نشان می دهد که باکتری At. Ferrooxidans بروی محیط های کشت جامد حاوی آگارز و آگار شسته شده بهتر از محیط های جامد حاوی آگار رشد می کند.

زمینه و هدف: در باکتری ها پروتئین های کوچک و متعددی با خاصیت اتصال به DNA وجود دارند که نقش مهمی در ساختمان و انعطاف پذیری نوکلئوئیدها بازی می کنند. به این ها پروتئین های همراه نوکلئوئید می گویند که با خم کردن یا پل زدن DNA ساختار نوکئوتید را فراهم می سازند. گروهی از این ها پروتئین های بازی و کوچکی هستند که به دلیل تشابه با هیستون ها٬ پروتئین شبه هیستونی نامیده می شود. یکی از فراوان ترین پروتئین های شبه هیستونی در باکتری های گرم منفی٬ H-NS است. این پروتئین نقش مهم و پیچیده ای در پاسخ به بسیاری از تغییرات محیطی ایفا می کند و تنظیم کننده بیان ژنی می باشد.خیلی از باکتری های گرم منفی چندین عضو از این خانواده را دارند. این پروتئین بیان صدها ژن را خاموش می کند و در فشرده کردن DNA نیز نقش دارد. بر خلاف تصور قبلی تحقیقات اخیر برای این پروتئن جایگاه اختصاصی با تمایل بالا در DNA یافته اند.روش بررسی: با استفاده از اسید پرکلریک (PCA) پنج درصد سردو سولفات آمونیوم این پروتئین از E. Coli (به عنوان کنترل) و  Halomonasاستخراج شد. نتیجه این استخراج بر روی ژل %15SDS-PAGE مشاهده گردید.یافته ها: در این مطالعه حضور پروتئین H-NS در گونه ای از باکتری هالوموناس با دو روش جونز ویامادا بررسی شد. با مطالعه پروتئین استخراجی با روش یامادا از این باکتری٬ باند  15kDدر کنار مارکر وزن مولکولی مشاهده گردید .نتیجه گیری: با توجه به اینکه پروتئین H-NS در باکتری های گرم منفی نقش بسیار مهمی دارد و از سوی دیگر این پروتئین تا به حال در گونه های مختلف هالوموناس مطالعه نشده است٬ با بررسی که صورت گرفت فرضیه حضور این پروتئین در این باکتری هالوموناس تقویت شد. همچنین مشخص شد که با استفاده از روش یامادا اسخراج این پروتئین امکان پذیر است.

زمینه و هدف: استافیلوکوکوس اورئوس یکی از مهمترین پاتوژنهای انسانی است که افراد ناقل این باکتری به عنوان منبع مهمی برای ایجاد بیماری در افراد سالم می باشد. هدف این مطالعه بررسی مقاومت استافیلوکوکوس اورئوس به انواع آنتی بیوتیکها است.روش بررسی: طی یکسال 386 نمونه از قسمت قدامی بینی 163 نفر مذکر (%42.2) و 223 نفر مونث (%57.8) که 263 نفر آنها بیمار سرپایی و 123 نفر کارکنان غیر اداری بودند، توسط سواپ پنبه ای جمع آوری گردید. سپس بر روی محیطهای بلادآگار و چاپمن آگار به مدت 24 ساعت در 37oC کشت داده شدند. تعیین حساسیت با استفاده از روش کربی بائر برای آنتی بیوتیکهای پنی سیلین، اگزاسیلین، سفازولین، کلیندامایسین، کلوگزاسیلین، سیپروفلوکساسین، سفی زوکسیم، ونکومایسین وکوتریموکسازول انجام شد.یافته ها: نتایج نشان داد که %84.4، %75، %21.9 سویه ها به ترتیپ به پنی سیلین، اگزاسیلین و کلوگزاسیلین مقاوم بودند، در حالیکه %100 سویه ها به سفازولین، سیپروفلوکساسین، ونکومایسین حساس بودند. مقاومت آنتی بیوتیکی بیماران سرپایی با کارکنان بیمارستانی مشابه بود.نتیجه گیری: هرچند تمام سویه ها به ونکومایسین حساس بودند، اما مصرف بی رویه این دارو سبب پیدایش مقاومتهایی در آینده خواهد شد.