زیست فناوری میکروبی
سال:1390 | دوره:3 | شماره:11 |تعداد مقالات:8

زمینه و هدف: باسیلوس ترینجینسیس باکتری گرم مثبت و اسپورزا است. اصلی ترین زیستگاه این باکتری خاک بوده و توانایی تولید انواع متنوعی از پروتئین های کریستالی با خاصیت حشره کشی را دارا ست. هدف از این مطالعه جداسازی سویه های باسیلوس ترینجینسیس حمل کننده ژن Cry از خاک های نقاط مختلف غرب استان مازندران بوده است.روش بررسی: 12 سویه باسیلوس ترینجینسیس پس از غربالگری خاک 35 منطقه از غرب مازندران به روش انتخابی استات سدیم و L-Serine در محیط حداقل جدا سازی شدند. پس از استخراج DNA از تمامی سویه ها، با استفاده از 16S rDNA PCR Sequencing باسیلوس ترینجینسیس بودن سویه های حاوی ژن Cry تایید گردید. همچنین وزن مولکولی نسبی پروتئین کریستالی سویه حاوی ژن Cry از طریق SDS-PAGE ارزیابی گردید.یافته ها: از میان 12 سویه جدا شده تنها در یک سویه ژن Cry از کلاس 1Aa به طریق مولکولی شناسایی گردید. بررسی توالی rDNA سویه جدا شده یک همولوژی 99% را با سویه IBL 200 باسیلوس ترینجینسیس (Accession No: ACNK01000211.1) نشان داد. همچنین وزن تقریبی پروتئین کریستالی مابین 100-90 کیلو دالتون اندازه گیری گردید.نتیجه گیری: با توجه به تنوع بسیار زیاد ژن پروتئین کریستالی و عدم وجود روشهای فنوتیپی دقیق در شناسایی حضور پروتئین کریستالی، استفاده از این روش Semi-conserve PCR می تواند با هزینه اندک و سرعت العمل زیاد باسیلوس های حاوی ژن کریستالی را شناسایی نماید.

زمینه و هدف: باکتری های پروبیوتیک خوراکی با توانایی تغییر فلور میکروبی روده نقش مهمی در سلامت بدن بازی می کنند. پس از مصرف در روده ساکن شده و اثرات مفید خود را اعمال می نمایند. همچنین پروبیوتیک ها جایگزین مناسبی برای آنتی بیوتیک ها هستند. هدف این تحقیق به دست آوردن باسیلوس های بومی شهرستان اراک جداشده از مرغ داری ها و ارزیابی خصوصیات پروبیوتیک آن ها می باشد.روش بررسی: در این تحقیق 41 نمونه از فضولات تازه از 8 مرغ داری شهرستان اراک جمع آوری شد. پس از غنی سازی و توسط تیمار حرارتی باکتری های اسپوردار غربال شدند. سپس خصوصیات پروبیوتیکی سویه ها (مقاومت به اسید، صفرا، پپسین، عصاره سنگدان و تولید ترکیبات ضدمیکروبی) تعیین شد.یافته ها: در این تحقیق 140 ایزوله باسیلوسی غربال و 14 ایزوله به واسطه عدم ایجاد همولیز در مطالعات بعدی استفاده شد. بررسی خصوصیات پروبیوتیکی نشان داد که نیمی از ایزوله ها توانایی رشد در 10% نمک را داشته و سویه شماره 8، 100% به اسید کلریدریک مقاوم بوده و سویه شماره 5 نیز 100% به نمک های صفراوی (کولات و داکسی کولات سدیم) مقاوم بودند. سویه های انتخابی به عصاره سنگدان و پپسین مقاوم بوده (بیش از 80%) و توانایی اتصال آن ها به سلول های روده مورد بررسی قرار گرفت. تمامی سویه ها دارای فعالیت ضدمیکروبی علیه پاتوژن های معمول مرغ داری ها همانند Salmonella و E.coli بودند.نتیجه گیری: این مطالعه نشان داد که ایزوله های باسیلوسی انتخاب شده خاصیت پروبیوتیکی داشته و پس از تست های تکمیلی و آزمایشهای میدانی می توانند به عنوان پروبیوتیک طیور استفاده شوند در حالی که توانایی ممانعت از بیماری های متداول طیور را دارا می باشند.

زمینه و هدف: اخیرا باکتری های تولیدکننده بتالاکتامازهای وسیع الطیف(Extended Spectrum Beta Lactamases) که توانایی هیدرولیز اکثر آنتی بیوتیک های بتالاکتام را دارند، در سراسر جهان شیوع زیادی یافته اند و به عنوان یک مشکل اساسی در درمان عفونت های باکتریایی مطرح هستند. از مهمترین بتالاکتامازهای وسیع الطیف پلاسمیدی در باکتریهای خانواده انتروباکتریاسه و به خصوص در E.coli، محصول ژن TEM-1 می باشد که نقش مهمی در مقاومت سویه های E.coli به داروهای بتالاکتام دارد و با توجه به نقش این باکتری، در عفونت های بیمارستانی، بر آن شدیم تا نقش این ژن باکتریایی را در بروز مقاومت های دارویی در ایزوله های با کتری فوق در دامغان مورد بررسی قرار دهیم.روش بررسی: پس از جمع آوری و انتقال 70 نمونه کلینیکی به آزمایشگاه، نوع باکتری جدا سازی و مورد شناسایی مجدد و دقیق قرار گرفتند، و با توجه به استانداردهای CLSI، با استفاده از روش Combined Disk باکتری های تولید کننده آنزیم بتالاکتامازهای وسیع الطیف، شناسایی و سپس فراوانی ژن TEM-1 در آنان، با روش PCR، مورد بررسی قرار گرفت.یافته ها: از 70 نمونه E.coli جدا شده 27 نمونه (%38.57) مولد آنزیم های بتالاکتاماز و از بین نمونه های E.coli مولد آنزیم های بتالاکتاماز، 10 نمونه (%37.04) دارای ژن TEM-1 بودند.نتیجه گیری: بر اساس نتایج این مطالعه ژن TEM-1، 37.04 درصد از بتالاکتامازهای وسیع الطیف را در باکتری های E.coli جدا شده در دامغان را، کد می نماید. همچنین این یافته ها اهمیت ژن TEM-1 را در هیدرولیز داروهای بتالاکتام و به خصوص سفالوسپورین های با طیف بالا را در میان سویه های E. coli در شهرستان دامغان نشان می دهد. شناسایی این ژن و تعیین پراکندگی آن می تواند روند تشخیص و درمان بیماران را، سرعت بخشید.

زمینه و هدف: عفونت هپاتیت B یکی از شایعترین بیماری های عفونی در جهان است. حضور HBeAg با عفونت زایی بالای عفونت حاد HBV مرتبط است. حضور anti-HBe، سرکوب همانندسازی ویروسی و کاهش عفونت زایی بیماری را نشان می دهد. اما گاهی، ظهور anti-HBe به دنبال ناپدید شدن HBeAg در حضور HBV-DNA سرم، همانندسازی فعال ویروس را نشان می دهد. این حالت ممکن است به دلیل حضور موتاسیون های precore/core در ژنوم HBV باشد که بیان HBeAg را تغییر می دهد. هدف از این مطالعه شناسایی HBV-DNA و تیتر ویروس در بیماران HBeAb مثبت است.روش بررسی: 50 نمونه سرمی بیماران مزمن آلوده به HBV مورد مطالعه قرار گرفت. مارکرهای سرولوژیکی هپاتیت B شامل HBcAb، HBeAb، HBeag، HBsAg به وسیله الایزا اندازه گیری شد. HBV-DNA از نمونه های سرم استخراج شد و سپس PCR بر روی HBV-DNA استخراج شده به کمک پرایمر اختصاصی ژن C انجام شد. تیتر ویروسHBV  در سرم به وسیله Real-Time PCR تعیین شد. در این مطالعه هر دو روش PCR و Real-Time PCR انجام شد. سطوح آنزیم های کبدی AST و ALT در بیماران توسط کیت پارس آزمون و بر طبق دستورالعمل کیت اندازه گیری شد.یافته ها: از 50 بیمار آلوده به HBV، همگی از نظر HBsAg و anti-HBc مثبت بودند و فقط 92% آنها HBeAb مثبت بودند. HBV-DNA در همه بیماران شناسایی شد. از بیماران HBeAbمثبت، %36.7 آنها دارای تیتر ویروس بالای 105 Copy/ml بودند.نتیجه گیری: نتایج این مطالعه نشان می دهد که طیفی از بیماران HBeAb مثبت، دارای تیتر ویروسی بالایی بودند. بنابراین ضروری است که احتمال حضور موتاسیون های precore /core در این بیماران مطالعه شود.

زمینه و هدف: مطالعه مایکوباکتریومهای غیرسلی به دلیل اهمیت و اثرات اثبات شده ای که در امر سلامت عمومی اجتماعات انسانی دارند بسیار ضروری و حیاتی به نظر می رسد. از سوی دیگر در میان عوامل محیط زیستی، آب نقش عمده ای را به عنوان منبع و واسطه انتقال این گروه از میکروارگانیسم ها به انسان ایفاء می نماید و شواهد فزاینده ای دال بر ارتباط مایکوباکتریوم های موجود در آب با عفونت های انسانی وجود دارد. هدف از این پژوهش شناسایی و جداسازی اعضای این خانواده باکتریایی در منابع آبهای سطحی استان اصفهان بود.روش بررسی: در مجموع 70 نمونه آب از منابع آبی سطحی استان اصفهان برداشت و پس از انتقال نمونه ها به آزمایشگاه عمل فیلتراسیون وآلودگی زدایی روی آن صورت گرفت و روی محیط لونشتین جانسون کشت داده شد و در دماهای مختلف انکوبه گردید. در صورت رشد عوامل میکروبی شبیه به مایکوباکتریومها تستهای تشخیصی برای شناسایی آنها شامل تست های بیوشیمیایی، و نیز مولکولی مانند PCR مبتنی بر ژن 65 hsp برای شناسایی جنس مایکوباکتریوم بکار گرفته شد.یافته ها: از مجموع 70 نمونه آب 24 (36%) ایزوله مایکوباکتریوم جداسازی شد که 5 (14%) ایزوله مربوط به آب پارک، 6 (17%) ایزوله از آب میادین شهری، 1 (%6.8) ایزوله از آب چشمه، 2 (%13.6) ایزوله از آب چاه، 1 (%2.7) ایزوله از آب لوله کشی منازل شخصی، 3 (%10.2) ایزوله از آب کشاورزی، 3 (%12.6) ایزوله از آب رودخانه و 3 (17%) ایزوله از آب بیمارستان بودند.نتیجه گیری: نتایج مطالعه حاضر نشان می دهد که درصد قابل توجهی از منابع آبی آلوده به مایکوباکتریومها می باشد که چنانچه افراد با ضعف سیستم ایمنی مانند سالمندان، کودکان و بیماران مبتلا به بیماریهای زمینه ای در معرض اینگونه میکروبها قرار گیرند می تواند پیامد خطرناکی داشته باشد.

زمینه و هدف: اشریشیا کلی از طریق آب، گوشت، شیر و فرآورده های آن به انسان منتقل می شود، با توجه به اینکه شیر از مواد غذایی با ارزش در سبد غذایی خانواده ها است کنترل کیفیت باکتریولوژیکی شیر خام و پاستوریزه در سطح مراکز تولید، جمع آوری و فرآوری شیر بسیار حائز اهمیت است. استفاده از روش های متواتر کشت جهت شناسایی اشریشیاکلی هم بسیار وقت گیر بوده و هم دقت پایینی دارند و ممکن است باعث بدست آمدن نتایج مثبت کاذب گردند. واکنش زنجیره ای پلیمرآز (PCR) از جمله روش هایی است که می تواند جایگزین مناسبی برای آزمایشات رایج باشد که روشی حساس، دقیق، ارزان و سریع می باشد. هدف از این مطالعه بهینه نمودن تست PCR جهت شناسایی اشریشیاکلی در شیر، معرفی حالت زنده اما غیر قابل کشت در صنایع غذایی و مقایسه کشت با PCR در شناسایی اشریشیاکلی در شیر قبل و بعد از پاستوریزاسیون می باشد.روش بررسی: در این مطالعه 50 نمونه شیر خام و 50 نمونه شیر پاستوریزه جمع آوری گردید. DNA به روش جوشاندن استخراج شد و به وسیله PCR بهینه شده مورد بررسی قرار گرفت. نتایج واکنش PCR بر روی ژل آگارز ارزیابی شد. جهت کشت نیز ابتدا از روش 9 MPN لوله ای استفاده گردید سپس از لوله های حاوی گاز بر روی محیط کشت ائوزین متیلن بلو آگار (EMB)به صورت خطی کشت داده شد.یافته ها: در بین 50 نمونه شیر غیر پاستوریزه در 24 نمونه تست PCR مثبت ارزیابی گردید اما در 20 نمونه نتیجه کشت میکروبی مثبت بود و در بین 50 نمونه شیر پاستوریزه در 29 نمونه تست PCR مثبت ارزیابی گردید اما در هیچ نمونه ای نتیجه کشت میکروبی مثبت نبود نتیجه گیری: این بررسی نشان داد که روش PCR در مقایسه با روش های متواتر کشت دارای حساسیت بیشتری بوده و قادر به شناسایی اشریشیاکلی در داخل شیر با ویژگی بالا و صرف زمان کم تر می باشد.

زمینه و هدف: کلبسیلا پنومونیه زیر گونه رینواسکلروماتیس، کوکوباسیل گرم منفی و غیر متحرک در خانواده انتروباکتریاسیه می باشد که در محیط یافت می شود و به عنوان بخشی از فلور طبیعی پوست، مجراهای تنفسی و معدی روده ای انسان ها و حیوانات ایفای نقش می نماید. شیر و فرآورده های آن ممکن است منابع مهمی از گونه های بیماریزا کلبسیلا باشند. هدف از این مطالعه جداسازی و تعیین الگوی حساسیت آنتی بیوتیکی سویه های کلبسیلا پنومونیه زیر گونه رینواسکلروماتیس جدا شده از پودرهای شیرهای خشک مصرفی نوزادان در بخش NICU می باشد.روش بررسی: در این مطالعه مقطعی تعداد 125 نمونه پودر شیر خشک که جهت تغذیه نوزادان در بخش مراقبت های ویژه نوزادان (NICU) بیمارستان ها مورد بررسی قرار گرفتند. جداسازی و شناسایی میکروارگانیسم بر اساس روشاستاندارد FDA انجام شد. حساسیت آنتی بیوتیکی سویه های جدا شده بر اساس پروتکل ارائه شده توسط سازمان استاندارهای بالینی و آزمایشگاهی (CLSI 2011) با روش استاندارد انتشار دیسک مورد بررسی قرار گرفت.یافته ها: در این مطالعه مقطعی از تعداد 125 نمونه پودر شیر خشک مورد بررسی 3 نمونه (%2.4) از نظر آلودگی به کلبسیلا پنومونیه زیر گونه رینواسکلروماتیس مثبت بودند. نتایج حاصل از تست حساسیت ضد میکروبی نشان داد که همه جدایه ها به آنتی بیوتیک های آمیکاسین، سفوتاکسیم، نالیدیکسیک اسید، تیکارسیلین، کلرامفنیکل، سیپروفلوکساسین، و مینوسایکلین حساس (100 درصد) می باشند.نتیجه گیری: آگاهی از گونه های کلبسیلا مقاوم به دارو در صنعت غذایی دارای اهمیت فراوانی می باشد، زیرا در صورت عدم کنترل ارگانیسم های مقاوم به دارو ممکن است این باکتری ها از طریق پودرهای شیر خشک، شیر و محصولات آن به جامعه انسانی منتقل می گردند.

زمینه و هدف: پروتئین تک یاخته واژه ای است که برای اولین بار در دهه 1960 برای تعریف زیست توده میکروبی تولیدی در فرایندهای تخمیری استفاده شد. به نظر می رسد تولید پروتئین تک یاخته راه حلی برای غلبه بر مشکل جهانی کمبود پروتئین باشد. تولید این نوع محصولات بر پایه تبدیل زیستی سوبستراهای ارزان قیمت و غالبا ضایعات، به مواد با ارزش غذایی می باشد. هدف از این تحقیق تعیین عوامل موثر بر تولید SCP در کشت غوطه ور با استفاده از متانول به عنوان تنها منبع کربن بود.روش بررسی: در این تحقیق از طراحی تاگوچی برای بهینه سازی تولید پروتئین تک یاخته (SCP) توسط باکتری متیلوباکتریوم سویه 69 بهره برده شد. برای این منظور 4 عامل موثر شامل غلظت متانول آغازین، دور همزن، نرخ هوادهی و pH در 3 سطح و آرایه متعامد L9در نظر گرفته و بهینه شد.یافته ها: نتایج نشان داد که بهینه تولید با این سویه متیلوتروف در کشت غوطه ور در غلظت متانول 18 g/L، هوادهی 3 vvm، دور همزن 800 rpm و PH اولیه 8 حاصل می شود. تحت شرایط بهینه حداکثر غلظت بیومس تولیدی برابر 16 g/L و حدودا 2 برابر غلظت حاصله در کشت بسته ارلن آزمایشگاهی بود. پروتئین تام و واقعی محصول به ترتیب بالغ بر 74 و 62% اندازه گیری شد.نتیجه گیری: درصد پروتیئن، میزان زیست توده و الگوی اسید آمینه نشان داد که محصول حاصله از این باکتری به لحاظ اسیدهای آمینه ضروری غنی بوده و می تواند برای غنی سازی پروتئینی مکمل های غذایی حیوانات به کار گرفته شود. اما آزمون های میدانی بیشتری ضروری است تا ارزش غذایی این محصول را تعیین نماید.