مجله بیوتکنولوژی کشاورزی
سال:1393 | دوره:6 | شماره:1 |تعداد مقالات:14

ویروس کوتولگی سبزرد هندوانه (Watermelon chlorotic stunt virus, WmCSV) یکی از مخرب ترین ویروس های هندوانه در جنوب و جنوب شرقی ایران است. به منظور شناسائی علف هرزهای میزبان این ویروس، از مزارع بشدت آلوده هندوانه واقع در میناب (استان هرمزگان)، رودبار جنوب (جیرفت) و ارزوئیه (استان کرمان) بازدید گردید و نمونه برداری از داخل و حاشیه مزارع انجام شد. آلودگی و عدم آلودگی نمونه ها با آزمون PCR و با استفاده از آغازگرهای اختصاصی تعیین گردید. نتایج بدست آمده آلودگی تعداد زیادی از علف های هرز شامل چهارده گونه از دوازده جنس و نه تیره گیاهی را به WmCSV به اثبات رساند، بدون آنکه علائم خاصی روی بیشتر آنها دیده شود. تمامی این علف های هرز بعنوان میزبان WmCSV برای اولین بار معرفی می گردند. به منظور مقایسه جدایه های WmCSV در علف های هرز آلوده، قطعه 655 جفت بازی مربوط به ژن پروتئین پوششی 11 جدایه مختلف ویروس، همسانه سازی و تعیین ترادف گردید. مقایسه ترادف های نوکلئوتیدی و آمینواسیدی این جدایه ها با یکدیگر و با جدایه های موجود در بانک جهانی ژن نشان داد که جدایه های مورد مطالعه شباهت زیادی با یکدیگر و با سایر جدایه ها دارند. نزدیکترین جدایه WmCSV به جدایه های علف های هرز مورد مطالعه، جدایه بندرعباس (استان هرمزگان) بود که قبلا از این منطقه گزارش شده بود و از نظر ترادف های نوکلئوتیدی و آمینواسیدی بترتیب 98.9-%99.2 و 96.8-%100 با جدایه های فوق شباهت داشت. این نتایج نشان می دهد که این گیاهان بعنوان منابع نگاهدارنده WmCSV عمل کرده و بطور بالقوه می توانند در اپیدمیولوژی ویروس نقش اساسی داشته باشند.

وجود تنوع ژنتیکی برای بدست آوردن ارقام با عملکرد بالا، کیفیت بهتر، تحمل بیشتر به تنش های زیستی و غیرزیستی و مقاومت بیشتر به آفات و بیماری ها، برای به نژادگران ضروری است. رتروترنسپوزون ها فراوان ترین و رایج ترین عناصر جابه جا شونده در ژنوم یوکاریوت ها به ویژه ژنوم گیاهان می باشند. توزیع گسترده رتروترنسپوزون ها در ژنوم گیاهان استفاده از آن ها را به عنوان نشانگر های مولکولی برای بررسی تنوع ژنتیکی ایده آل ساخته است. در این مطالعه فعالیت رتروترنسپوزون ها و همچنین تنوع ژنتیکی در 10 توده بومی آفتابگردان آجیلی با استفاده از نشانگرهای IRAP (Inter-retrotransposon amplified polymorphism) یررسی شد. از 25 آغازگر و ترکیب آغازگری IRAP، 11 آغازگر قادر به تولید الگوی باندی چند شکل با وضوح بالا بودند. 11 آغازگر IRAP، 116 مکان را تکثیر کردند که از این تعداد 110 مکان چند شکل بود. حداقل تشابه ژنتیکی نی (0.74) بین توده های همدان و مشهد، و حداکثر تشابه (0.88) بین توده های مرند و اصفهان مشاهده شد. تجزیه کلاستر با استفاده از آلگوریتم UPGMA، 10 توده بومی آفتابگردان آجیلی را در 3 گروه اصلی قرار داد. تجزیه واریانس مولکولی نشان داد تنوع درون توده ها بیشتر از تنوع بین تودها می باشد. بنابراین در برنامه های به نژادی آفتابگردان آجیلی، می توان انتخاب را درون توده ها انجام داد. نتایج حاصل از واکنش زنجیره ای پلی مراز با نشانگرهای IRAP نشان داد که رتروترنسپوزون های مطالعه شده در ژنوم آفتابگردان فعال هستند و به صورت سر به سر، سر به دم و دم به دم در ژنوم ادغام شده اند. نتایج حاصل از مطالعه حاضر نشان می دهد که نشانگر های مبتنی بر رتروترنسپوزون ها ابزاری مفید برای مطالعات ژنومیکس در آفتابگردان می باشند.

یکی از مهمترین اهداف اصلاحی انگورهای رومیزی تولید دورگ های بیدانه جدید با حبه های درشت، سفت، معطر و مناسب با سلیقه مصرف کنندگان می باشد. سقط جنین در ارقام بیدانه به طور عمده کارآیی اصلاح ارقام بیدانه را محدود می کند. بر اساس اینکه سیتوکینین ها موجب افزایش قدرت مقصد فیزیولوژیکی دانه ها برای اسیمیلات ها می شوند، تحقیق حاضر به منظور مطالعه اثر محلول پاشی بنزیل آدنین قبل از شکوفایی گل در توسعه تخمک و نجات جنین دو رقم انگور بکربار کاذب (عسکری و بیدانه سفید) انجام گرفت. غلظت های بنزیل آدنین صفر، 60 و100 میلی گرم در لیتر بود. تخمک های رقم بیدانه سفید، 20 روز و رقم عسکری 40 روز بعد از باز شدن گل از درون حبه ها بیرون آورده شد و سپس بر روی محیط کشت نیچ و نیچ حاوی 1 میکرومول جیبرلین، 1 میکرومول نفتالین استیک اسید، 2 گرم در لیتر زغال فعال، 20 گرم در لیتر ساکارز و 8 گرم در لیترآگار کشت شدند. صفات مورد بررسی شامل تخمک های قهوه ای شده، کالوس داده و جوانه زده بود. محلول پاشی بنزیل آدنین اثر معنی دار بر قهوه ای شدن تخمک ها نداشت اما درصد تخمک های قهوه ای شده در بین ارقام مورد آزمایش معنی دار بود و بیشترین تخمک قهوه ای شده در رقم بیدانه سفید مشاهده گردید. اثر محلول پاشی بنزیل آدنین با غلظت های 60 و 100 میلی گرم در لیتر بر درصد کالوس دهی و جوانه زنی تخمک ها معنی دار بود. بر اساس نتایج بدست آمده درصد تخمک های جوانه زده، بین دو رقم مورد آزمایش معنی دار بود. تخمک های جوانه زده در رقم عسکری 23.71 درصد و در رقم بیدانه سفید 14.44 درصد بود. بطور کلی محلول پاشی با بنزیل آدنین قبل از گل دهی باعث افزایش موفقیت تکنیک نجات جنین در ارقام عسکری و بیدانه سفید می شود.

انتخاب برای بهبود صفات تولید و تولید مثل در دام ها، امری زمان بر بوده و فقط در سنین بلوغ دام ها امکان پذیر است. گاو سرابی یکی از نژادهای بومی شیری در ایران است که به طور عمده در شمالغرب کشور پرورش می یابد. شناسایی ژن های کاندیدای موثر بر صفات تولید شیر و عملکرد تولید مثلی در این نژاد دارای اهمیت بوده و می تواند بازده برنامه های اصلاح نژادی را بهبود دهد. هدف از مطالعه حاضر بررسی ارتباط بین چندشکلی موجود در چهار ژن کاندیدا (لپتین، هورمون رشد (GH)، گیرنده هورمون رشد (GHR) و ژن pit-1) با صفات تولید شیر و برخی صفات تولید مثلی گاو سرابی با استفاده از نشانگر pcr-rflp بود. نتایج نشان داد که بیشترین فراوانی های آللی برای هر یک از ژن های لپتین، GH، GHR و pit-1 به ترتیب برای آلل های A (0.72)، V (0.51)، + (0.65) و B (0.55) بود. ژنوتیپ های ll، -/-، ab-bb مربوط به ژن های GH، GHR و pit-1 نسبت به سایر ژنوتیپ ها به طور معنی داری تولید شیر بیشتری داشتند (p<0.01). همچنین ژنوتیپ های ll و AB شناسایی شده در ژن های GH و pit-1 نسبت به سایر ژنوتیپ ها روزهای باز کمتری را نشان دادند (p<0.01). در مطالعه حاضر هیچ رابطه معنی داری بین ژنوتیپ این ژن ها و سایر صفات بررسی شده مشاهده نشد. در ژنهای کاندید مذکور مقادیر هتروزیگوسیتی مشاهده شده نسبت به مقادیر مورد انتظار کمتر بودند و نتایج تجزیه و تحلیل کای مربع نشان دهنده عدم وجود تعادل هاردی- واینبرگ در این جایگاه ها بود. به طور کلی نتایج این تحقیق نشان دهنده وجود ارتباط بین جهش های موجود شناسائی شده در برخی از این ژن ها با صفات تولید شیر و روزهای باز در گاوهای سرابی است و امکان استفاده از این اطلاعات در برنامه انتخاب به کمک نشانگرها باید مورد بررسی بیشتر قرار گیرد.

ویروس پیچیدگی زرد برگ گوجه فرنگی، (Tomato yellow leaf curl virus , TYLCV) به همراه ده گونه ویروسی و نژادهایشان که به ویروس های شبه TYLCV معروفند عامل خسارت به گوجه فرنگی (Solanum lycopersicum L.) در مناطق گرمسیر، نیمه گرمسیر و معتدل دنیا می باشند. در این بررسی تعداد سه جدایه TYLCV-IL از گیاهان تاتوره در منطقه بجنورد همسانه سازی و ژنوم کامل آنها تعیین توالی گردید. توالی اسید نوکلئیک ژنوم کامل آنها به همراه تعداد نه جدایه TYLCV-IL گزارش شده ازایران و هشت توالی سایر ویروس های Begomovirus گوجه فرنگی از ایران و سایر مناطق دنیا مورد تجزیه و تحلیل قرار گرفتند. نتایج فیلوژنی جدایه ها نشان داد که تکامل جمعیت نژاد TYLCV-IL در ایران وابسته به جغرافیا بوده و صرفنظر از گونه میزبان واریانت های شمال شرق و جنوب ایران به طور مجزا در دو زیرگروه جداگانه قرار گرفتند. جدایه TYLCV-IL، GUO76444 از منطقه شیراز با هیچکدام از جمعیت های شمال شرق و جنوب ایران گروه بندی نشد. این جدایه با نژاد تیپ TYLCV-IL گزارش شده از فلسطین اشغالی قرابت نزدیکی داشته و با یکدیگر در یک زیر گروه مجزا قرار گرفتند. نتایج تجزیه فیلوژنی نشان داد که این جدایه از نظر تکاملی به عنوان پل ژنتیکی بین جدایه های TYLCV-IL حوزه مدیترانه ای و ایران محسوب می شود. این اولین گزارش از گیاه تاتوره به عنوان میزبان نژاد TYLCV-IL در ایران و همچنین حضور این نژاد ویروسی در منطقه بجنورد و استان خراسان شمالی می باشد.

فسفر یکی از عناصر غذایی مهم برای گیاهان می باشد که در خاک فراهمی کمی دارد. فسفر در خاک به دو شکل آلی و معدنی یافت می شود. باکتری های تحریک کننده رشد گیاه یا PGPR، باکتری های موجود در خاک و ریزوسفر گیاهان هستند که با سازوکار های مختلف به رشد گیاه کمک می کنند. توانایی برخی ریزسازواره ها به منظور تبدیل فسفر نامحلول به شکل قابل استفاده مانند ارتوفسفات، ویژگی مهمی در PGPR می باشد که باعث افزایش عملکرد گیاهان می شود. گونه هایی از جنس Pseudomonas، Bacillus، Pantoea و Rhizobium از قوی ترین حل کنندگان فسفات به شمار می آیند. سازوکار اصلی برای انحلال فسفات معدنی تولید اسیدهای آلی است و در انحلال اشکال فسفر آلی اسید فسفاتازها نقش اصلی را در خاک بازی می کنند. روش مرسوم در جداسازی این دسته از باکتری ها استفاده از منابع فسفاته معدنی و آلی کم محلول یا نامحلول در محیط کشت های مایع یا جامد می باشد، که از طریق پایش تولید فسفات آزاد شده و کاهش pH در محیط مایع یا مشاهده هاله شفاف در اطراف کلنی ها و تولید کلنی های رنگی (سبز، آبی و زرد) در صورت استفاده از سوبستراهای رنگزا در محیط کشت جامد دنبال می شود. گر چه دانش ژنتیک انحلال فسفات هنوز اندک می باشد، چندین ژن رمزکننده فسفاتاز مشخص گردیده و همسانه سازی شده اند و تعدادی ژن درگیر در انحلال فسفات معدنی جداسازی شده است. روش های زیست شناسی مولکولی رویکردی مفید برای به دست آوردن و تشخیص سویه های PGPR کاآمد می باشد. انتقال و بیان ژن های درگیر در انحلال فسفات (فسفات آلی یا معدنی) در باکتری ها یا گیاهان یک راهکار جدید برای بهبود ظرفیت ریزسازواره ها به عنوان مایه تلقیح میکروبی است.

به منظور شناسایی QTL موثر بر صفات رشد و برآورد میزان اثر آنها، از یک طرح تلاقی F2 حاصل از دو سویه متفاوت بلدرچین ژاپنی (تخمگذار یا سفید و گوشتی یا وحشی) استفاده گردید. با تلاقی 34 پرنده حاصل از تلاقی فوق و به منظور ایجاد جمعیت لازم برای رکورد برداری فنوتیپی، 422 پرنده نسل سوم تولید شد. مشاهدات شامل وزن های هفتگی ثبت شده و نسبت کلیبر مربوط به فاصله زمانی هچ تا 1، 1 تا 2، 2 تا 3، 3 تا 4، 4 تا 5 و هچ تا 5 هفتگی می باشد. تمامی پرندگان هر سه نسل (472 پرنده) برای 8 نشانگر ریزماهواره موجود بر روی کروموزوم شماره 1 و با میانگین فاصله 29 سانتی مورگان از یکدیگر تعیین ژنوتیپ شدند. آنالیز داده های حاصل با استفاده از روش نقشه یابی درون فاصله ای مبتنی بر رگرسیون انجام گرفته و پنج QTL مربوط به نسبت کلیبر محاسبه شده برای 1 تا 2، 3 تا 4، 4 تا 5 و هچ تا 5 هفتگی شناسایی شد. واریانس QTLهای شناسایی شده برای صفات مختلف در محدوده 0.8 تا 3.7 بود. با برازش مدل دارای اثرات افزایشی و غلبه، اثر غلبه برای هیچکدام از صفات معنی دار نشد. همچنین، جایگاه های شناسایی شده، بر هیچکدام از صفات مورد بررسی اثر ایمپرینتینگ نداشتند.

در دهه های اخیر، پیشرفت در بیوتکنولوژی گیاه، بویژه زراعت مولکولی امکان استفاده از گیاهان را به عنوان یک سیستم تولید جدید و راکتور زیستی برای محدوده وسیعی از پروتئین های نوترکیب فراهم کرده است. اینترفرون گامای انسانی یکی از پروتئین های ارزشمند دارویی می باشد که کاربردهای پزشکی وسیعی در زمینه های تشخیصی و درمانی پیدا کرده است. کلونینگ ژن اینترفرون گامای انسانی به همراه ژن مقاومت به آنتی بیوتیک اسپکتینومایسین - استرپتومایسین با استفاده از ناقل کلروپلاستی pKCZ در آزمایشگاه بیوتکنولوژی دانشکده کشاورزی دانشگاه تربیت مدرس صورت گرفته و سپس به روش بیولستیک به کلروپلاست گیاه توتون انتقال یافته است. هدف از انجام این تحقیق بررسی پایداری بیان ژن اینترفرون گامای انسانی در گیاهان ترانسپلاستومیک نسل اول توتون بود. گیاهان رشد کرده در سطح محیط انتخابگر، در سطوح مختلف (DNA، RNA و پروتئین) به منظور تایید درج و بیان ژن مورد بررسی قرار گرفتند. بررسی این گیاهان در سطح DNA با استفاده از آغازگرهای اختصاصی ژن اینترفرون گاما و تکنیک PCR صورت پذیرفت، نتایج حاصل درج این ژن را در ژنوم کلروپلاستی گیاهان تایید کرد، به علاوه با آزمون RT-PCR رونویسی ژن هدف تایید شد. همچنین به منظور بررسی بیان ژن هدف در سطح پروتئین، آزمون های SDS-PAGE، Dot-blot و Western-blot انجام شد و نتایج بدست آمده، بیان این ژن را در سطح پروتئین تایید کرد. در نهایت به منظور تعیین میزان بیان ژن اینترفرون گامای انسانی آزمون ELIZA انجام شد. نتایج نشان داد که بالاترین سطح تجمع اینترفرون گاما در گیاهان ترانسپلاستومیک بالای 0.2% پروتئین محلول کل می باشد.

در برنامه تولید بذر هیبرید در سیستم سه لاینی، استفاده از لاین با قابلیت ترکیب پذیری خصوصی مطلوب حامل ژن های بازگرداننده باروری (Rf) ضرورت دارد. در این تحقیق، جایگاه ژنی بازگرداننده باروری Rf3 واقع بر روی کروموزوم شماره یک برنج با روش تلاقی برگشتی به کمک نشانگر، به پس زمینه ژنتیکی لاین نرعقیم ندا-A انتقال داده شد و همزمان اثر آن در هر نسل بر باروری دانه گرده و خوشه لاین گیرنده، مورد بررسی قرار گرفت. جهت انتقال، یک گیاه از جمعیت نسل F2 (حاصل از تلاقی میان ندا-A و IR36) بر اساس نشانگرهای پیوسته به جایگاه ژنی Rf3 (RM1، RM3873 و RM3233) انتخاب و با لاین ندا-A (به عنوان والد تکراری) تلاقی برگشتی داده شد. نتاج نسل اول تلاقی برگشتی (BC1) از نظر وجود نشانگرهای پیوسته به ژن و همچنین از نظر فنوتیپی و به دنبال آن برای 15 نشانگر ریز ماهواره پس زمینه، مورد بررسی قرار گرفتند. تنها دو بوته نسل BC1 که در هر سه جایگاه نشانگری دارای آلل غالب از والد بخشنده بودند باروری بالای خوشه (55% و 65%) را نشان دادند. نتاج نسل دوم تلاقی برگشتی (BC2) از تلاقی دو بوته فوق با والد تکراری حاصل شد. در بین نتاج BC2 یک گیاه با باروری بالاتر خودگشن شده و 170 بوته از نسل BC2F2 از نظر 3 نشانگر RM1، RM3873 و RM3233 و همچنین دانه بندی خوشه مورد بررسی قرار گرفتند. هفت بوته با میزان بالاتری از ژنوم والد تکراری (از 91.1% تا 98.5%) و در وضعیت هموزیگوتی کامل از نظر سه نشانگر پیوسته به Rf3 (RM1، RM3873، RM3233) شناسایی شدند که دارای باروری بالای دانه گرده و همچنین خوشه (75%تا 97%) بودند که نشان می دهد هر چه هموزیگوسیتی جایگاه ژنی Rf3 بیشتر شد، بازگرداندن باروری به نرعقیمی نوع وحشی (WA) در پس زمینه ژنتیکی لاین گیرنده نرعقیم، بیشتر تقویت گردید. بنابراین، می توان نتیجه گیری نمود که جایگاه ژنی Rf3 تاثیر متقابلی با نرعقیمی سیتوپلاسمی نوع WA در جهت افزایش باروری دانه گرده و خوشه برنج دارد و از اینرو، می تواند همراه با سایر ژن های بازگرداننده باروری در برنامه تولید بذر هیبرید برنج به کار گرفته شود.

پروتئین گیرنده هورمون رشد یک گیرنده سطح سلولی برای هورمون رشد است که جهت انجام نقش هورمون رشد در بافت های هدف ضروری است. هدف تحقیق حاضر، شناسایی و بررسی تنوع ژنتیکی ناحیه پروموتر ژن گیرنده هورمون رشد درگاوهای بومی استان کهکیلویه و بویراحمد می باشد. برای این منظور، ناحیه ای از پروموتر ژن گیرنده هورمون رشد توسط تکنیک تفاوت فرم فضایی رشته های منفرد (SSCP) و تعیین توالی در گاوهای نژاد بومی تعیین ژنوتیپ شد. در کل 50 نمونه بررسی شده 3 الگوی (SSCPs) مجزا مشاهده گردید که با تعیین توالی نوکلوتیدی آنها چند شکلی تک نوکلئوتیدی A/G در جایگاه 154- و دو طول متفاوت 17 و 11 تکراری برای ریزماهواره TG در جایگاه 86- قبل از شروع رونویسی مشاهده گردید. فراوانی ژنوتیپ های AA (TG17.17)، GG (TG11.11) و GA (TG17.11) در جایگاه 154- به ترتیب 0.34، 0.24 و 0.52 بود. بررسی بیوانفورماتیکی چند شکلی های شناسایی شده بر روی جایگاه فاکتورهای رونویسی نشان داد که چند شکلی تک نوکلئوتیدی در جایگاه 154- بسیار نزدیک به جایگاه اتصال برای فاکتور رونویسی C/EBPb قرار دارد که ممکن است فرآیند رونویسی ژن را تحت تاثیر قرار دهد. نقش کاربردی ممکن چندشکلی های شناسایی شده باید توسط تجزیه و تحلیل بیان ژن تایید گردد.

گیاهان به مکانیسم های سلولی مختلفی در مقابله با اثر سمی فلزات سنگین مجهز شده اند. یکی از مهم ترین این مکانیسم ها، تولید پروتئین ها و پپتیدهای متصل شونده به فلزات، مانند متالوتیونین ها (MT) می باشد. متالوتیونین ها، گروهی از پروتئین ها با وزن مولکولی کم و غنی از آمینواسیدهای سیستئین هستند که دارای ظرفیت بالای اتصال به فلزات می باشند. در این تحقیق توالی کد کننده ایزوفرم OsMTI-1b از گیاه برنج، به عنوان گیاه مدل در بین تک لپه ای ها، در ناقل بیانی pET41a همسانه سازی و به میزبان بیانی E. coli سویه Rosetta (DE3) منتقل شد. پس از القا محیط کشت توسط IPTG، میزان مناسبی از پروتئین های نوترکیب در فاز محلول تولید و با استفاده از روش کروماتوگرافی جذبی خالص سازی شد. سلول های باکتری بیان کننده پروتئین های نوترکیب در محیط LB حاوی نمک NiCl2 رشد داده شدند و منحنی رشد آن ها در مقایسه با شاهد ترسیم شد. مقدار کاهش فلز نیکل در محیط کشت و تجمع آن ها در رسوب باکتریایی توسط دستگاه طیف سنجی پلاسمای جفت شده القائی (ICP-AES) به دست آمد. بر اساس نتایج مشخص گردید بیان ایزوفرمOsMTI-1b از طریق افزایش تجمع درون سلولی فلز نیکل موجب افزایش تحمل باکتری E. coli به این فلز می گردد. همچنین، بررسی الگوی جذب نور و واکنش DTNB با پروتئین های انکوبه شده با فلز نیکل در شرایط این ویترو، تشکیل دستجات فلز/تیول در پروتئین نوترکیب GST-OsMTI-1b را اثبات نمود. یافته های پژوهش حاضر می تواند منعکس کننده نقش احتمالی ایزوفرمOsMTI-1b در تحمل گیاه برنج به تنش فلزات سنگین باشد.

آنالیز های ترانسکریپتوم در ایجاد اطلاعات و درک کافی از سیستم های واکنشی گیاهان در برابر عوامل زیستی و غیر زیستی بسیار کارآمد هستند. cDNA-AFLP به عنوان روشی مناسب علاوه بر تکرار پذیری بالا، نیاز به اطلاعات اولیه در مورد توالی ژن ها ندارد. البته عوامل متعددی در حساسیت، دقت و تکرار پذیری آن موثر هستند که توجه به این عوامل می تواند باعث افزایش کیفیت ارزیابی ها و دستیابی به اطلاعات صحیح گردد. در تحقیق حاضر cDNA-AFLP برای آنالیز واکنش گیاه سیب زمینی در برابر استرس ناشی از باکتری بیماریزای Ralstonia solanacearum در شرایط in vitro بهینه سازی گردید. در این راستا پارامترهای مختلف و اثر تعامل آنها با یکدیگر در افزایش حساسیت و تکرار پذیری این روش بررسی شد. نتایج نشان داد روش استخراج RNA و استفاده از mRNA از فاکتور های تاثیر گذار در موفقیت آزمون cDNA-AFLP است به طوری که RNA های استخراج شده با استفاده از روش مبتنی بر ستون از یکنواختی و کیفیت بالاتری برخوردار هستند و استخراج mRNA علاوه بر حذف RNA های ریبوزومی، در کاهش ممانعت کننده ها و اجرای صحیح سایر مراحل آزمون تاثیر گذار است. همچنین بهینه سازی فاکتورهایی از قبیل رقت مناسب محصول پیش تکثیر که به عنوان الگو در مرحله تکثیر انتخابی استفاده می شود، تعداد سیکل PCR در مرحله پیش تکثیر، غلظت مناسب MgCl2 و Taq DNA Polymerase در مراحل پیش تکثیر و تکثیر انتخابی، نقش تعیین کننده ای بر روی تعداد و غلظت قطعات cDNA تکثیر شده و وضوح آن بر روی ژل دارد.

تنوع ساختار کروموزومی در مکانیزم های بیولوژیکی از اهمیت خاصی برخوردار است. به منظور تعیین تعداد و توزیع این تنوع در ژنوم سه کروموزم 6، 14 و 20 که حضور جایگاه صفات کمی موثر بر تولید در آن تایید شده است٬ مورد بررسی قرار گرفت. به این منظور از 580 راس گاو هلشتاین نمونه خون گرفته شد و پس از استخراج DNA٬ تعیین ژنوتیپ با استفاده از بسته نشانگری 50K گاوی شرکت ایلومینا صورت گرفت. پس از تصحیح داده ها برای شدت سیگنال و نواحی غنی از GC، تعداد 383 نمونه برای آنالیز نهایی باقی ماند. داده ها بر اساس اسمبلی UMD3.1 ژنوم گاو برای کروموزم های 6، 14 و 20 آنالیز شد. پس از اعمال کلیه فیلترها تعداد 199 تنوع ساختار کروموزومی (132 حذف و 67 اضافه) با متوسط 0.5 برای هر فرد و میانگین طول kb 147.3 و میانه 139.4 kb شناسایی شد. نسبت حذف به اضافه برابر با 1.97 و کروموزم های 6 و 20 به ترتیب دارای بیشترین و کمترین تنوع ساختار کروموزومی بودند. آنالیز های بیوانفورماتیکی مشخص نمود که 77 ژن با این نواحی تنوع ساختار کروموزومی در ارتباط هستند. نتایج این پژوهش نشان داد تنوع ساختار کروموزومی بخش قابل توجهی از این سه کروموزم که حاوی تعداد قابل توجهی جایگاه صفات کمی هستند را پوشش می دهد. به دلیل اثر این تنوع بر ایجاد تغییر در ساختار و دز ژن ها، به نظر می رسد تنوع ساختار کروموزومی می تواند بر واریانس فنوتیپی صفات کمی موثر باشد لذا احتمالا این تنوع قابلیت استفاده در برنامه های اصلاح نژادی را دارد.

وجود تنوع ژنتیکی شرط ضروری برای موفقیت در برنامه های به نژادی است. به منظور بررسی تنوع ژنتیکی از طریق برخی از صفات مورفوفیزیولوژیکی و نشانگرهای SSR، 40 رقم گندم نان در یک طرح بلوک کامل تصادفی با 3 تکرار در مزرعه پژوهشی دانشگاه شهید باهنر کرمان در سال 1390-1389 مطالعه شدند. ژنوتیپ های گندم نان برای تمامی صفات مورد بررسی تنوع ژنتیکی قابل ملاحظه ای نشان دادند. تعداد پنجه های بارور بیشترین همبستگی را با عملکرد دانه نشان داد. در آزمایش SSR از مجموع 10 آغازگر انتخابی، 9 آغازگر چند شکلی قابل توجهی نشان دادند. برای مجموع ژنوتیپ ها 31 نوار چند شکل با میانگین 3.4 نوار به ازای هر آغازگر مشاهده شد. هتروزیگوسیتی مورد انتظار کل جمعیت در تمام جایگاه های ژنی به طور متوسط 0.36 ارزیابی شد و جایگاه ژنی wmc 420 دارای بیشترین تنوع بر روی جمعیت مورد مطالعه بود. تجزیه کلاستر با استفاده از روش وارد انجام شد و ارقام بر اساس میزان شباهت ها گروه بندی شدند. اطلاعات این گروه بندی می تواند در پروژه های به نژادی برای افزایش عملکرد در شرایط تنش مورد استفاده قرار گیرد.