ماهی کفال طلایی (Liza aurata) از گونه های تجاری ارزشمندی است که در نواحی جنوبی دریای خزر به علت طعم خوب گوشت، متقاضای بسیاری دارد. در تحقیق حاضر 6 جایگاه میکروستلایت طراحی شده برای کفال خاکستری (Mugilc ephalus) و کفال سویی (Mugil soiuy) به منظور بررسی تنوع ژنتیکی و ساختار جمعیت کفال طلایی از دو منطقه رامسر و فریدونکنار مورد استفاده قرار گرفت. در مجموع 60 نمونه بالغ ماهی کفال جمع آوری شد. متوسط تعداد الل در هر لوکوس 6.25 بدست آمد (با دامنه 5-13 الل در جایگاه های دو منطقه). هر دو منطقه نمونه برداری دارای الل های اختصاصی بودند، متوسط هتروزایگوسیتی مشاهده شده و قابل انتظار به ترتیب 0.394 و 0.743 بود. در بررسی تعادل هاردی واینبرگ (H-W) همه لوکوس ها به طور معنی داری خارج از تعادل هاردی وینبرگ بودند. بر اساس تست AMOVA، شاخص های تمایز Fst ، Rst و جریان ژنی تفاوت معنی داری را بین جمعیت ها نشان داد (P≤0.001)، میزان Fst بر اساس فراوانی اللی 0.078 بدست آمد و همچنین میزان جریان ژنی (Nm=2.9) محاسبه شد. این بررسی، مطالعات اولیه مبنی بر وجود جمعیت های متمایز ژنتیکی ماهی کفال طلایی در جنوب دریای خزر (استان مازندران) را نشان می دهد.