زمینه و هدف هدف این مقاله تبیین مسیر حرکت به سمت مرجعیت علمی در دانشگاه های علوم پزشکی کشور است تا باگسترش این مسیر در همه مراکز آموزش عالی کشور، مسیر رسیدن به مرجعیت علمی کشور هموار شود. روش ابتدا به تعیین مزیت های رقابتی بومی و شناسایی نقاط قوت دانشگاه های علوم پزشکی پرداخته شد. برای اندازه گیری و کمی سازی سه روش تعیین شاخص براساس تعداد ارجاعات (Total citation) ده پژوهشگر اول دانشگاه در هر رشته و نسبت این فرد به ده نفر اول کشور، تحلیل سایول، ارزیابی و ارزشیابی داخلی دانشگاه ها استفاده شدند. یافته ها داده های جمع آوری شده طی سال های 1398 و 1399 ما را به حوزه های بالقوه تمایز رهنمون کرد. جایابی راهبردی با تاکید بر تقسیم کار ملی و ماموریت های ویژه صورت پذیرفت و به تمایز همنوا توجه کردیم. تمامی مزیت های رقابتی براساس ویژگی هایی همچون زیرساخت ها، سرمایه و منابع، دسترسی ها، حسن شهرت، کارکنان، فرایندها، و کارکردهای مختلف دانشگاه ها در چهار سطح مزیت رقابتی داخلی، ضعیف، قوی و انحصاری طبقه بندی و شیوه حرکت بین مبدا و مقصد نیز با تدوین راهبردها انجام شد. نتیجه گیری در تدوین برنامه استراتژیک نیل به مرجعیت علمی، سه اقدام ترسیم خط زمانی (Strategic timeline)، تدوین نقشه راه (Strategic roadmap) و تدوین برنامه راهبردی تمایزیافته (Strategic plan) صورت پذیرفت. مرجعیت علمی غایتی متعالی برای دانشگاه ها محسوب می شود؛ اما دانشگاه ها باید به ایجاد ارزش افزوده اقتصادی دانش بنیان (Knowledge-based economic value addition)، توسعه میان رشته ای، پاسخگویی اجتماعی و نهادینه سازی سطوح مختلف قطب های علمی در دانشگاه ها نیز توجه کنند. در این مسیر شناسایی و پرورش استعدادهای درخشان و استفاده کامل از ظرفیت های علمی آنان حایز اهمیت است.