به دلیل تنوع اقلیمی بالا در ایران، گوسفندان بومی کشور، از تنوع چشم گیری برخوردار هستند. به نظر می رسد تفاوت های اقلیمی، ردپایی در ژنوم نژادهای بومی مناطق مختلف جهان به جای گذاشته باشند. هدف از مطالعه حاضر، شناسایی نشانه های انتخاب مرتبط با گوسفندان ایرانی در مقایسه با نژاد غیرایرانی رومانف در سطح ژنوم می باشد. به این منظور، از داده های توالی یابی شده کل ژنوم گوسفندان ایرانی و غیرایرانی موجود در پایگاه داده ای NCBI استفاده گردید. این توالی ها، پس از سنجش و پالایش کیفی، به ژنوم مرجع گوسفند هم طراز شدند. پس از شناسایی تنوع های ژنومی، برای شناسایی نواحی تحت انتخاب مثبت در ژنوم گوسفندان ایرانی، از دو روش Fst و XP-EHH استفاده شد. پس از استخراج ژن های موجود در نواحی تحت انتخاب، با استفاده از نرم افزار BEDtools و فایل GTF مرتبط با ژنوم گوسفند، شرح نویسی عملکردی این ژن ها با استفاده از آنالیز هستی شناسی ژن صورت پذیرفت. براساس نتایج به دست آمده، به ترتیب 907 و 311 ژن کدکننده پروتئین توسط روش های Fst و XP-EHH شناسایی شدند که تعداد 29 ژن بین این دو روش مشترک بودند. ارزیابی های بیش تر نشان داد که تعدادی از این ژن ها، در صفات مرتبط با بهبود کیفیت چربی شیر (PCCB)، باروری (SPATA5، RAB35 و DICER1)، رشدونمو ماهیچه ای (NF1، AKAP6 و HDAC9)، وزن بدن (FBXL3، GRID2 و ADAMTS17)، سازگاری به نواحی سخت بیابانی و کوهستانی (BMPR2 و NF1) و شیر (EXOC6B) دخیل هستند. نتایج نشان داد که گوسفندان ایرانی احتمالاً برای سازگاری به مناطق خشک بیابانی و ارتقای کیفیت گوشت و شیر موردانتخاب قرار گرفته اند.