مدیریت زنجیره تامین برای موفقیت واحدهای اقتصادی و رضایت مشتریان لازم و اساسی است. علاوه بر این یک سیستم ارزیابی عملکرد مناسب به منظور مدیریت موثر زنجیره تامین ضروری است. با توجه به اهمیت مدیریت هزینه در زنجیره تامین، در این بررسی یک روش مبتنی بر تحلیل پوششی داده ها به منظور ارزیابی کارایی هزینه زنجیره های تامین حلقه بسته پیشنهاد می شود در حالی که عوامل دو نقشی و خروجی نامطلوب حضور دارند. تحلیل پوششی داده ها یک روش برنامه ریزی ریاضی موثر به منظور ارزیابی و تحلیل کارایی نسبی واحدهای تصمیم گیرنده با چندین ورودی و خروجی است. در واقع در این تحقیق با استفاده از تکنیک تحلیل پوششی داده ها کارایی هزینه زنجیره های تامین با سه مولفه، تامین کننده، تولیدکننده، و تعمیر و بازیافت و همچنین جریان های رو به جلو و عقب ارزیابی می شود در حالی که عوامل دو نقشی و خروجی نامطلوب در سیستم مشاهده می شوند. فرض دسترسی پذیری ضعیف برای خروجی های نامطلوب در نظر گرفته می شود. همچنین یک مطالعه موردی به منظور تشریح و تحلیل روش پیشنهادی مطرح می شود. نتایج نشان می دهد تشخیص درست نقش عامل ها و همچنین در نظر گرفتن عوامل نامطلوب و برگشت پذیر در سیستم های زنجیره تامین نقش مهمی در محاسبه درست کارایی هزینه در هریک از مولفه ها و زنجیره تامین کل دارد. همچنین در روش پیشنهادی کارایی هزینه کل را می توان به صورت مجموع وزن داری از کارایی هزینه مولفه ها بیان کرد.