هدف: پژوهش حاضر با مطالعه مراکز علم سنجی دانشگاه های علوم پزشکی، به شناسایی و طبقه بندی اهداف، مخاطبان و چالش هایی که این مراکز با آنها روبه رو هستند می پردازد. روش شناسی: این تحقیق از نوع کیفی کاربردی علم سنجی است که به روش پیمایشی انجام شده است. جامعه آماری شامل خبرگان و همچنین دست اندرکاران فعالیت های علم سنجی در دانشگاه های علوم پزشکی است. تحقیق حاضر از نوع کیفی است و گردآوری اطلاعات با استفاده از تکنیک مصاحبه بین جامعه آماری صورت گرفته است. یافته ها: نتایج حاصل از تجزیه و تحلیل محتوای کیفی مصاحبه ها به سبک گرانددتئوری، منجر به استخراج دو مقوله ی اصلی به عنوان اهداف مراکز علم سنجی شامل «برنامه ریزی و نگاشت علمی-پژوهشی» و «توسعه و ارتقای سطح پژوهش» شده است. همچنین مخاطبان شناسایی شده برای مراکز علم سنجی در دو گروه اصلی «مخاطبان درون دانشگاهی» و «مخاطبان برون دانشگاهی» تقسیم شدند. چالش های پیش روی مراکز علم سنجی نیز در دو مقوله اصلی: «چالش های مرتبط با رسمیت و ساختار سازمان» و «ترجمان دانش» شناسایی و استخراج شدند. نتیجه گیری: شناسایی و دسته بندی اهداف، گروه های مخاطب و همچنین تعیین مشکلات پیش روی مراکز علم سنجی گام های اولیه در راستای بهینه سازی این مراکز و کاربردی کردن آنها هستند که درمجموع باعث کمک به پژوهش و تولید علم در دانشگاه های علوم پزشکی خواهند شد.