میکروسکوپ تداخل کوانتومی ابررسانای روبشی برای اندازه گیری شار ذرات و همچنین بررسی ابررسانایی و خواص فرومغناطیس مورد استفاده قرار گرفته است. میکروسکوپ ابررسانای روبشی ابزاری برای تهیه تصویر از میدان های مغناطیسی سطحی است. تقریباً هر سیگنال الکتریکی یا مغناطیسی با فرکانس پایین که قادر به تبدیل سیگنال شار مغناطیسی باشد، با این میکروسکوپ قابل شناسایی است. کاربردهای میکروسکوپ تداخل کوانتومی ابررسانای روبشی عبارتند از مطالعه خواص مغناطیسی و الکترونیکی مواد، جستجوی منابع انرژی حرارتی در خاک، مطالعات پالئومغناطیسی، تحقیقات بیومغناطیس، اندازه گیری دما و در نهایت، شناسایی و تعیین ساختارهای مغناطیسی سطح زمین و دریا.