زمینه: هلیکوباکتر پیلوری یک باکتری گرم منفی می باشد که عفونت آن با اختلالات معدی - روده ای در ارتباط است. شیوع عفونت هلیکوباکتر پیلوری در کشورهای مختلف و حتی در نواحی گوناگون یک کشور می تواند متفاوت باشد. به منظور پایه گذاری یک سیاست صحیح برای پیشگیری و کنترل عفونت این باکتری و اصلاح عوامل خطر اصلاح پذیر، نیاز به انجام مطالعات اپیدمیولوژیک در نواحی مختلف می باشد. هدف از این مطالعه، تعیین شیوع عفونت هلیکوباکتر پیلوری در بیماران مبتلا به اختلالات قسمت های فوقانی مجرای گاسترواینتستینال با استفاده از روش هیبریدیزاسیون در موضع توسط پروب های فلوئورسنت (FISH) و همچنین بررسی برخی عوامل مرتبط با آن در بندر بوشهر بود.مواد و روش ها: نمونه بیوپسی معده از 310 بیمار مبتلا به اختلالات بخش های فوقانی مجرای گاسترواینتستینال که برای انجام اندوسکوپی پذیرش شده بودند، گرفته شد. به منظور تشخیص هلیکوباکتر پیلوری در نمونه ها، از روش FISH استفاده شد. از محاسبه نسبت شانس (OR) با استفاده از آزمون رگرسیون لجستیک جهت بررسی رابطه عوامل مختلف با عفونت هلیکوباکتر پیلوری استفاده شد.یافته ها: شیوع عفونت هلیکوباکتر پیلوری 43.5 درصد به دست آمد. میانگین سن در دو گروه دارای عفونت (46.59±17.14) و فاقد عفونت هلیکوباکتر پیلوری (42.35±17.3) تفاوت معنی داری داشت (P=0.033) سن 40 سال و بیشتر (OR=1.63, P=0.036) شاغل بودن (OR=1.91, P=0.047)، استعمال دخانیات (OR=2.16, P=0.008)، داشتن حیوان خانگی (OR=1.74, P=0.043)، مصرف آب لوله (آب شیر) (OR=1.75, P=0.025) و گروه خونی O (OR=3.21, P=0.0001) با عفونت هلیکوباکتر پیلوری رابطه معنی دار داشتند.نتیجه گیری: با توجه به شیوع به دست آمده در این مطالعه، عفونت هلیکوباکتر پیلوری در منطقه ما نیز یک موضوع قابل توجه به شمار می آید. در ضمن، بعضی از عواملی که با عفونت هلیکوباکتر پیلوری رابطه معنی دار داشتند، اصلاح پذیر می باشند و اصلاح این عوامل ممکن است منجر به کاهش شیوع عفونت این میکروارگانیسم در جامعه شود.