زمینه: الکتروفورز دوبعدی یکی از سودمندترین تکنیک های جداسازی در پروتئومیکس است. هر پروتئوم یک نقشه کامل از پروتئین است. توسط این تکنیک، چندین نوع پروتئین در یک زمان، قابل بررسی می باشد. به منظور مطالعه مقایسه ای محتوای کل پروتئینی زهر عقرب از این تکنیک استفاده گردید.مواد و روش ها: در این مطالعه، تفاوت الگوهای به دست آمده از تفکیک اجزای پروتئینی زهر دوگونه عقرب اندروکتانوس کراسی کوداAndroctonus crassicauda معروف به عقرب سیاه و اودونتوبوتوس دوریه Odontobuthus doriae یا عقرب زرد که از خانواده بوتیده هستند، توسط ژل الکتروفورز دوبعدی بر مبنای بار الکتریکی و وزن مولکولی بررسی گردیده است.یافته ها: در محدوده pH=6.2-8.2 از عقرب کراسی کودا پپتیدهای کمتر از 3 تا 14 کیلو دالتون و در محدوده pH=6.3-8.5 از عقرب دوریه پپتیدهای 1 تا 45 کیلو دالتون جداسازی شد.نتیجه گیری: با این روش، زمینه ایجاد بانک اطلاعات از شناسنامه زهر عقرب های بومی ایران فراهم می گردد. با ایجاد تغییر در هر یک از فاکتورهای تاثیرگذار بر زهر عقرب، می توان به نتایج قابل توجهی نسبت به تاثیر آن عامل در تعیین نوع زهر دست یافت، که با این روش قابل مطالعه می باشد.