مقدمه: حدود 15% از زوجین نابارورند که 60% مربوط به فاکتورهای مردانه است و سهم ناباروری به علت عفونت مجاری تناسلی 20% است. در باکتریواسپرمی حضور باکتری و جلب لکوسیت ها تولید اشکال فعال اکسیژن و آسیب به سلول های اسپرم می نماید. در تحقیق حاضر تعیین نوع و فراوانی باکتری های دخیل در آلودگی مجاری تناسلی، تعیین میزان مالون دی آلدیید (MDA) در اسپرم و پلاسمای سیمن به عنوان شاخص میزان آسیب اکسیدان و رابطه آن با آلودگی میکروبی و نهایتاً تاثیر استرس اکسیداتیو و آلودگی میکروبی بر کیفیت نمونه سیمن در مردان نابارور ارزیابی شد. روش بررسی: مطالعه مقطعی روی 53 بیمار مراجعه کننده به مرکز درمان ناباروری جهاد دانشگاهی قم انجام شد. پس از نمونه گیری، پارامترهای سیمن بر اساس روش WHO, 1999 و آلودگی باکتریایی به کمک کشت و تست های افتراقی و هم چنین غلظت MDA با روش فلوریمتری در اسپرم و پلاسمای سیمن تعیین و نتایج به کمک تست های ANOVA و تست T با نرم افزار spss16 آنالیز شدند. نتایج: بر اساس نتایج حاصل 92% از مردان آلودگی باکتریایی شامل استافیلوکوس اورئوس (65%)، استافیلوکوس اپیدرمیدیس (5/24%)، پروتئوس میرابیلیس (4/2%)، کلبسیلا (8/4%) و انتروکوک (8/4%) داشتند. باکتریواسپرمی نه تنها موجب افزایش معنی دار(01/0p<) غلظت MDA در سلول و پلاسمای سیمن شد بلکه بر شاخص های کیفیت سیمن به خصوص تحرک اسپرم (01/0p<) اثر داشت. نتیجه گیری: عفونت باکتریایی کیفیت نمونه سیمن را کاهش و موفقیت روش های کمک باروری را تهدید می نماید. اندازه گیری MDA می تواند به عنوان شاخصی برای ارزیابی آلودگی باکتریایی در مردان نابارور استفاده شود.