آبهای شرب منطقه گرمسار قبل از تصفیه از فیلتر های مخصوص در حوضهای بزرگی جمع آوری می شوند که اخیرا به دلیل رشد بی رویه جلبکها و ایجاد بلوم در سطح آب و در نتیجه مرگ بسیاری از جلبکها به آبهای بد بو و بد طعم تبدیل شدند. در این تحقیق برای شناسایی فلور جلبکی آب های بد بو و پیشنهاد روش های مقابله با بلوم جلبکی، نمونه های آب از نقاط و اعماق مختلف حوض به صورت تصادفی جمع اوری شدند. به منظور خالص سازی و شناسایی جلبکها از محیط کشت جامد Cu10 استفاده گردید. پس از دو هفته، شناسایی نمونه ها بر طبق کلیدهای شناسایی معتبر انجام شد. واریاسیون مورفولوژیک نمونه ها برای اطمینان از وضعیت تاکسونومی آنها در محیط کشت مایع Cu10 نیز بررسی گردید. سویه ها با استفاده از کلید شناسایی کومارک و همکاران در سال 2014، شناسایی شدند. علاوه بر آن، آنالیزهای مورفولوژیکی و ژنتیکی با استفاده از توالی ژن 16S rRNA برای شناسایی سویه های سیانوباکتری در محیط کشت های مایع و جامد و در شرایط فتواتوتروفیک انجام گردید. نتایج نشان داد که سویه های مطالعه شده متعلق به سه شاخه سیانوفیتا، کلروفیتا و باسیلاریوفیتا و شامل جنسهای Synechococcus, Anabaena از سیانوفیتا، Ulothrix از کلروفیتا و Diatoma از باسیلاریوفیتا هستند. با توجه به حضور ریز جلبکها در آب های شرب منطقه گرمسار و خطرات ناشی از آنها، برای شناسایی جلبک های تشکیل دهنده بلوم جلبکی علاوه بر آنالیز مورفولوژیکی، روش مولکولی به عنوانی روشی دقیق و مطمین جهت شناسایی پیشنهاد می شود.