زمینه و هدف: هدف از این مقاله متمایز کردن الگوی ژنتیکی سویه های مایکوباکتریوم توبرکلوزیس ایرانی و افغانی مسلول با استفاده از هفت لوکوس ژنی با روش تایپینگ VNTR می باشد.روش بررسی: 191 سویه جداشده از بیماران سل ریوی از نظر الگوی VNTR مورد بررسی قرار گرفتند. (بین سالهای 87-85) و با استفاده از پروتوکل استاندارد آنالیز شدند. در نهایت تنوع اللی هر یک از پرایمرها در دو سویه ایرانی و افغانی محاسبه گردید.یافته ها: مقایسه تنوع اللی بین سویه های افغانی و ایرانی نشان می دهد که الگوی VNTR در سویه های افغانی نسبت به سویه های ایرانی کمتر می باشد. البته بجز لوکوس ETR-E که دارای تنوع بیشتری می باشد. بر اساس شاخص افتراق کل سویه ها، لوکوس ETR-A بعنوان لوکوس بسیار افتراق دهنده (HGI≥0.6) و لوکوس های ETR-F, ETR-E, MPRT-A, ETR-C, ETR-B بعنوان لوکوس های افتراق دهنده متوسط (HGI≥0.4-0.6) و لوکوس ETR-D بعنوان ضعیف ترین لوکوس افتراق دهنده شناسایی شدند. مقاومت آنتی بیوتیکی و بیماران با سابقه در سویه های افغانی بیشتر از سویه های ایرانی بود (p=0.000).نتیجه گیری: روش VNTR، سریع، آسان و بسیار پایدار است و برای مطالعات اپیدمیولوژی قابل استفاده است.