شناسایی نشانگرهای پیوسته به ژن های کنترل کننده تحمل به خشکی از نیازهای اصلاح ارقام برنج با عملکرد زیاد در نواحی خشک می باشد. در مطالعه حاضر، برخی صفات مرتبط با تحمل به خشکی در برنج با استفاده از نشانگر ریزماهواره مورد بررسی قرار گرفت. تعداد 192 فرد و خانواده مشتق از تلاقی بین دو رقم شاه پسند (متحمل) و 28 IR (حساس) در مزرعه تحقیقاتی دانشگاه گنبد کاووس در سال زراعی 1389 برای شناسایی QTL های تعیین کننده تحمل به خشکی روی کروموزوم یک و شش کشت شدند. نقشه پیوستگی با استفاده از 33 نشانگر ریزماهواره چند شکل و 192 فرد، دو گروه پیوستگی تشکیل داد که 366 سانتی مورگان از ژنوم برنج را پوشش داد. در این مطالعه، ناحیه ای از کروموزوم یک در فاصلهRM8155-RM5638 و هم چنین کروموزوم شش در فاصله RM7434-RM162و RM4608-RM217 مشخص شد که چندین صفت را در شرایط تنش خشکی تحت کنترل داشتند. نتایج نشان داد که QTL های کنترل کننده درجه سوختگی برگ با QTL های درجه لوله شدن برگ روی کروموزوم 1 همپوشانی دارند. سه QTL برای درصد باروری مکان یابی شد. از بین QTL های ردیابی شده، دو QTL کنترل کننده درجه لوله شدن برگ (qROL-1) و درجه باروری (qFER-6) بزرگ اثر تشخیص داده شدند که به ترتیب توجیه 14.11 و 14.65 درصد از تغییرات فنوتیپی را به خود اختصاص دادند. بر اساس نتایج این بررسی، روش های اصلاحی متکی بر هرمی کردن ژن ها برای فن انتخاب به کمک نشانگر می توانند برای تولید رقم های جدید با عملکرد زیاد در شرایط تنش خشکی مفید باشند. با توجه به این که نواحی مذکور درصد قابل توجهی از تغییرات فنوتیپی را توجیه نمودند، پتانسیل کاربردی شدن در برنامه های انتخاب به کمک نشانگر برای تحمل به خشکی را دارند.