هدف: گروه A روتاویروس، مهم ترین عامل ویروسی گاستروانتریت و اسهال شدید در نوزادن و کودکان و مسوول حدود 600 تا 870 هزار مرگ در سال است، بنابراین تشخیص و درمان این بیماری از اهمیت ویژه ای برخوردار است. بازآرایی ژن ها طی پاساژهای متوالی ویروس با نسبت بالای عفونت زایی در کشت سلول و همچنین در عفونت های مزمن در بیماران با نقص ایمنی تشخیص داده شده است. در این مطالعه روش RT-PCR برای ردیابی، تشخیص و تکثیر ژن های روتاویروس استاندارد و بازآرایی شده راه اندازی شده است.مواد و روش ها: RNA روتاویروس از رده سلولی MA-104 آلوده استخراج شد و حضور ژنوم توسط الکتروفورز ژل پلی آکریل آمید 10 درصد و رنگ آمیزی نیترات نقره، مشخص شد. تکثیر توالی کامل ژن های کد کننده NSP1, 2, 3، با واکنش RT-PCR، برای روتاویروس استاندارد و بازآرایی شده، با آغازگرهای اختصاصی انجام گرفت.نتایج: بازآرایی در ژن های NSP1, 3 با تغییر الگوی مهاجرت این قطعات در ژل، توسط الکتروفورز در ژل پلی آکریل آمید نشان داده شد. طول کامل محصولات ژن های کد کننده NSP1, 2, 3 برای روتاویروس استاندارد و بازآرایی شده تکثیر شد و برای تعیین توالی ارسال شد. نتایج، شکل گیری قطعات ژنومی بازآرایی شده، طی پاساژ متوالی روتاویروس گاوی سویه RF را نشان داد.نتیجه گیری: تکثیر متوالی ویروس با نسبت بالای عفونت زایی در کشت سلول و همچنین عفونت های مزمن در گروه های هدف با نقص ایمنی در تکامل آن نقش دارد و از طرف دیگرروش های استفاده شده برای تعیین ویژگی به طور مداوم در حال تحول و تعریف مجدد است. با در نظر گرفتن تحقق موفقیت مطالعات روتاویروس و اهمیت زیاد توسعه واکسن های روتاویروسی، مطالعه بیشتر جزئیات بازآرایی و جمع آوری داده برای فهم بهتر ویژگی های آنتی ژنیک و مولکولی ویروس لازم است. مطالعه حاضر اهمیت تنوع ژنتیکی را نشان داده و می تواند اطلاعات ارزشمندی در زمینه تکثیر، تنوع، زیست شناسی و تکامل روتاویروس را فراهم نماید.