آنفلوانزای پرندگان، بیماری تنفسی ویروسی پرندگان اهلی و وحشی است. بدون شک تشخیص سریع بیماریهای تنفسی پرندگان اهمیت زیادی دارد. در مطالعه حاضر، نمونه های سواب کلواک جمع آوری شده از جوجه هایی که بصورت تجربی با ویروس آنفلوانزای تحت تیپ H9N2 آلوده شده بودند؛ با روش RT-PCR مورد بررسی قرار گرفت و نتایج آن با روش جداسازی ویروس مقایسه شد. نتایج RT-PCR نشان داد که بین روزهای 3 تا 7 پس از تلقیح، بیشتر نمونه ها مثبت بودند. در مقایسه با روش جداسازی ویروس، حساسیت، ویژگی و میزان همبستگی نتایج RT-PCR، به ترتیب، 80%، 84% و 82% محاسبه شد. نتایج این مطالعه نشان داد که آزمایش RT-PCR می تواند بعنوان یک روش قابل اعتماد و سریع، بجای روش استاندارد جداسازی ویروس، برای تشخیص ویروس آنفلوانزا تحت تیپ H9 در نمونه های مدفوع بکار رود.