بهره وری کل عوامل (TFP) معیار توصیف کننده استفاده صحیح و بهینه از عوامل تولید و درجه دستیابی به اهداف ازپیش تعیین شده است. امروزه به منظور اندازه گیری کارایی و بهره وری از دو روش پارامتری و ناپارامتری استفاده می شود. در این مقاله کارایی و بهره وری بیست و چهار دانشگاه بزرگ دولتی کشور به منظور ایجاد رقابت برای ارتقا و بهبود بهره وری آنها مورد بررسی قرار گرفته است. در انتخاب و تعیین ورودیها و خروجیهای مهم، از تجربیات متخصصان و خبرگان مربوطه با روش میدانی استفاده شده است. با توجه به خصوصیات دانشگاه ها (دارای چند ورودی و خروجی غیر قابل تبدیل به هم) برای اندازه گیری کارایی هر دانشگاه از روش ناپارامتری مدل های تحلیل پوششی داده ها (مدل های ثانویه BCC،CCR اصلاح شده خروجی محور) و از شاخص مالم کوئیست برای اندازه گیری تغییرات بهره وری کل استفاده شده است. همچنین عوامل موثر در رشد بهره وری کل دانشگاه ها مورد بررسی قرار گرفته و سهم هریک از عوامل در روند تغییرات بهره وری تعیین شده است.نکته مهم اینکه، بررسی نسبی دانشگاه ها در شرایط یکسان انجام شده؛ بااین حال بیشتر دانشگاه ها از ناکارایی نسبی برخوردارند. به عنوان مثال در سال تحصیلی 1386-1385 تعداد دانشگاه های کارا و ناکارا به ترتیب 8 و 16 دانشگاه بوده است. برای جلوگیری از تصادفی نبودن نتایج، از میانگین هندسی 5 سال تحصیلی (سال های تحصیلی 1381-1386) استفاده شده است. بر اساس میزان کارایی فنی در حالت بازده ثابت نسبت به مقیاس، دانشگاه ها به سه دسته تقسیم شدند: دسته اول دانشگاه هایی که از میزان کارایی بالایی برخوردارند که شامل دانشگاه های تهران، کاشان، شیراز، اصفهان، شهید بهشتی، گیلان و شهید چمران اهواز می شوند و بدان معناست که این دانشگاه ها نسبت به سایر دانشگاه ها با ورودی های کمتر، خروجی های بیشتری ارایه نموده اند و بیشترین کارایی را دارند. همچنین میزان کارایی فنی 9 دانشگاه از سطح متوسط کارایی مجموعه دانشگاههای مورد بررسی پایینتر بودند. در بررسی همبستگی بین نتایج مشخص شد که عامل اصلی تعیین کننده تغییرات بهره وری دانشگاه ها، پیشرفت کارایی فناوری است و سایر شاخص ها مانند کارایی فنی، سهم و نقش کمتری نسبت به آن شاخص در رشد TFP دارند. در مجموع نیاز به اتخاذ برنامهریزی استراتژیک (راهاندازی چرخه مدیریت بهبود بهره وری) برای ارزیابی مستمر و برنامه ریزی آگاهانه در دانشگاه ها وجود دارد.