زیست فناوری میکروبی
سال:1391 | دوره:4 | شماره:12 |تعداد مقالات:8

زمینه و هدف: سلولز پلی ساکاریدی است که به عنوان بهترین ذخیره کربوهیدرات برای تولید انرژی بیولوژیک به شمار می رود. سلولازهای باکتریایی و قارچی نقش مهمی در هیدرولیز سلولز بازی می نمایند. اندوگلوکونازها پیوندهای بتا گلیکوزیدی (4-1) را در سلولز هیدرولیز می نمایند. هدف از این مطالعه جداسازی و شناسایی سویه های جدید از جنس باسیلوس با قابلیت تولید آنزیم سلولاز از خاک بوده است.روش بررسی: در این تحقیق از خاک 35 ناحیه جنگلی مختلف از غرب مازندران نمونه گیری انجام گردید و تعداد 40 باکتری از خاک این مناطق جدا گردید و از این تعداد 24 باکتری با قابلیت تولید سلولاز در محیط کربوکسی متیل سلولز (CMC agar) و با استفاده از آزمایش Grams iodine جداسازی شدند. بهینه سازی دمایی و زمانی روی سویه های مثبت انجام گرفت. سپس گونه های باکتریایی از طریق 16 S rNDA sequencing شناسایی گردیدند. وزن مولکولی تقریبی آنزیم بوسیله رسوب دهی پروتئین وSDS-PAGE تعیین گردید.یافته ها: در مجموع این باکتریها به 5 سویه از 5 گونه Bacillus Cereus، Bacillus Subtilis،,Bacillus Thuringiensis megaterium Bacillus و Bacillus mycoidesتعلق داشتند. تمامی این 5 گونه شناسایی شده بیشترین مقدار آنزیم را در دمای 37 درجه سانتی گراد و در مدت 96 ساعت تولید می کردند. بیشترین تولید آنزیم متعلق به سویه Bacillus Subtilis جدا شده با 3.8 m/ml بوده و همچنین وزن ملکولی این سویه تقریبا 60 کیلو دالتون تعیین گردید.نتیجه گیری: مطالعات انجام شده پتانسیل بالای سویه های باسیلوس نواحی جنگلی شمال کشور در تولید آنزیم سلولاز را نشان می دهد بطوریکه می توان از این باکتریها مستقیما در تولید شربت گلوکز از فیبرهای گیاهی کم ارزش و استفاده در سایر صنایع بهره گرفت.

زمینه و هدف: آفلاتوکسین ها از مهمترین مایکوتوکسین های قارچی با خواص سرطان زائی می باشد. آفلاتوکسین M1 از راه شیر و لبنیات می تواند به انسان منتقل شود. امروزه استفاده از روش های بیولوژیکی در حذف و کاهش سموم قارچی مورد توجه بسیاری قرار گرفته است. یکی از این روشها اتصال باکتری های اسید لاکتیک به آفلاتوکسین و مهار عملکرد توکسین می باشد.روش بررسی: 10 سویه لاکتوباسیل ایزوله شده از ماست های محلی به منظور بررسی توانایی کاهش آفلاتوکسین با غلظت 20 ng/ml در محیط بافر فسفات بعد از مدت 2h گرمخانه گذاری مورد آزمون HPLC قرار گرفتند. بعد از انتخاب بهترین سویه با بیشترین میزان کاهش، در زمان های 0، 4 و 24h میزان کاهش آفلاتوکسین با روش HPLC بررسی گردید. همچنین به منظور بررسی توانایی کاهش آفلاتوکسین توسط سلول های مرده باکتری در زمان های مختلف، تیمار حرارتی بر روی سلول ها انجام شده و در زمان های 0، 4 و 24h مورد آزمون قرار گرفتند.یافته ها: دامنه کاهش آفلاتوکسین توسط لاکتوباسیلوس ها بین 47.65%- 51.26% می باشد. تفاوت بین زمان های مختلف برای سلول های زنده معنی دار بوده و دامنه کاهش بین 49.9%- 60.76% بوده است. میزان کاهش آفلاتوکسین در زمان های مختلف توسط سلول های مرده 57.65%- 51.6 بوده است.نتیجه گیری: لاکتوباسیلوس های بومی ایرانی پتانسیل خوبی در کاهش آفلاتوکسین دارند. عامل زمان در کاهش آفلاتوکسین توسط سلول های زنده باکتری تاثیرگذار می باشد ولی در کاهش آفلاتوکسین توسط سلول های مرده بی تاثیر بوده است.

زمینه و هدف: زمینه و هدف: عفونت ها و اختلالات ادراری از شایع ترین بیماری ها و مشکلات دستگاه ادراری، تناسلی است که شیوع آن در زنان به مراتب بیشتر از مردان می باشد. این تحقیق با هدف بررسی میزان حساسیت و مقاومت سویه های اشریشیاکلی جدا شده از زنان باردار مراجعه کننده به آزمایشگاه تشخیص طبی در شهر خوی و شهر سلماس استان آذربایجان غربی انجام شد.روش بررسی: این مطالعه به صورت مقطعی در سال 1389 از بین 1900 نمونه (1100 نمونه در خوی و 800 نمونه در سلماس) انجام گرفت و نمونه ها به صورت استریل تهیه و از لحاظ آزمایشات کامل ادرار، کشت و مورد بررسی قرار گرفتند. بررسی حساسیت میکروبی با روش استاندارد دیسک دیفیوژن انجام و نتایج بدست آمده مورد تجزیه و تحلیل واقع شدند.یافته ها: 430 سویه اشریشیاکلی از خوی و 317 سویه اشریشیاکلی از سلماس شناسایی شد. بیشترین میزان مقاومت نسبت به آنتی بیوتیک آمپی سیلین (80.93 درصد) در خوی و در سلماس (87.06 درصد) و کمترین میزان مقاومت نسبت به سفتی زوکسیم (6.98 درصد) در خوی و نیتروفورانتوئین (2.84 درصد) در سلماس گزارش شد.نتیجه گیری: با توجه به افزایش شیوع مقاومت نسبت به آنتی بیوتیک ها تشخیص سریع و به موقع سویه های مقاوم به منظور انتخاب گزینه های درمانی مناسب و جلوگیری از گسترش مقاومت امری ضروری به نظر می رسد، همچنین با رعایت نکات بهداشتی در بانوان باردار می توان از خطر عفونت کلیه ها و تولد کودکان نارس جلوگیری کرد.

زمینه و هدف: زیتون از با ارزش ترین گیاهان ایران است. تخمیر طبیعی زیتون و عمل تلخی زدایی توسط باکتری های اسید لاکتیک بخصوص لاکتوباسیلوس ها و در راس آن Lactobacillus plantarum انجام می گیرد که نوعی پروبیوتیک محسوب می شود. هدف از این تحقیق شناسایی بیوشیمیایی و مولکولی لاکتوباسیلوس پلانتاروم در بین انواع باکتری های اسید لاکتیک جدا شده از زیتون بومی ایران بود.روش بررسی: 28 سویه باکتری های اسید لاکتیک جدا شده از ارقام مختلف زیتون ایران و نیز باکتری استاندارد Lactobacillus plantarum بر روی محیط MRS کشت داده شدند، تست های بیوشیمیایی از جمله تست تخمیر قندها بر روی آن ها انجام گرفت. DNA باکتری ها با روش فنل-کلروفرم استخراج گردید. واکنش زنجیره ای پلی مراز، با پرایمرهای طراحی شده برای سکانس 16srDNA+ITS، به روش Touch-Up PCR انجام گرفت. برای بررسی دقیق تر سویه ها، از تکنیک RFLP استفاده شد و تاثیر آنزیم های TaqI و HaeIII بر روی محصولات PCR مورد بررسی قرار گرفت.یافته ها: از 28 سویه، 5 سویه با پرایمرهای اختصاصی لاکتوباسیلوس پلانتاروم، باند اختصاصی تشکیل دادند. یکی از محصولات PCR پس از ترادف یابی، Lactobacillus plantarum تشخیص داده شد. در نتایج RFLP به دست آمده در سطح دو آنزیم TaqI و HaeIII تفاوتی بین سویه ها مشاهده نشد اما الگوی تخمیر قندها در یکی از سویه ها کمی متفاوت بود.نتیجه گیری: لاکتوباسیلوس پلانتاروم که از سویه های پروبیوتیک است، قابل جداسازی از زیتون ایران می باشد. با توجه به حضور طبیعی این باکتری، با تقویت و افزایش تعداد آن در طی مراحل تلخی زدایی و تخمیر می توان ارزش پروبیوتیکی زیتون را افزایش داد.

زمینه و هدف: باکتری هلیکوباکتر پیلوری یکی از شایع ترین عفونت های گوارشی در جهان به شمار می رود که می تواند باعث موارد پاتولوژیکی متفاوت، افزایش استرس اکسیداتیو و در نتیجه پاسخ های التهابی در مخاط معده شود. تشخیص بیماریزایی H.pylori به دلیل تخمین خطر علائم بالینی اهمیت زیادی دارد. هدف از این مطالعه، بررسی شیوع ژن cagA متعلق به هلیکو باکتر پیلوری و اندازه گیری سطوح سرمی 8-هیدروکسی-2- دئوکسی گوانوزین (8-OHdG) به عنوان یک مارکر حساس برای آسیب DNA اکسیداتیو در عفونت H.pylori با علائم بالینی متفاوت بود.روش بررسی: از وسترن بلاتینگ برای ردیابی IgG های ضد پروتئین CagA، واکنش زنجیره ای پلیمر از 1 (PCR) برای تعیین حضور ژن cagA متعلق به هلیکو باکتر پیلوری و آزمون آسیب DNA اکسیداتیو با استفاده از سطوح سرمی 8-OHdG استفاده گردید.یافته ها: زمانیکه هر دو تست اوره آز و کشت باکتریایی به ترتیب نتایج مثبت و منفی داشتند، نمونه ها به عنوان H.pylori مثبت ثبت گردیدند. H.pylori و cagA مثبت در تمام نتایج بالینی غالب بودند. ارتباط معنی داری بین شیوع آنتی بادی ضد آنتی ژن CagA یا ژن cagA و نتایج بالینی وجود نداشت. سطوح سرمی 8-OHdG در بیماران H.pylori مثبت در مقایسه با افراد H.pylori منفی بالاتر بود.نتیجه گیری: در این مطالعه سویه های cagA مثبت غالب بوده، هر چند ارتباطی بین cagA با علائم بالینی و با پیشرفت PUD دیده نشد. بعلاوه، آزمایش های سرولوژیکی مانند وسترن بلاتینگ در تشخیص افراد آلوده شده با سویه های H.pylori در PUD و NUD مفید است. آلودگی H.pylori ممکن است با افزایش استرس اکسیداتیو و افزایش 8-OHdG سرمی در ارتباط باشد.

زمینه و هدف: بیشترین گونه های سالمونلا که از افراد آلوده جدا گردیده سالمونلا انتریکا سرووار انتریتیدیس می باشد. هدف از این مطالعه جداسازی و شناسایی سالمونلا انتریتیدیس جدا شده از لاشه و مدفوع پرندگان مختلف با استفاده از روش مولتی پلکس PCR می باشد.روش بررسی: نمونه های مورد مطالعه در این پژوهش، از لاشه یا مدفوع جوجه های 9 روزه موجود در مرغداری های شمال و غرب کشور و همچنین مدفوع یا لاشه پرندگان مختلف مانند عقاب طلایی، قو، غاز، فلامینگو موجود در چند مرکز نگهداری پرندگان در شهر تهران جمع آوری شدند. تفکیک اولیه ایزوله ها از طریق روش های میکروبیولوژی صورت گرفت. جهت شناسایی دقیق جنس و گونه، DNA ژنومی ایزوله ها و سویه استاندارد سالمونلا توسط پرایمر های اختصاصی به روش Multiplex-PCR مورد بررسی قرار گرفتند.یافته ها: نتایج حاصل از شناسایی کلنی ها به روش متداول میکروبیولوژی نشان داد که %11.69 از کل پرندگان مورد بررسی، آلوده به باکتری سالمونلا می باشند. در مقایسه و بررسی نتایج حاصل از واکنش زنجیره ای پلیمراز در همه نمونه ها باند مربوط به جنس مشاهده شد در حالی که فقط در %34.21 از آنها با اطمینان سالمونلا انتریتیدیس وجود داشت.نتیجه گیری: بر اساس نتایج این تحقیق، روش MPCR به علت استفاده از پرایمرهای اختصاصی جنس و گونه سالمونلا انتریتیدیس، در مقایسه با روش های باکتریولوژیک و PCR، برای تشخیص و تفکیک سالمونلا انتریتیدیس از سایر گونه های سالمونلا و نیز سایر انتروباکتریاسه ها، دقیق تر، سریع تر و اختصاصی تر است. لذا استفاده روش مولکولیMPCR  برای کنترل عفونت های سالمونلایی و جلوگیری از گسترش بیماری در بین تمام پرندگان کمک شایانی خواهد نمود.

زمینه و هدف: ویروس هرپس سیمپلکس که در انسان ایجاد عفونت می کند، عضوی از خانواده هرپس ویریده می باشد. روش های متنوعی برای تشخیص این ویروس وجود دارد اما برای ویروس ها روش هایی مثل کشت بسیار زمان بر است، در نتیجه روش های مولکولی از جمله PCR، تکنیک های مناسب تری هستند، اما بروز نتایج متفاوت در آزمایشگاهها بدلیل استاندارد نبودن روش از معایب این تکنیک مولکولی قوی است. برای رفع این خطا در این تحقیق اقدام به طراحی اینترنال کنترل رقابتی IC به طریق PCR-Cloning گردید.روش بررسی: در این مطالعه برای ساخت کنترل داخلی ویژه HSV ابتدا پرایمرهای ویژه PCR جهت تشخیص مولکولی بهینه شد. پرایمرهای مرکب (Composite Primer) برایIC-HSV نیز طراحی و سپس روش PCR برای IC-HSV بهینه گردید .IC-HSV تکثیر شده در پلاسمید pTZ57R الحاق شد و سپس در باکتری اشریشیا کلی JM107 ترانسفورم و کلون گردید. حساسیت و اختصاصیت تست مورد بررسی قرار گرفت.یافته ها: اندازه محصول PCR HSV با پرایمرهای اختصاصی آن برابر با 454 جفت باز و محصول IC-HSV برابر با 662 جفت باز بود، که از نظر اندازه، اختلاف مطلوب را با هم دارند. تعداد حداقل IC در هر واکنش 1000 عدد تعیین شد. حساسیت تست PCR همراه با IC برای DNA ویروس هرپس سیمپلکس بین یک میلیون تا 100 پارتیکل ویروس مشخص گردید.نتیجه گیری: در کنار سرعت و دقت بالای تکنیک PCR، نتایج منفی کاذب که به دلیل وجود مهارکنندگان واکنش PCR، رخ می دهند از مشکلات مهم این تکنیک هستند که می توانند کارایی این روش ها را کاهش دهند. استفاده از یک DNA دیگر به عنوان کنترل داخلی می تواند این خطاها را شناسایی کند. در واقع تکثیر این DNA حاکی از صحیح طی شدن تمامی مراحل تکثیر و شناسایی است.

زمینه و هدف: عفونت ها از بزرگ ترین عوامل مرگ و میر در نوزادان به خصوص در کشورهای در حال توسعه هستند. استفاده و تجویز نامناسب آنتی بیوتیک ها می تواند در بروز مقاومت و گسترش عفونت نقش داشته باشد. لذا هدف ما در این مطالعه بررسی الگوی مقاومت آنتی بیوتیکی میان ایزوله های جدا شده در نوزادان مبتلا به عفونت خون و ادرار بستری در بخش مراقبت ویژه (NICU) بیمارستان امام حسین شهر تهران می باشد.روش بررسی: این مطالعه از نوع توصیفی طی 7 ماه بر روی 120 نمونه های خون و ادرار از بخش NICU بیمارستان امام حسین انجام شد. پس از تلقیح نمونه های خون در محیط BHI و انکوباسیون 24 ساعته، به مراه نمونه های ادرار جهت جداسازی باکتری ها بر روی محیط های بلاد و مک کانکی اگار کشت و برای تایید گونه از روش های فنوتیپی و بیوشیمیایی استفاده و تعیین الگوی مقاومت آنتی بیوتیکی آنها به روش کربی بائر انجام گردید.یافته ها: از 120 نوزاد با علائم بالینی مشکوک، 115 ایزوله (%95.8) را ارگانیسم های گرم منفی و 5 ایزوله (%4.2) را ارگانیسم گرم مثبت تشکیل دادند. کلبسیلا پنومونیه (%39.1) و انتروباکتر کلوآکه (%21.8) شایع ترین ارگانیسم های گرم منفی بودند. هر 5 ایزوله گرم مثبت را استافیلوکوکوس اپیدرمایدیس تشکیل دادند. بیشترین حساسیت آنتی بیوتیکی در بین ارگانیسم های گرم منفی به سیپروفلوکساسین (91%) و در بین گرم مثبت ها به ونکومایسین (80%) مشاهده شد.نتیجه گیری: نتایج بدست آمده نشان می دهد بیشترین آلودگی را بخش NICU ناشی از باسیل های گرم منفی بوده و سیپروفلوکساسین موثرترین آنتی بیوتیک جهت درمان می باشد.