قرارگرفتن آزمایشگاه های مختلف آب، فاضلاب، میکروبیولوژی، آلودگی هوا، پایلوت و ... در کنار محیط های آموزش نظری دانشگاهی، امکان وجود مخاطرات ایمنی، بهداشتی و زیست محیطی را در بردارد. به این منظور، آزمایشگاه های شیمی آب و فاضلاب، میکروبیولوژی آب و فاضلاب گروه مهندسی بهداشت محیط، دانشکده بهداشت و انستیتو تحقیقات بهداشتی, دانشگاه علوم پزشکی تهران آلودگی هوا و پایلوت گروه مهندسی بهداشت محیط در سال 1385 مورد پایش زیست محیطی از لحاظ مواردی از قبیل: کمیت و کیفیت فاضلاب تولیدی، میزان زباله تولیدی، میزان سر و صدا، میزان روشنایی، مقدار ذرات معلق (PM1, PM2.5 و PM10) در هوا از طریق روش های استاندارد قرار گرفت تا به این طریق جنبه ها و آثار زیست محیطی اینگونه آزمایشگاه ها از نظر مقدار آلاینده، احتمال وقوع و اهمیت اثر بر اساس شاخص کل ارزیابی، بررسی و مشخص گردد. سپس آثار زیست محیطی به صورت آثار بسیار مهم، مهم، متوسط و ضعیف طبقه بندی گردید و در نهایت مشخص شد که آزمایشگاه شیمی آب و فاضلاب با داشتن سه اثر زیست محیطی بسیار مهم دارای وضعیت زیست محیطی نامطلوب تری نسبت به سایر آزمایشگاه ها است که پیشنهاد می شود بیشتر مورد بررسی قرار گیرد و در ضمن توصیه می شود که پایلوت به خارج از گروه منتقل گردد.