به دلیل محدود بودن منابع آب، استفاده از آب های نامتعارف در بخش کشاورزی امری اجتناب ناپذیر است که یک توجه جدی را به استفاده صحیح از آب های نامتعارف مانند آب شور، فاضلاب شهری و صنعتی می طلبد. در این راستا، آزمایشی به صورت فاکتوریل در قالب طرح پایه کامل تصادفی با 15 تیمار و چهار تکرار در گلخانه تحقیقاتی دانشکده کشاورزی دانشگاه فردوسی مشهد طی شش ماه بر روی گیاه گوجه فرنگی انجام شد. هدف از انجام این پژوهش مقایسه تاثیر پنج نوع کیفیت آب آبیاری (آب شهری (W)، فاضلاب خام (WS)، فاضلاب تصفیه شده (TWS)، مخلوط 50% آب شهری و 50% فاضلاب خام (W+WS)، مخلوط 50% آب شهری و 50% فاضلاب تصفیه شده (W+TWS)) به عنوان عامل اصلی و سه سطح آبیاری (40%، 70% و 100% نیاز آبی گیاه) به عنوان عامل فرعی بر برخی صفات بیوشیمیایی و مورفولوژی گیاه بوده است. نتایج حاصل از این آزمایش نشان داد که اثر کم آبیاری بر برخی صفات مورفولوژیکی و بیوشیمیایی گیاه تفاوت معنی دار داشته است به طوری که افزایش آبیاری باعث افزایش تعداد برگ، سطح برگ، کلروفیل a، کلروفیل b، کاروتنویید و پرولین گردیده است. همچنین نتایج نشان داد که اثر کیفیت آب آبیاری بر برخی صفات مورفولوژیکی و بیوشیمیایی دارای اختلاف معنی دار است اما بر میزان پرولین برگ تاثیری نداشته است.