اشریشیاکلی مولد توکسین شیگا یک پاتوژن مهم در بیماری های ناشی از غذا می باشد و تاکنون چندین همه گیری ناشی از غذا در سراسر جهان را مرتبط با این باکتری دانسته اند. آلودگی با این ارگانیسم باعث اسهال آبکی و خونی می شود. در این مطالعه تعداد 400 نمونه ماهی و میگو در استان بوشهر تهیه گردید و با انجام آزمایش های میکروبیولوژی و مولکولی وجود اشریشیاکلی تائید گردید و در حضور زوج پرایمرهای اختصاصی فراوانی ژن های stx1، stx2 و eaeA مورد بررسی قرار گرفت. در نمونه هایی که به صورت بسته بندی مورد بررسی قرار گرفتند، باکتری اشریشیا کلی جدا نگردید اما در نمونه های غیر بسته بندی از تعداد 200 نمونه ماهی مورد بررسی در 35 نمونه (5/17 درصد) اشریشیا کلی جداسازی گردید و از 50 نمونه میگوی مورد بررسی در 10 نمونه (20 درصد) اشریشیاکلی جداسازی گردید. پس از انجام آزمون Multiplex PCR در حضور پرایمرهای اختصاصی، در ایزوله های جداشده از ماهی باند های مربوط به ژن-های stx1، stx2 و eaeA به تنهایی در هیچ نمونه ایی یافت نشد. در دو ایزوله (20 درصد) باند مربوط به ژن های stx1 و eaeA و در یک ایزوله (10 درصد) باند مربوط به ژن های stx1، stx2 و eaeA مشاهده گردید، درصورتی که در ایزوله های اشریشیاکلی جداشده از میگو، تنها در یک نمونه (33/33 درصد) ژن stx1 مشاهده گردید. در این تحقیق مشخص گردید که فراوانی ژن stx1 از ژن stx2 بیشتر می باشد. به این ترتیب می توان بیان نمود که الگوی ژنتیکی غالب stx1 می باشد.