استخراج DNA یک گام معمول در بسیاری از مطالعات بیولوژیکی است و روش های مختلفی جهت جداسازی مولکول DNA از مواد بیولوژیکی ابداع شده است. بسیاری از این روش ها دارای سه هدف: 1- لیز سلول و خروج اسید نوکلئیک از مایع درون سلولی، 2- از بین بردن مولکول های آلی و معدنی غیر از اسید نوکلئیک در مایع درون سلولی و 3- به حداقل رساندن تخریب اسید نوکلئیک ها در طی مراحل خالص سازی می باشند. ماهی قزل آلای رنگین کمان ازجمله گونه های اهلی شده آزادماهیان بوده و امروزه مهم ترین گونه ماهی سرد آبی در کشور است. جهت انجام این پژوهش 4 روش استخراج: 1- کیت استخراج شرکت Gena All، 2- Trizol Reagent،3- روش سنتی حرارت و آنزیم پروتئیناز K و 4- فنل کلروفرم موردبررسی قرار گرفت و مشخص شد که بهترین روش استخراج ازلحاظ کیفیت و کمیت DNA استخراج شده توسط دستگاه نانودراپ و ژل آگاروز 1 در صد و همچنین ازلحاظ کارآمد بودن PCR مربوط به روش کیت استخراج DNA شرکت Gene All کشور کره جنوبی است.