در این مطالعه، پاسخ های ترانسکریپتوم دو ژنوتیپ نخود متحمل (Sel96th11439) و حساس ILC533)) به تنش سرمای کوتاه مدت (چهار درجه سانتی گراد پس از 24 ساعت)، به کمک روش RNA-seq بررسی شد. تحت تنش سرما، محتوی پراکسید هیدروژن، پراکسیداسیون چربی های غشا و نشت الکترولیتی غشا در گیاهان حساس در مقایسه با گیاهان متحمل، به-طور معنی داری افزایش یافت. در ژنوتیپ متحمل در مقایسه با گیاهان شاهد (بدون تنش سرما)، 526 ژن، تغییر بیان معنی-دار نشان دادند، به طوری که 261 و 265 ژن، به ترتیب افزایش و کاهش بیان معنی دار داشتند. در ژنوتیپ حساس در مقایسه با گیاهان شاهد (بدون تنش سرما)، 901 ژن تغییر بیان معنی دار نشان دادند که 295 و 606 ژن، به ترتیب افزایش و کاهش بیان معنی دار داشتند. نتایج نشان داد که ژن های دارای بیان کاهشی، فراوانی بیشتری در مقایسه با ژن های دارای بیان افزایشی در هر دو ژنوتیپ داشتند. همچنین تعداد ژن های دارای بیان کاهشی ژنوتیپ حساس، 3/2 برابر در مقایسه با ژنوتیپ متحمل بود. بیان 216 ژن در ژنوتیپ متحمل افزایش یافت در حالی که این ژن ها در ژنوتیپ حساس کاهش بیان داشتند که تقریباً 15 درصد آن ها، ژن های فاکتور رونویسی بودند. بر اساس الگوهای رونوشت شناسایی شده، بیان ژن های مسیر سنتز برخی متابولیت ها در ژنوتیپ متحمل، افزایش و در ژنوتیپ حساس، کاهش یافت. تحت تنش سرما، 31 ژن در ژنوتیپ حساس افزایش و در ژنوتیپ متحمل کاهش بیان نشان دادند که ژن های مولد هیستون ها، تقریباً 10 درصد این ژن ها بودند. نتایج این مطالعه بیانگر نقش تعیین کننده پاسخ های زودهنگام، به خصوص فاکتورهای رونویسی و تغییرات اپی ژنتیکی در تحمل به تنش سرما در نخود بود.