بیماری های مختلف دهان، تظاهرات بالینی مشابهی را نشان می دهند، لذا باید با انجام روش های تشخیصی و کمک تشخیصی و با توجه به علایم بالینی به یک تشخیص صحیح دست یافت.متاسفانه در برخی از کشورها از جمله ایران، بیوپسی بیشترین نقش را در تشخیص بر عهده دارد و از روش های نوین هیستولوژی، سیتولوژی، بیولوژی ملکولی و روش های ایمونولوژیکی صرفا در کارهای تحقیقاتی استفاده می گردد، نه در تشخیص ضایعات دهانی.امروزه روش های بیولوژی ملکولی در تشخیص ضایعات دهانی کاربرد بسیاری دارند، مثلا کاربرد بیومارکرها و Gene expresions در تشخیص ضایعات در سرطان های مخاط دهان در حال پیشرفت است.فناوری های جدید ایمونوسیتوکمیکال و به کارگیری آنتی بادی منوکلونال نیز در ضایعات لیکن پلان، بیماری های ناشی از پاپیلوما ویروس و به طور کلی برای شناسایی آنتی ژن های ویروسی در برش های منجمد بافتی مورد استفاده قرار می گیرند.روش هیبریداسیون اینسایتو نیز دقیق ترین روش شناسایی عفونت HPV می باشد که با استفاده از اولگیونوکلئوتیدهای سنتتیک انجام می پذیرد.روش های اختصاصی تری همانند ایمونوفلورسنت که حضور آی جی های (Ig) اختصاصی را در غشای پایه دنبال می کند، در شناسایی DLE، پمفیگوئید و طبقه بندی صحیح بیماری های هتروژنوس مرتبط با Anti-BMZ از کاربرد وسیعی برخوردارند.محققین حتی به دنبال یافتن تغییرات ژنتیکی می باشند که منجر به تومورهای بدخیم می گردد و البته موتاسیون پروتئین P53 شایع ترین تغییر ژنتیکی در سرطان ها می باشد و با آزمایش های ملکولی و استفاده از واکنش زنجیره پلیمراز (PCR) قادر به شناسایی این موتاسیون ها در نمونه های بیوپسی می باشند.علاوه بر روش های مذکور، در دهه اخیر از بزاق و اشک چشم نیز به عنوان وسیله ای تشخیصی استفاده شده است و به ویژه یافتن آنتی بادی های HIV در این مایعات از جنبه تشخیصی مهمی برخوردار است.به طور کلی، تمام این روش ها از Specificity, Sensitivity بالایی برخوردار هستند و مشخصه غربالگری آن ها بدون توجه به علایم بالینی، جهت پیشگیری و درمان های شیمیایی اختصاصی حائز اهمیت می باشد و از این رو جایگزین خوبی برای روش های تشخیصی قبلی می باشند.امید است که در کشورمان با به کارگیری این روش ها، به تشخیص های سریع تر، با هزینه ای معقول تر و بیمار پسندانه تر دست یابیم.