زمینه و هدف: واکنش زنجیره پلیمراز(PCR) رایج ترین تکنیک در عرصه زیست شناسی مولکولی است که برای تکثیر یک توالی اختصاصی اسید نوکلئیک به کار می رود. پرایمرهای دژنره دارای توانایی تکثیر توالی های وابسته اما متفاوت هستند. هدف مطالعه حاضر استفاده از دو جفت پرایمر دژنره در ترکیب با Hemi Nested PCR برای تشخیص ناحیه V3-Loop ژن پوشش طیف وسیعی از ساب تایپ های ویروس HIV-1 است.مواد و روش ها: در مطالعه تجربی حاضر یک جفت پرایمر دژنره طراحی و بهینه سازی گردید و در ترکیب با Hemi Nested PCR برای تشخیص ناحیه V3-Loop ژن env طیف وسیعی از ژنوتیپ های ویروس HIV-1 که دارای تغییرات نوکلئوتیدی بسیار شدید است استفاده گردید. روش طراحی شده، بر روی 40 نمونه سرم مثبت HIV، 10 کنترل منفی و ژنوم انسانی و 5 نمونه از هر کدام از ویروس های HBV, HCV, HGV, TTV انجام شد.یافته ها: پس از بهینه سازی، در 35 مورد از 40 نمونه مثبت باند مورد نظر مشاهده شد. در هیچ یک از نمونه های کنترل منفی انسانی و ویروسی هیچ باندی مشاهده نشد. علاوه بر آن در نمونه های مثبت باند غیر اختصاصی تشکیل نشده بود.نتیجه گیری: در این مطالعه علاوه بر PCR متداول، از دو پرایمر دژنره با قابلیت اتصال به نواحی اختصاصی از ژنوم استفاده گردید. در حقیقت محصولات PCR واکنش اول به عنوان DNA الگو برای یک جفت پرایمر داخلی مورد هدف قرار می گیرد و منجر به تولید محصولاتی با اندازه های کوچک تر و با حساسیت بالاتر به دلیل دژنره بودن، خواهد بود. بر اساس یافته های مطالعه، روش طراحی شده دارای مزیت هایی شامل تایید محصولات اولیه و افزایش حساسیت روش تشخیص می باشد.