طب سنتی ایرانی نظام جامع طبی است که به نوعی از پزشکی کنونی متمایز می باشد. پاسخ به این پرسش که چرا و چگونه طب سنتی ایرانی نظام پزشکی جامعی محسوب می شود، نیازمند تبیین بنیان های فلسفی طب سنتی در حوزه هایی است که با دانش پزشکی و با حرفه طبابت یا عمل بالینی مرتبط باشند.این مقاله با رویکردی منطقی و فلسفی (و نه رویکردی تاریخی) به تحلیل «استدلال علمی» در طب سنتی ایرانی می پردازد که نتایج آن در حوزه فلسفه پزشکی (به عنوان یکی از فلسفه های مضاف) جای دارد. تفاوت نظام فکری حاکم بر طب سنتی و پزشکی نوین، نحوه رویکرد به انسان، حیات و سلامت، شناخت مفاهیم بنیادین مانند سلامت و بیماری و درمان، نظریه پردازی دانش طبی و به کار گیری استدلال قیاسی یا استقرایی از جمله مباحثی هستند که این مقاله به آن ها می پردازد. در این مقاله سعی گردیده است تا نشان داده شود که چگونه نظام فکری طب سنتی ایران بر اصول تشخیص، منطق تصمیم گیری بالینی، سطوح مختلف تدبیر بیماری، فرضیه سازی و آزمون فرضیه در تجارب بالینی تاثیر گذاشته است.