تولید محدود زعفران و قیمت بالای آن باعث شده است تا در این گیاه تقلبات زیادی صورت بگیرد، این تقلبات بیشتر شامل افزودن مواد گیاهی و شیمیایی مشابه زعفران می باشد. برای تعیین این تقلبات روش های مختلفی گسترش یافته است که بیشتر آنها بر اساس مشخصات مورفولوژیکی، آناتومی و آزمون های شیمیایی است. این مطالعه نشان دهنده یک روش نوین برای تعیین تقلبات زعفران بر اساس روش های مولکولی وابسته به واکنش زنجیره ای پلیمراز می باشد که در آن از نشانگر مولکولی ITS-2 استفاده شده است. در این بررسی از یک آغازگر عمومی بر مبنای ناحیه 5.8 rDNA و آغازگرهای اختصاصی برگشتی بر مبنای ناحیه ITS2 در گونه های مختلف تقلبات برای انجام واکنش زنجیره ای پلیمراز استفاده گردید. بعد از انجام واکنش، باند مربوط به توالی ITS2 در چندین نمونه گیاهی شامل ذرت، گلرنگ، انار، فلفل قرمز و زردچوبه و همچنین رشته های گوشت گاو و شتر به عنوان تقلبات رایج زعفران، تکثیر شدند. نتایج آین آزمایش نشان داد که استفاده از تمامی آغازگرها نیز در یک واکنش PCR چندگانه سبب تکثیر تمامی باندهای مربوط به انواع تقلبات گردید. اگر چه اکثر باندها در ژل آگارز 2 درصد مشاهده شدند ولکن استفاده از ژل پلی آکریل آمید 20 درصد منجر به تفکیک بهتر باندها بر روی ژل گردید. لذا این روش کارایی استفاده در تشخیص برخی تقلبات زعفران را با حساسیت بالا دارا است.